Callum Lynch fue testigo de cómo su padre asesinó a su madre cuando era niño. Como adulto, está programado para ser ejecutado por asesinato, pero Abstergo Industries lo elige para que forme parte del Proyecto Animus, en el que revive los recuerdos de su antepasado, Aguilar de Nerha, quien formó parte de una Hermandad de asesinos.

Sophia Rikkin y su padre Alan dirigen Abstergo, pero están asociados con los Caballeros de la Orden Templaria, que eran los enemigos de los Asesinos. Los Templarios buscaron la Manzana del Edén para controlar el libre albedrío.

En el presente, Callum se entera de que su padre mató a su madre después de que ella lo hiciera voluntariamente para evitar ser parte de los experimentos de Abstergo. Callum asume el papel de un asesino y lidera un equipo de cautivos de Abstergo contra los templarios modernos, matando a Alan Rikkin y recuperando la manzana.