La Marina Pfc. Santiago muere accidentalmente durante un ritual de novatadas conocido como Código Rojo en la Base Naval de Guantánamo en Cuba. Los Marines Downey y Lance Dawson están acusados de asesinar a la víctima, pero insisten en que el Teniente de Marina Kendrick (Kiefer Sutherland) les ordenó directamente que hicieran una novatada en Santiago. La muerte fue una desafortunada reacción al trapo colocado sobre la boca de Santiago. Por supuesto, los superiores niegan que se haya dado tal orden de Código Rojo, y que Santiago debía ser trasladado fuera de la isla en el primer vuelo de la mañana siguiente.

Durante la investigación, el oficial legal de la Marina, el Teniente Kaffee (Tom Cruise), finalmente se da cuenta de que todos los uniformes y equipo de Santiago estaban todavía en su casillero de pared y en su casillero de pie, lo que sugiere que Santiago nunca recibió tales órdenes de ser transferido. Kaffee decide ir en contra de las advertencias de sus colegas (Demi Moore, Kevin Pollack) de no tocar al oficial al mando de Guantánamo, el coronel Jessup (Jack Nicholson), y Kaffee decide subir al coronel al estrado. Justo cuando parece que Kaffee está a punto de perder su caso contra Jessup, el coronel de la Marina termina dejando que su orgullo se interponga en el camino mientras está en el estrado y finalmente suelta que de hecho ordenó la novatada del Código Rojo a la Pfc. Santiago.

Downey y Dawson son declarados no culpables de todos los cargos excepto uno: conducta impropia de un Marine de los Estados Unidos. A pesar de la admisión del coronel en el estrado, los dos cuervos terminan siendo dados de baja del Cuerpo.