En 1969, Henry Brubaker llega a la prisión estatal de Wakefield, en Arkansas, disfrazado de recluso. Inmediatamente es testigo de los abusos y la corrupción, incluyendo la agresión sexual abierta y endémica, la tortura, la comida enferma y llena de gusanos, el fraude y el chanchullo desenfrenado. Durante un dramático enfrentamiento con Walter, un preso trastornado que estaba recluido en régimen de aislamiento, Brubaker se revela como el nuevo director de la prisión, ante el asombro tanto de los presos como de los funcionarios.

Brubaker intenta reformar la prisión, con la vista puesta en la rehabilitación de los presos y los derechos humanos, chocando frecuentemente con los funcionarios corruptos de la junta estatal de prisiones que se han beneficiado de los chanchullos durante décadas. Recluta a varios presos de larga data, entre ellos los trustys Larry Lee Bullen, Richard "Dickie" Coombes y el ex empleado del alcaide Purcell (que en secreto sigue siendo leal a los trustys sin escrúpulos) para que le ayuden en la reforma. Lillian Gray, especialista en relaciones públicas de la oficina del gobernador, también intenta influir en Brubaker para que reforme la prisión de forma que el gobernador quede bien parado.

Para mejorar la prisión, Brubaker despide a su contable corrupto, que acumulaba un alijo de alimentos ilícitos aparentemente para los reclusos, pero que en realidad vendía para generar beneficios, echa al antiguo médico de la prisión cuando se entera de que los reclusos estaban cobrando por el tratamiento médico, y quema una choza de placer ilícito en los terrenos de la prisión donde vivían el influyente hombre de confianza Huey Rauch y su novia Carol. Tras el derrumbe de un tejado defectuoso en los barracones de la prisión, Brubaker se reúne con C.P. Woodward, un vendedor de madera y participante desde hace mucho tiempo en el esquema de chanchullos de la prisión. Acusando a Woodward de utilizar a los presos como mano de obra esclava y de embolsarse a propósito el dinero del contrato mientras construía intencionadamente un tejado de mala calidad y sin seguro, Brubaker rescinde el contrato de Woodward. También supervisa la formación de un consejo de reclusos, lo que permite a los reclusos gobernarse a sí mismos. Durante la primera reunión del consejo de reclusos, Abraham Cook, un viejo recluso negro que sigue encarcelado tres años después de haber cumplido su condena, aparta a Brubaker y le confiesa que se le encargó la construcción de ataúdes para los presos asesinados. Eddie Caldwell, un administrador sádico, se da cuenta, y él, Purcell y Rauch atraen a Abraham a la sala médica, donde es torturado con un teléfono Tucker. Brubaker asiste a la reunión del consejo de administración de la prisión, donde descubre que muchos de los miembros están enfurecidos por la interrupción de sus planes de chanchullos a través de sus reformas y no están interesados en invertir ningún dinero para mejorar la prisión. Brubaker acusa al jefe de la junta de la prisión, John Deach, de haber defraudado a la prisión mediante pólizas de seguro de equipos agrícolas inexistentes (mientras dejaba los edificios de la prisión sin asegurar) antes de salir furioso de la reunión.

La mañana siguiente a la reunión de la junta de la prisión, Brubaker se despierta y descubre el cuerpo de Abraham suspendido del asta de la residencia del alcaide. Mientras excava la zona que Abraham le reveló, Brubaker descubre múltiples tumbas sin marcar que contienen cuerpos de presos que murieron violentamente. La noticia llega a la oficina del gobernador, y Gray, junto con Edwards, un miembro liberal de la junta de la prisión, y el corrupto senador estatal Hite, intentan convencer a Brubaker de que deje de excavar tumbas con la promesa de financiación para la prisión, tratando de convencerle de que en su lugar ha descubierto un antiguo cementerio de indigentes. Brubaker se niega y continúa con las excavaciones. Rauch se lamenta bruscamente de la confesión de Abraham, y Coombes, conociendo la implicación de Rauch en la muerte de Abraham, amenaza a Rauch, que entonces escapa de la prisión y se esconde en un restaurante local. Brubaker y varios trustys le persiguen, y en el tiroteo resultante, Bullen y Rauch mueren. Debido al desbordamiento de la violencia fuera de los muros de la prisión, la junta despide a Brubaker y celebra una vista sobre los cuerpos exhumados en la que sigue mintiendo sobre su origen. Brubaker entra y hace un comentario sobre el ahorro de dinero de los contribuyentes disparando a los presos en lugar de enviarlos a Wakefield, lo que enfurece a Deach. Brubaker se marcha y Gray le sigue, implorándole que se comprometa, pero éste se niega a comprometerse por un asesinato.

Brubaker sale de la prisión mientras el nuevo alcaide, el disciplinario de línea dura Rory Poke, se dirige a los presos. Coombes se acerca a Brubaker y le dice simplemente: "Tenías razón". Coombes comienza a aplaudir, y los convictos ignoran a Poke y se acercan a la valla, despidiendo con palmas a un lloroso Brubaker.

Una frase en los créditos dice:

Dos años después del despido de Henry Brubaker, 24 reclusos, liderados por Richard "Dickie" Coombes, presentan una demanda contra la prisión de Wakefield. El Tribunal dictaminó que el tratamiento de los presos en Wakefield era inconstitucional y ordenó que la prisión fuera reformada o cerrada. El gobernador no fue reelegido.