Formado en una escuela de medicina holandesa en Nagasaki, el joven y arrogante doctor Noboru Yasumoto aspira a la condición de médico personal del Shogunato, cargo que actualmente ostenta un pariente cercano, y espera progresar a través de la privilegiada y aislada estructura militar de la educación médica. Sin embargo, para la formación médica de posgrado de Yasumoto, se le asigna una clínica rural bajo la dirección del Dr. Kyojō Niide, conocido como Akahige ("Barba Roja"). Bajo un exterior rudo, el Dr. Niide es un director de clínica compasivo.

En un principio, Yasumoto se siente furioso por su destino, ya que cree que no tiene mucho que ganar trabajando a las órdenes de Barbarroja. Supone que Barbarroja sólo está interesado en ver las notas médicas de Yasumoto de Nagasaki, y se rebela contra el director de la clínica. Se niega a ver a los pacientes o a llevar su uniforme, desprecia la comida y el ambiente espartano, y se adentra en un jardín prohibido donde conoce a "La Mantis", un misterioso paciente al que sólo el Dr. Niide puede tratar.

La antigua prometida de Yasumoto, Chigusa, le ha sido infiel, poniendo fin a su compromiso y generando en él un desprecio hacia las relaciones. Mientras Yasumoto lucha por aceptar su situación, la película cuenta la historia de algunos de los pacientes de la clínica. Uno de ellos es Rokusuke, un hombre moribundo del que el Dr. Niide discierne que está aquejado de una miseria secreta que sólo se revela cuando aparece su hija desesperadamente infeliz. Otro es Sahachi, un hombre muy querido del pueblo, conocido por su generosidad con sus vecinos, que tiene una trágica conexión con una mujer cuyo cadáver es descubierto tras un derrumbe. El Dr. Niide lleva a Yasumoto a rescatar a una niña enferma de doce años, Otoyo, de un burdel (luchando contra una banda local de matones para hacerlo) y luego le asigna la niña a Yasumoto como su primer paciente. A través de sus esfuerzos por curar a la traumatizada niña, Yasumoto comienza a comprender la magnitud de la crueldad y el sufrimiento que le rodea, así como su poder para aliviar ese sufrimiento, y aprende a lamentar su vanidad y egoísmo.

Cuando el propio Yasumoto cae enfermo, el Dr. Niide le pide a Otoyo que lo cuide hasta que se recupere, sabiendo que el cuidado de Yasumoto será también parte de su propia curación. La hermana menor de Chigusa, Masae, visita la clínica para ver cómo está Yasumoto, diciéndole que su madre quiere que le visite. A través de su madre, Yasumoto se entera de que Chigusa ha tenido un hijo con su nuevo amante. Más tarde, Masae confecciona un kimono para Otoyo, mostrando una compasión que sugiere que podría ser un buen partido para Yasumoto. A la madre de Yasumoto le gusta Masae y le sugiere que se casen.

Más tarde, cuando un chico local, Chôji, es sorprendido robando comida de la clínica, Otoyo le muestra compasión y se hace amiga de él, transmitiendo la compasión que recibió de Niide y Yasumoto. Cuando la madame del burdel acude a la clínica para reclamar a Otoyo y llevársela de vuelta al burdel, los médicos y el personal de la clínica se niegan a dejar ir a Otoyo y ahuyentan a la madame. Cuando Chôji y su indigente familia intentan escapar de su miseria tomando juntos un veneno, los médicos de la clínica trabajan para salvarlos.

A Yasumoto se le ofrece el puesto de médico personal del Shogunato que tanto había codiciado. Acepta casarse con Masae, pero en la boda anuncia que no aceptará el nuevo puesto, sino que se quedará en la clínica, rechazando un lugar cómodo y prestigioso en la sociedad para seguir sirviendo a los pobres junto al Dr. Niide.