La trama consta de cuatro actos, que se presentan en orden anacrónico. El orden cronológico es 3 (Génesis), 2 (Éxodo), 1 (Apocalipsis), 4 (Retribución). Así, después del primer acto, el Apocalipsis, los actos siguientes son lo que sucedió antes y el cuarto acto es cronológicamente el último.

1. Apocalipsis

Liz vive en el viejo oeste con su marido Eli y sus dos hijos: El hijo de Eli, Matthew, del anterior matrimonio de Eli, y la joven hija de Liz y Eli, Sam. Liz es una comadrona que puede oír pero es muda, por lo que se comunica a través del lenguaje de signos. Un nuevo ministro llega a su iglesia, y en el momento en que Liz escucha su voz, parece reconocerlo y se aterroriza. Más tarde, ese mismo día, Liz se ve obligada a elegir entre dar a luz a un bebé de forma segura o salvar a su madre; elige matar al bebé y salvar a la madre, sin decírselo a ésta hasta después de terminar el procedimiento. Después, el padre, Nathan, culpa a Liz. Más tarde, un Nathan borracho se presenta en casa de Eli y Liz, violento y amenazante; Nathan afirma que Liz es responsable de la muerte de su hijo. En medio de la pelea, el reverendo aparece y le dice a Nathan que se vaya. A continuación, entra en la casa de Eli y tiene una misteriosa charla con Liz, diciendo que es culpable del asesinato del hijo de Nathan y que debe ser castigada. Cuando Eli escucha parte de la conversación, el reverendo sale de la casa. Más tarde, las ovejas de Eli son encontradas muertas y él busca a Nathan, que ha desaparecido. Más tarde, Liz se escapa por la noche para matar al Reverendo, pero en su lugar encuentra la muñeca de su hija en la cama del Reverendo. Mientras tanto, el reverendo destripa a Eli y lo deja morir en su granero. Mientras agoniza, Eli le dice a Matthew que lleve a la familia a las montañas con el padre de Eli, antes de que el chico le dispare. Liz y los niños huyen de la granja.

2. Éxodo

Una joven llamada Joanna que camina por el desierto es recogida por una familia china. En la ciudad minera de Bismuth, es vendida a un burdel propiedad de Frank. Joanna es protegida por Sally hasta que ésta es ahorcada por disparar a un cliente violento; Elizabeth protege entonces a Joanna. Después de que Elizabeth muerda la lengua de un cliente abusivo, le cortan la lengua como castigo. Joanna le enseña a Elizabeth el lenguaje de signos con un libro que le ha dado el médico. Elizabeth planea escabullirse de Bismuth para empezar una nueva vida, y hace arreglos a través de un agente matrimonial para casarse con Eli. El ministro llega al burdel y se pone violento con Joanna. Elizabeth salva a Joanna y es asesinada por el ministro. Joanna le corta el cuello y huye, cortándose la lengua y ocupando el lugar de Elizabeth con Eli.

3. Génesis

En el desierto, dos hombres malheridos, Samuel y Wolf, son los últimos supervivientes en una disputa por el oro que ha dejado varios otros hombres muertos. Parten en un solo caballo. La joven Juana vive con su madre, Ana, y su padre, que es el ministro. Samuel y Wolf se desmayan en la granja y Joanna los cuida en secreto. Anna se enfrenta al Ministro cuando se da cuenta de que éste desea a su hija, por lo que la golpea y humilla colocándole una brida de regañar en la cabeza. En respuesta, Anna se suicida a la vista de la congregación de la iglesia. Al día siguiente, el ministro lleva a Joanna a la iglesia y comienza a celebrar una ceremonia de boda entre él y su hija. Samuel intenta rescatarla, pero el ministro lo mata. Su padre azota a Joanna y la viola. Por la mañana ella huye.

4. Retribución

El Ministro dispara a Matthew mientras sigue a Liz a la casa de su suegro en las montañas. Mata a su suegro y le dice a Liz que golpeará y violará a su hija, pero Liz lo mata en su lugar. Tiempo después, cuando Liz ha convertido la casa de Eli en un aserradero, Nathan llega para arrestarla. El ministro lo había enviado a Bismuth, donde se convirtió en ayudante y luego en sheriff. Habiendo encontrado un cartel de búsqueda de Elizabeth Brundy (la mujer sin lengua que mató a Frank antes de salvar a Liz/Joanna), Nathan ha venido a arrestarla (a Liz). Mientras Nathan la escolta hasta un ferry, con una última mirada a su hija jugando en la orilla, Liz se tira al lago y se ahoga. Su hija Sam, ahora una mujer adulta con un hijo propio, la recuerda bien.