Una colonia de hormigas, liderada por la anciana Reina y su hija la Princesa Atta, vive en medio del lecho de un arroyo estacionalmente seco en una pequeña colina conocida como "La Isla de las Hormigas". Todos los veranos, se ven obligadas a dar comida a una pandilla de dominantes saltamontes, liderados por Hopper. Un día, el individualista e inventor Flik tira accidentalmente la ofrenda al agua con su último invento, una cosechadora de grano. Hopper exige el doble de comida como compensación. Cuando Flik sugiere encarecidamente a las hormigas que reclamen la ayuda de bichos más grandes para luchar contra los saltamontes, Atta lo ve como una forma de deshacerse de Flik y lo manda a paseo.

En la "ciudad de los bichos", que es un montón de basura bajo un remolque, Flik confunde a una tropa de bichos de circo (que han sido despedidos recientemente por su codicioso director de pista, P.T. Flea) con los bichos guerreros que busca. Los bichos, a su vez, confunden a Flik con un agente de talentos, y aceptan su oferta de viajar con él de vuelta a la Isla de las Hormigas. Durante una ceremonia de bienvenida a su llegada, los bichos del circo y Flik descubren sus malentendidos mutuos. Los Circus Bugs intentan marcharse, pero son perseguidos por un pájaro cercano; mientras huyen, rescatan a Dot, la hermana pequeña de Atta, del pájaro, ganándose el respeto de las hormigas. A petición de Flik, continúan con la treta de ser "guerreros", para que la tropa pueda seguir disfrutando de la hospitalidad de las hormigas. Al oír que Hopper teme a los pájaros, Flik crea un pájaro falso para ahuyentar a los saltamontes. Mientras tanto, Hopper recuerda a su pandilla que las hormigas les superan en número 100 a 1, y casi mata a dos de sus hombres aplastándolos con la comida, y sospecha que las hormigas acabarán rebelándose contra él.

Las hormigas terminan de construir el pájaro falso. Durante la celebración posterior, P.T. Flea llega en busca de su compañía para volver a contratarlas, revelando su secreto. Indignadas por el engaño de Flik, las hormigas lo exilian y tratan desesperadamente de reunir comida para una nueva ofrenda a los saltamontes. Sin embargo, cuando Hopper regresa y descubre la mediocre ofrenda, se apodera de la isla y exige el suministro de alimentos de las hormigas para el invierno, planeando ejecutar a la Reina después. Al enterarse del plan, Dot convence a Flik y a los Circus Bugs para que regresen a la Isla de las Hormigas.

Después de que los Circus Bugs distraigan a los saltamontes el tiempo suficiente para rescatar a la Reina, Flik despliega el pájaro. Al principio engaña a los saltamontes, pero P.T. Flea, que también lo confunde con un pájaro de verdad, lo quema, dejando al descubierto que es un señuelo. En represalia, Hopper hace golpear a Flik, diciendo que las hormigas son formas de vida humildes y bajas que viven para servir a los saltamontes. Flik afirma que Hopper en realidad teme a la colonia, porque siempre ha sabido de lo que son capaces. Esto inspira a las hormigas y a los insectos del circo a luchar contra los saltamontes, expulsando a todos menos a Hopper.

Las hormigas empujan a Hopper al cañón del circo de P.T. Flea para dispararle y sacarlo de la isla, pero de repente empieza a llover. En el caos que se produce, Hopper se libera del cañón y secuestra a Flik. Los Bichos del Circo y Atta lo persiguen, y este último alcanza a Hopper y rescata a Flik. Flik atrae a Hopper al nido de la madre pájaro que atacó a Dot anteriormente; pensando que el pájaro es otro falso, Hopper se burla de ella, hasta que ella lo agarra y lo alimenta con sus polluelos.

Al desaparecer los enemigos, Flik mejora sus inventos y la calidad de vida de la Isla de las Hormigas. Él y Atta se convierten en pareja, y envían a unas cuantas hormigas y al simpático hermano de Hopper, Molt, a ayudar a P.T. y a los Bichos del Circo en su nueva gira. Atta y Dot se convierten en la nueva Reina y Princesa, respectivamente. Las hormigas felicitan a Flik como héroe y se despiden con cariño de la compañía de circo.