La Srta. Hannigan tiene la otra mitad del medallón de Annie porque los verdaderos padres de la niña perecieron en un incendio. Se lo da a su hermano Rooster y a su novia Lily, y con eso y un certificado de nacimiento falsificado convence a Annie y a Oliver Warbucks de que son sus padres para cobrar la recompensa que Warbucks ha ofrecido.

Los villanos se llevan a Annie y a su perro Sandy, pero poco después sus compañeros huérfanos, que escucharon el plan y escaparon del orfanato, llegan a la mansión de Warbucks con la también escapada Sandy y revelan la verdad. Warbucks moviliza a todas las autoridades de N.Y.C. y su helicóptero privado para buscarla. Annie engaña a los villanos para que la dejen salir de su camión por un minuto, y huye, perseguida por Rooster, que intenta matarla, incluso cuando la Srta. Hannigan intenta detenerlo. Él la persigue hasta un puente de ferrocarril y pronto está colgando de su parte superior; es rescatada por el sirviente de Warbucks, Punjab, por medio del helicóptero.

Rooster y Lily son arrestados, y todos los demás personajes (incluida la señorita Hannigan) celebran que Annie se haya reunido con su "papá" Warbucks y su secretaria Grace, dándole por fin la familia que quería.