Final de Código fuente explicado
El Capitán Colter Stevens (Jake Gyllenhaal) fue asesinado en acto de servicio dos meses antes de la fecha en la que se desarrolla la película.
Su cerebro sigue estando vivo gracias al Dr. Rutledge (Jeffrey Wright), ya que es parte de un programa experimental de Código Fuente, que permite al sujeto revivir sus últimos ocho minutos de vida.
La conciencia de Stevens es transportada a un pasajero en un tren que se dirige a Chicago y tiene la misión de descubrir quién bombardeó el tren antes de que el terrorista cometa un segundo ataque más mortífero en Chicago.
Después de muchas pruebas y errores, Stevens identifica al atacante como Derek Frost (Michael Arden), el hombre que siempre se ve dejando caer su cartera antes de abandonar el tren.
Cuando Frost es arrestado, Stevens solicita volver al Código fuente por última vez, para poder tener la oportunidad de salvar a las personas del tren, especialmente a Christina (Michelle Monaghan), de quien comenzó a enamorarse en el transcurso de su misión.
A pesar de que se le recalca que los pasajeros no son más que sombras de los sucesos que ya pasaron, Goodwin (Vera Farmiga) lo manda de vuelta con la advertencia de que se le desconectará de la máquina que lo mantiene consciente (lo cual fue prometido por el Dr. Rutledge) al concluir el ocho minutos.
Usando toda la información que obtuvo en las visitas anteriores, Stevens logra desactivar la bomba y detener a Frost.
También logra que Christina se enamore de él y hace una llamada de despedida a su padre. También envia un correo electrónico a Goodwin.
Mientras tanto, el Dr. Rutledge, que planea expandir el programa del Código fuente, decide faltar a su palabra y mantener a Stevens en el programa (borrando su memoria).
Después de descubrir esto, Goodwin se encierra con el respirador de Steven. Sabiendo que su tiempo casi ha terminado, Stevens besa a Christina justo cuando Goodwin lo desconecta del soporte vital.
Después de desconectarse, Stevens descubre que su conciencia aún existe en el tren. Los trenes se detienen en Chicago y Stevens y Christina terminan felices juntos.
Mientras tanto, Goodwin recibe el correo electrónico de Stevens, en el que le cuenta que el código fuente fue mejor de lo que nadie imaginaba, ya que consiguió crear una realidad alternativa.
Stevens le dice que probablemente hay un Colter Stevens en su realidad esperando empezar con el programa del Código Fuente y que ella también debería ayudarlo.
