Alex Rider es un escolar de 14 años que vive con su tío Ian y su ama de llaves Jack Starbright. Ian es supuestamente un director de banco y, para desgracia de Alex, suele estar fuera de casa. Un día, Alex recibe la noticia de que su tío ha muerto en un accidente de coche, pero rápidamente descubre que su tío era en realidad un espía que trabajaba para el MI6 y fue asesinado.

Entonces es reclutado por los antiguos empleadores de su tío, Alan Blunt y la señora Jones, de la División de Operaciones Especiales del MI6, que le explican a Alex que su tío le ha estado entrenando como espía. Alex se niega inicialmente a cooperar, pero accede cuando le amenazan con no renovarle el visado y deportar a Jack, ya que su visado se agotó hace siete años. Alex es entonces enviado a un campo de entrenamiento militar en Brecon Beacons, sede del Servicio Aéreo Especial. Al principio, sus compañeros de entrenamiento lo desprecian por su edad, pero pronto se gana su respeto por sus capacidades.

Parte en su primera misión, ayudado por los artilugios de Smithers. El multimillonario Darrius Sayle dona gratuitamente sistemas informáticos de alta potencia con el nombre de Stormbreaker a todas las escuelas del Reino Unido. El MI6 sospecha de sus aparentemente generosos planes y envía a Alex encubierto como ganador de un concurso para investigar. Allí conoce al propio Sayle y a sus dos cómplices, el Sr. Grin y Nadia Vole, y le muestran el ordenador Stormbreaker en acción. Más tarde, mientras Alex está cenando con Sayle, la sospechosa Vole roba el teléfono de Alex y rastrea la tarjeta SIM hasta su casa en Chelsea. Va allí y descubre la verdadera identidad de Alex; mientras está allí, se molesta y, en consecuencia, se pelea con Jack. A pesar de ser superado, Jack gana con la ayuda de un pez globo, dejando a Nadia huyendo de la escena. Esa noche, Alex se escapa por la ventana de su habitación para observar una entrega a medianoche de misteriosos contenedores en la guarida de Sayle.

Al día siguiente, Alex se encuentra en problemas cuando su tapadera es descubierta. Tras intentar escapar de las instalaciones, es capturado, y Sayle le explica sus verdaderas razones detrás de Stormbreaker: cada sistema contiene una cepa modificada del virus de la viruela que, al activarse en el lanzamiento de Stormbreaker, matará a todos los escolares del país. Sayle deja a Alex atado y se dirige al Museo de Ciencias de Londres. Nadia deja caer a Alex en un tanque de agua para que lo mate un gigante portugués, pero éste escapa utilizando la crema desintegradora de metales suministrada por Smithers, Nadia es sometida cuando es golpeada por la medusa, rompiendo el tanque en el proceso. A continuación, Alex se sube a un helicóptero Mil Mi-8 pilotado por el Sr. Grin, utilizando una flecha de pentotal sódico para conseguir la obediencia del Sr. Grin. Alex se lanza en paracaídas desde el helicóptero y aterriza justo cuando el Primer Ministro está a punto de pulsar el botón que activará los ordenadores. Alex utiliza un rifle para disparar al podio, lo que destruye el botón y arruina el plan de Sayle.

Furioso, Sayle se marcha para llevar a cabo su plan de apoyo, y Alex, con la ayuda de su amiga del colegio Sabina Pleasure, persigue a Sayle por las calles de Londres a caballo. A cincuenta pisos de altura en uno de los rascacielos de Sayle, Alex le alcanza y desconecta su transmisor de reserva. Sayle le persigue hasta la azotea y empuja a Alex y a Sabina del tejado, dejándolos colgados de un cable desprendido. Inesperadamente, Yassen llega en un helicóptero y dispara a Sayle (de la misma manera que a Ian) antes de rescatar a Alex. Yassen le dice entonces a Alex que Sayle se ha convertido en una vergüenza para sus jefes, y que Alex debería olvidarse de él, pero Alex se niega diciendo que el asesinato de su tío Ian significa que siguen siendo enemigos.

Alex vuelve a la escuela; él y Sabina hablan de lo sucedido y él dice que no volverá a suceder. La película termina con alguien observando a Alex desde la distancia. Éste se da cuenta de que no es el final.