Brandon Teena es un joven trans cuyo nombre de nacimiento era Teena Renae Brandon[8] Cuando el hermano de una antigua novia descubre que Brandon es transgénero, recibe amenazas de muerte. Poco después, se ve involucrado en una pelea en un bar y es desalojado de la caravana de su primo. Brandon se traslada a Falls City, Nebraska, donde se hace amigo de los ex convictos John Lotter y Tom Nissen, y de sus amigas Candace y Lana Tisdel. Brandon se involucra sentimentalmente con Lana, que al principio desconoce tanto su anatomía como su problemático pasado. Los dos hacen planes para mudarse a Memphis, donde Brandon gestionará la carrera de cantante de karaoke de Lana. Finalmente, se besan durante una cita nocturna que termina con la práctica del sexo.

La policía detiene a Brandon por cargos anteriores a su traslado; lo ingresan en la sección de mujeres de la prisión de Falls City. Lana paga la fianza de Brandon y le pregunta por qué le han metido en una cárcel de mujeres. Brandon intenta mentirle, diciendo que nació hermafrodita y que pronto se someterá a una cirugía de reconstrucción genital, pero Lana lo detiene, declarando su amor por Brandon independientemente de su género. Sin embargo, mientras Brandon está en prisión, Candace encuentra una serie de documentos en los que figura el nombre de nacimiento de Brandon, Teena Brandon, y ella y sus amigos reaccionan a esta noticia con asombro y disgusto. Entran en la habitación de Brandon, buscan entre las cosas de éste y descubren literatura transgénero que confirma sus sospechas. Tom y John se enfrentan violentamente a Brandon, obligándole a quitarse los pantalones y a mostrar sus genitales. Intentan que Lana mire, pero ella se tapa los ojos y se aparta. Después de este enfrentamiento, Tom y John arrastran a Brandon al coche de John y lo llevan a un lugar aislado, donde lo golpean brutalmente y lo violan en grupo.

Después, llevan a Brandon a la casa de Tom. Aunque está herido, Brandon escapa por la ventana del baño. Aunque sus agresores amenazan a Brandon y le advierten que no denuncie el ataque a la policía, Lana le convence de que lo haga. Sin embargo, el jefe de policía resulta estar menos preocupado por el crimen que por la "crisis de identidad sexual" de Brandon.

Más tarde, John y Tom se emborrachan y conducen hasta la casa de Candace. Lana intenta detenerlos, pero encuentran a Brandon, que se ha escondido en un cobertizo cercano. John dispara a Brandon bajo la barbilla, matándolo al instante. Mientras Candace les pide a gritos que perdonen a su bebé, Tom le dispara en la cabeza mientras Lana lucha con ellos, rogándoles que se detengan. Tom apuñala el cuerpo sin vida de Brandon. John y Tom huyen de la escena mientras una llorosa Lana yace con el cuerpo de Brandon y el bebé camina por la puerta abierta hacia el exterior, llorando. A la mañana siguiente, Lana se despierta junto al cadáver de Brandon. Su madre llega y la aleja de la escena. Mientras Lana abandona Falls City, se escucha en una voz en off una carta que Brandon le escribió.