Balto (voz de Kevin Bacon), después de un encuentro con un lobo blanco mientras guiaba al equipo del trineo de perros que llevaba la antitoxina a los niños de Nome afectados por la difteria, decide seguir el consejo de su amigo Boris (voz de Bob Hoskins): Confíen en sus instintos de lobo y no en los de perro para guiar al equipo de trineos de perros de vuelta a Nome. Balto lleva el equipo y la medicina de vuelta a Nome sano y salvo. Steele (expresado por Jim Cummings), que mintió sobre la muerte de Balto y la pérdida de la medicina, rápidamente es rechazado por todos los perros del pueblo a favor de Balto.

La antitoxina es administrada a tiempo para salvar la vida de los niños, más específicamente de Rosie (expresada por Juliette Brewer).

Balto finalmente se gana el respeto de la gente del pueblo por su heroísmo, y Rosie incluso le dice a Balto mientras lo abraza "Balto, estaría perdida sin ti". Él y Jenna se acurrucan juntos frente a los habitantes del pueblo, con Star (voz de Robbie Rist) mencionando que se debería hacer una estatua de Balto.

La película se desarrolla hasta el presente, donde la anciana (Miriam Margolyes) y su nieta (Lola Bates-Campbell) han localizado la estatua conmemorativa de Balto en el Central Park de Nueva York. Después de leer la placa y mientras la nieta se adelanta a la anciana, ésta la mira y le dice: "Gracias, Balto, estaría perdida sin ti". La nieta grita entonces "¡Abuela Rosie!" y mientras se va para alcanzar a su nieta la cámara enfoca la estatua de Balto antes de que la pantalla se desvanezca en negro.