Parte 1: El argentino

En La Habana, en 1964, el Che Guevara es entrevistado por Lisa Howard, quien le pregunta si la reforma en toda América Latina no podría empañar el "mensaje de la Revolución Cubana".

En 1955, en una reunión en Ciudad de México, Guevara conoce a Fidel Castro. Escucha los planes de Castro y se inscribe como miembro del Movimiento 26 de Julio.

Regresa a 1964 para el discurso de Guevara ante la Asamblea General de las Naciones Unidas en Nueva York, donde pronuncia un apasionado discurso contra el imperialismo norteamericano, y defiende las ejecuciones que su régimen ha cometido, declarando que "esta es una batalla a muerte".

Marzo de 1957. Guevara se enfrenta a ataques de asma debilitantes mientras su grupo de revolucionarios se reúne con el de Castro. Juntos, atacan un cuartel del ejército en la Sierra Maestra el 28 de mayo de 1957. A partir de ese momento, comienzan a ganarse a la población campesina de Cuba y reciben un apoyo cada vez mayor, al tiempo que luchan contra el gobierno y los traidores en su seno. Sin embargo, poco a poco el gobierno pierde el control de la mayoría de las zonas rurales. Poco después, el Movimiento 26 de Julio forja alianzas con otros movimientos revolucionarios de Cuba y comienza a asaltar pueblos y aldeas. La mayoría caen en manos de los rebeldes sin apenas resistencia.

El 15 de octubre de 1958, los guerrilleros se acercan al pueblo de Las Villas. La batalla de Santa Clara se describe con Guevara demostrando su habilidad táctica mientras los guerrilleros se enfrentan calle a calle y descarrilan un tren que transportaba soldados y armamento cubanos. Hacia el final de la película, salen victoriosos. Con la Revolución Cubana ya terminada, Guevara se dirige a La Habana, comentando "hemos ganado la guerra, la revolución empieza ahora".

Parte 2: Guerrilla

La segunda parte comienza el 3 de noviembre de 1966 con la llegada de Guevara a Bolivia disfrazado de representante de la Organización de Estados Americanos de mediana edad procedente de Uruguay, que posteriormente se adentra en las montañas para reunirse con sus hombres. La película está organizada por el número de días que estuvo en el país. El día 26, hay solidaridad entre los hombres de Guevara a pesar de su condición de extranjero. Sin embargo, en el día 67, Guevara ha sido traicionado. Intenta reclutar a algunos campesinos, pero le confunden con un traficante de cocaína, y el Partido Comunista Boliviano, dirigido por Mario Monje, se niega a apoyar la lucha armada. En el día 100, hay escasez de alimentos y Guevara ejerce la disciplina para resolver los conflictos entre sus seguidores cubanos y bolivianos.

En el día 113, algunos de los guerrilleros han desertado y, al ser capturados, han conducido al ejército boliviano al campamento base de los revolucionarios, que contenía grandes reservas de alimentos, suministros muy necesarios e información que identificaba a gran parte del grupo como cubanos. Para decepción del Che, Tamara "Tania" Bunke, el contacto revolucionario de Guevara, ha estropeado los elaborados preparativos y ha delatado su identidad. El día 141, los guerrilleros capturan a soldados bolivianos que se niegan a unirse a la revolución y son libres de regresar a sus pueblos. Llegan asesores de la CIA y de las fuerzas especiales del ejército estadounidense para supervisar la actividad antiinsurgente y entrenar al ejército boliviano. El día 169, el amigo de Guevara que estaba de visita, el intelectual francés Régis Debray, es capturado en Muyupampa por el ejército boliviano junto con dos de los últimos contactos del Che con el mundo exterior. El día 219 se produce un ataque aéreo boliviano contra los guerrilleros del Che, que los lleva a esconderse aún más. Para entonces, el Che ha dividido sus fuerzas; sus mejores combatientes viajan con él en una columna, mientras que otra columna contiene otro personal, incluida Tania, y lleva gran parte de los suministros restantes.

Guevara se enferma y en el día 280 apenas puede respirar como resultado de su asma aguda. Sin embargo, sigue dirigiendo a su grupo hacia la otra columna de revolucionarios. El día 302, el ejército boliviano aniquila a la otra columna, matando a Tania Bunke, Juan Acuña Ñunez y varios otros en una emboscada cuando intentaban cruzar el Vado del Yeso después de que un informante local informara a las tropas bolivianas de los movimientos de los rebeldes. En el día 340, Guevara es atrapado por el ejército boliviano en el barranco de Yuro, cerca del pueblo de La Higuera. El Che es herido y capturado. Al día siguiente, un helicóptero aterriza y el agente cubano-estadounidense de la CIA Félix Rodríguez sale para interrogar al Che, pero sin éxito. El alto mando boliviano llama entonces por teléfono y ordena la ejecución de Guevara. Lo fusilan el 9 de octubre de 1967, y su cadáver es atado a los patines de aterrizaje de un helicóptero y trasladado al exterior.

En una última escena retrospectiva, Guevara está a bordo del Granma en 1956, mirando hacia el océano, cuando la Revolución Cubana está a punto de comenzar. Ve a los hermanos Castro solos en la proa del barco; Fidel está hablando y Raúl está tomando notas. Guevara entrega una naranja pelada a uno de sus compañeros y vuelve a mirar a los hermanos solos antes de que la escena se desvanezca en negro.