En un futuro tecnológico lejano, la civilización ha alcanzado su forma definitiva basada en la Red. Una "infección" en el pasado hizo que los sistemas automatizados se descontrolaran, dando lugar a una estructura de ciudad de varios niveles que se replica infinitamente en todas las direcciones. Ahora la humanidad ha perdido el acceso a los controles de la ciudad y es perseguida para ser purgada por el sistema de defensa conocido como la Salvaguarda. En un pueblo, un grupo conocido como los Electropescadores se enfrenta a la extinción final, atrapados entre la amenaza del Salvaguarda y la disminución de los suministros de alimentos. Una chica llamada Zuru emprende un viaje para encontrar comida para su aldea con un grupo de amigos, sólo para causar inadvertidamente la perdición cuando una Atalaya la percibe y engendra una manada de Salvaguardia para eliminarlos. Con sus compañeros muertos y todas las rutas de escape bloqueadas, la repentina llegada de Killy el Errante, en su búsqueda de un humano que posea el Gen Terminal de Red, la salva junto con Tae, su amigo íntimo.

Killy es llevado de vuelta a la aldea, donde conoce a Pop, el líder de la aldea, que se interesa por él al enterarse de que ha estado desde "6000 niveles más abajo". Killy incluso ayuda a resolver el problema de la comida del pueblo, pasándoles una gran cantidad de raciones. De repente, se marcha a una zona por debajo de la aldea llamada el Santuario de la Pudrición, y seguido por Zuru y Tae, encuentra la máquina-corpus estropeada de Cibo, un antiguo científico de antes del desastre. Cibo revela que fue ella quien construyó un generador de escudos que protege a la aldea del Salvaguarda, y dice a los aldeanos que es posible producir más raciones acudiendo a una "fábrica automatizada" cercana.

Haciendo caso a sus palabras, un grupo de electropescadores, entre los que se encuentran Tae y Zuru, viajan a la fábrica automatizada en busca de más raciones. Al llegar allí, Cibo ayuda a entrar en el sistema y produce una gran cantidad de raciones, para alegría de los electropescadores. Sin embargo, justo después de producir una máquina para Killy, el sistema rechaza su entrada y comienza a producir en masa Exterminadores para eliminar a los Electropescadores. Cibo, que se rehace a sí misma utilizando el sistema en forma de cyborg, conduce a los aldeanos, con Tae ahora con el brazo roto, a un vagón de tren y escapa de vuelta al pueblo. Durante el trayecto, Killy queda inconsciente al intentar salvar a los Electro-Pescadores.

Al llegar a la aldea, los habitantes celebran la repentina cantidad de comida, al tiempo que lloran su pérdida. Mientras celebran, Cibo despierta en secreto a Killy con sólo Zuru como testigo y lo conduce hacia el generador de escudos con la máquina. Mientras se dirige hacia abajo, Tae lleva su arma a la plataforma del observatorio y dispara al generador de escudos, tras lo cual se revela que la verdadera Tae fue asesinada y sustituida por un representante cibernético de la Salvaguardia en la fábrica. Sanakan, como ahora se llama a sí misma, procede a matar a la mayoría de los aldeanos, considerándolos residentes ilegales, mientras destruye la aldea en el proceso.

Killy, al darse cuenta de lo que ha ocurrido, corre de vuelta a la aldea por su cuenta. Cibo sigue bajando a mayor velocidad, donde coloca la máquina justo al lado del Generador de Escudo destruido y se conecta a él. De vuelta a la cima, Sanakan está matando a los aldeanos, pero los ancianos de la aldea conducen frenéticamente al resto de los aldeanos a la cima de la aldea, donde se resisten a ella usando las armas que les quedan. El propio Killy entra en combate con Sanakan, quien después de derribarlo, señala que es un cuerpo "robado a la Salvaguarda". Killy es salvado en el último momento por Zuru, que le lanza su arma; la cual dispara y destruye a Sanakan, pero no antes de que éste destruya a Cibo.

Cibo, en una dimensión alternativa, suplica a la Autoridad, que controla la Salvaguarda, que deje ir a los aldeanos. Al no poder hacerlo, le permiten acceder al mapa de la ciudad, revelando un nivel abandonado y a salvo del control de la Salvaguardia al que los aldeanos pueden evacuar.

Cibo, que ahora funciona con el único brazo que le queda, conduce a los aldeanos restantes a un vagón de tren transnivel, pero justo después de que los aldeanos suban, una Atalaya los descubre y engendra un Exterminador gigantesco. Killy lanza a Zuru el dispositivo que le ha mantenido a salvo del Salvaguardia, tras lo cual dice que sigue queriendo encontrar el Gen de la Terminal de Red, que permite el control humano del Salvaguardia. Al parecer, Killy se sacrifica para que los aldeanos puedan escapar.