Hushpuppy, de seis años, y su malhumorado padre, Wink, viven en una pequeña comunidad en una isla del pantano de Luisiana llamada "Bathtub". Aunque se encuentra más allá del sistema de diques que ayuda a proteger la tierra del norte de la subida del nivel del mar, Wink piensa que es el lugar más bonito del mundo y mira con desprecio la forma de vivir de la gente del otro lado del dique.

En una rústica escuela de la comunidad, la señorita Bathsheba enseña a los niños de la Bañeza sobre unas criaturas prehistóricas llamadas aurochs que aterrorizaban a los cavernícolas y se comían a sus hijos. Sin embargo, dice que los cavernícolas no se lamentaron de su destino, y que los estudiantes deben recordar esta lección y aprender a sobrevivir, ya que el tejido del universo pronto se "desenredará", provocando que los casquetes polares se derritan y que la Bañera acabe bajo el agua.

En casa, Hushpuppy descubre que Wink ha desaparecido, así que se las arregla sola. Cuando regresa, lleva una bata de hospital y una pulsera. Discuten y él le dice a Hushpuppy que le deje en paz. Ella regresa a su casa, que es un edificio separado del que reside Wink, y encuentra su comida quemándose en la estufa. Sube la calefacción, lo que hace que su casa se incendie y atrae la atención de Wink. Se produce una persecución entre los dos, y ella acaba recibiendo una bofetada de Wink. Cuando ella se desquita dándole un puñetazo en el pecho, él se desploma. Al mismo tiempo, se oye un trueno. Hushpuppy piensa que ha desequilibrado el Universo al golpear a su padre y corre a buscar ayuda. La señorita Bathsheba le da una medicina a base de hierbas, pero cuando Hushpuppy vuelve a casa, Wink no aparece por ningún lado.

Mientras tanto, el desprendimiento de hielo libera en el océano a unos uros que han sido congelados en el hielo polar. Durante el resto de la película, se les ve llegar a tierra, salir del hielo que los encierra y dirigirse hacia la Bañera.

Mientras el tiempo empeora y Hushpuppy observa cómo muchos residentes de la Bañera huyen de la inminente inundación, ve a Wink tambaleándose por el lado de la carretera. Encuentra a algunos amigos y les anima a capear la tormenta antes de llevar a Hushpuppy a su casa para que haga lo mismo. La Bañera se inunda durante la noche, y al día siguiente Wink y Hushpuppy recorren la devastación y se reencuentran con el puñado de sus vecinos que también se han quedado.

Los habitantes de Bathtub que quedan construyen casas flotantes y hacen planes para reconstruir su comunidad. Algunos de ellos piensan que la inundación es sólo temporal, pero la señorita Bathsheba cree que es permanente y dice que el tiempo que les queda para tener que mudarse es limitado. A medida que pasa el tiempo, parece que tiene razón, así que Wink urde un plan para drenar el agua haciendo un agujero en el dique con un cadáver de cocodrilo relleno de explosivos. El agua retrocede, pero entonces llegan las autoridades para imponer una evacuación obligatoria de la Bañera. Trasladan a los residentes restantes a un refugio de emergencia y Wink se somete a una operación para su dolencia en contra de sus deseos. Sin embargo, ya es demasiado tarde para restablecer su salud e intenta enviar a Hushpuppy para que la críe otra persona, pero ella se niega a ir. A la primera oportunidad, los evacuados escapan de vuelta a sus hogares.

Mientras Wink agoniza, Hushpuppy y algunos de sus amigos intentan nadar hasta una luz parpadeante al otro lado del agua que, según ella, podría llevarla hasta su madre ausente. Los recoge un barco que los lleva a un bar flotante conocido como los Campos Elíseos. Hushpuppy descubre que la cocinera es su madre, aunque la mujer no la reconoce. La cocinera le dice a Hushpuppy que puede quedarse con ella si quiere, pero Hushpuppy le dice que tiene que volver a casa.

Hushpuppy vuelve a la Bañera justo cuando también llegan los uros. Sus amigos huyen, pero ella se mantiene tranquila y se enfrenta a los uros. Los convence de que se vayan y se va con Wink. Se despiden por última vez y ella y los demás habitantes de la Bañera le dan el funeral que pidió.