Una chica de Tokio acaba de ser trasladada a una de las escuelas superiores de la ciudad de Kochi. Es guapa, buena en los deportes y en los estudios, pero de algún modo no consigue adaptarse a la vida social de la escuela. A ese mismo colegio pertenecen Taku Morisaki y Yukata Matsuno, dos grandes amigos, el primero de los cuales empieza a interesarse visiblemente por la recién llegada Muto.

La huérfana Sheeta ha heredado un misterioso cristal que la une al mítico reino de las nubes de Laputa. Con la ayuda del ingenioso Pazu y una graciosa banda de piratas del cielo, dirige su camino hacia las ruinas de la que fué, una gran civilización. Sheeta y Pazu deben ser más listos que el malvado Muska, quien planea usar la tecnología de Laputa para dominar el mundo.