Tras los acontecimientos de la película anterior, Junjie se ha instalado como miembro de la Banda de Shane y les presenta el concepto de Slug-Fu. Al forjar una profunda conexión con sus babosas, Junjie puede controlarlas a distancia, como demuestra con su Infurnus Juju. Las cosas no tardan en dar un giro hacia lo extraño cuando todas las babosas de aire y tóxicas del grupo se convierten de repente en Ghouls incurables.

La investigación posterior revela que todas las babosas de aire y tóxicas de Bajoterra también se han convertido. Mientras se dirigen a ayudar a lidiar con el caos, el grupo es emboscado por el clan Sombra y llevado a su base de operaciones. Allí Eli es golpeado por una babosa Enigmo que contiene un mensaje holográfico de Will Shane.

El holograma explica que en el caso de que Will ya no esté con él, y si Bajoterra estuvo alguna vez realmente en peligro, entonces el Clan de la Sombra tiene instrucciones de encontrar a Eli y golpearlo con esa babosa, que detalla la leyenda de los elementales. Según la leyenda, todas las babosas evolucionaron a partir de cinco babosas que regulan y controlan la sangre vital de Bajoterra, cada una de las cuales representa uno de los cinco elementos, tierra, fuego, agua, viento y energía.

Si en el caso de que uno de ellos se viera afectado por algo, digamos por ejemplo convertirse en un ghoul, entonces todos sus descendientes también se verán afectados, incluso aquellos que desde entonces han evolucionado en sub elementos únicos como las babosas Tóxicas. Si en el caso de que tal cosa ocurriera entonces Eli debe encontrar las cinco babosas, desghouled, y disparar a todos a la vez que efectivamente curar cada babosa en Bajoterra.

Como es obvio que la babosa del viento ya ha sido eliminada, el grupo decide ir a por la babosa del agua. Allí el grupo descubre que además del hecho de que el alto número de babosas ghouled han efectuado el medio ambiente, como el agua regular se convierte en agua oscura. Pero que han sido derrotados a la babosa de agua por una alianza recién formada de la Bane Oscura, el Goon con un nuevo baboso oscuro y un Doctor Blakk fuertemente mutado, que fue mutado cuando cayó en las Cavernas Profundas de la lucha anterior de Eli con él.

Con el elemental de agua también gubiado, la Banda de Shane decide ir a por el elemental de Tierra a continuación. La falta de confianza de la Banda de Shane en Junjie casi les cuesta la vida cuando casi se ahogan en el lodo, salvados sólo por el elemental de tierra. Mientras tanto, la Alianza ha ido a la tranquila caverna del césped para recoger el elemental de energía, sólo para enterarse de que no está allí y enfrentarse a Red Hook. Después de que la Alianza se vaya, la Banda de Shane llega y pronto se encuentra con el mismo obstáculo que la Alianza, ni siquiera con el rastreador de babosas elementales de Kord. Sin embargo cuando llegan allí, ven a Garfio Rojo que fue herido cuando Blakk lo aplastó con una roca y la pandilla Shane lo ayuda pero todo parece inútil al principio hasta que llega Doc y lo cura. Eli suma dos y dos se da cuenta que al haber encontrado a Doc dentro de Quiet Lawn se da cuenta que Doc es el elemental de energía.

Con el recuento de dos babosas cada uno el grupo decide ir a por la última babosa. Con la única entrada a la caverna siendo un gran agujero que conduce a Junjie y Eli se ven obligados a ir solos ya que son los únicos que pueden montar sus Infurnos hasta la cima. Desgraciadamente, en medio de la huida, el elemental de fuego queda gubiado convirtiendo a los dos Infurnos en Ghouls también. A Kord se le ocurre la idea de desguazar sus bestias mecánicas para construir mochilas propulsoras con las que volar hasta la cima y proporcionar el apoyo que tanto necesitan. La lucha se extiende hasta el bosque de hongos, donde el Goon se separa de su hondero, que resulta ser nada menos que el padre perdido de Eli, Will Shane.

Además, el elemental de tierra también ha sido destruido, por lo que el grupo sólo puede luchar con sus babosas de energía y Doc es su única esperanza para curar a los elementales. El Dr. Blakk y el Goon toman la decisión de dejar de lado sus diferencias para derrotar a la Banda de Shane. En el fuego cruzado resultante, un disparo del elemental de viento abre un portal de tierra hacia las profundas cavernas en las que Will se mete a sí mismo, a Blakk y al Matón. Por mucho que le duela hacerlo, los demás convencen a Eli para que dispare las babosas con los demás, salvando a Bajoterra pero sellando el portal. Eli se promete a sí mismo que el grupo rescatará a su padre y que nada se interpondrá en su camino.