Mientras la represión Nazi se manifiesta cada vez más en la vida cotidiana de todos, como se ve en un incidente en el que un grupo de la Milicia, colaboradores cercanos de la Wehrmacht, es expulsado de un restaurante por intentar acosar a un cliente judío, y Julien (Gaspard Manesse), sus padres y "Bonnet" (Raphaël Fejtö) son testigos, las cosas también toman un giro amargo en la escuela. Joseph (François Négret), el ayudante de cocina, es acusado de vender suministros de alimentos de la escuela en el mercado negro y es despedido; durante el interrogatorio, señala, entre otros, a Julien y a su hermano mayor François (Stanislas Carré de Malberg), como cómplices. A pesar de saber esto, el Père Jean (Philippe Morier-Genoud) no expulsa a los chicos.

En represalia, Joseph denuncia la presencia de estudiantes judíos en la escuela a la Gestapo, y ellos llegan y registran las instalaciones durante una mañana de enero de 1944. Julien, quien revela accidentalmente que "Bonnet", en realidad se llama JEAN KIPPELSTEIN, cuando su aula es inspeccionada por los oficiales Nazis, descubre esto cuando se encuentra con Joseph y lo comprende todo; Joseph se justifica aludiendo "que hay una guerra en marcha", tras lo cual se separan intercambiando miradas llenas de odio. La Gestapo ordena el cierre de la escuela y que todos, excepto los alumnos judíos, sean enviados fuera; ante esto, Julien y "Bonnet" intercambian libros una última vez mientras empacan sus pertenencias.

Con todos reunidos en el patio, un oficial de la Gestapo reprende a Père Jean por ser "débil y desobediente" y por incurrir en lo que se consideró una acción ilegal. Père Jean, "Bonnet", Negus (Arnaud Henriet) y Dupre (Damien Salot) son arrestados y llevados; mientras se van, Père Jacques se voltea y se despide de los niños, diciendo: "AU REVOIR, LES ENFANTS!! À BIENTOT!!" ("¡Adiós, niños! ¡Hasta pronto!"), a lo que ellos responden: "AU REVOIR, MON PÈRE!!" ("¡Adiós, mi padre!"). Además, Julien y "Bonnet" se despiden tristemente desde lejos. Todos los demás son enviados fuera.

La película termina con una voz en off de un Julien adulto, donde explica que los tres niños judíos, "Bonnet", Negus y Dupre, murieron en Auschwitz, y que Père Jean fue enviado a Mauthausen, donde también murió, históricamente, poco después de la liberación del campo por las Fuerzas Aliadas. Además, la escuela fue reabierta en octubre del mismo año y, a pesar de los muchos años que pasaron, nunca olvidaría lo que sucedió ese día de enero mientras viviera.