La historia se desarrolla durante el siglo XVII en el Imperio Español. Diego Alatriste es un soldado al servicio del rey Felipe IV de España durante la Guerra de los Ochenta Años. La historia comienza en los Países Bajos españoles, donde su tercio lucha en la revuelta holandesa. Su amigo Lope Balboa muere durante los combates, y Alatriste regresa a Madrid donde se hace cargo del joven hijo de Lope, Íñigo.

Alatriste es contratado junto a un asesino siciliano llamado Gualtiero Malatesta para matar al Príncipe de Gales (el futuro rey Carlos I de Inglaterra) y a su acompañante, el duque de Buckingham. El trabajo es contratado por Emilio Bocanegra y Luis de Alquézar (tío del interés amoroso de Íñigo, Angélica de Alquézar). Alatriste regresa finalmente a los Países Bajos en 1624 (aunque en la película se dice 1625) y participa en las batallas finales que conducen a la rendición de Breda. Tras regresar a España, Íñigo quiere fugarse con Angélica, pero ella se echa atrás en el último momento. Alatriste mantiene un romance con la actriz María de Castro. Decepcionada por no poder casarse con él, se convierte en la amante de Felipe IV. Alatriste acaba cruzando espadas con Guadalmedina, una amiga del rey. Al final, el objeto de sus atenciones cae enfermo de sífilis. El duelo con su amigo Martín Saldaña y el castigo de Íñigo en las galeras forman parte del espectacular final de la película.

Las últimas escenas se sitúan en la batalla de Rocroi (mayo de 1643), descrita en el último libro de la saga Las aventuras del capitán Alatriste. Durante la batalla, suena "La Madrugá" de Abel Moreno Gómez como marcha del ejército derrotado y es donde se supone que muere Alatriste.

El argumento de la película tiene elementos de cada uno de los cinco libros publicados hasta el estreno, y mantiene el mismo hilo argumental para los personajes principales. Incluye fragmentos de los futuros libros de la saga.