La película comienza cuando un barco de carga es asaltado por criminales durante una tormenta. Arthur Curry/Aquaman (Jason Momoa) emerge del océano montando su gigantesco caballito de mar, Tormenta. Procede a derrotar a los criminales mientras escuchamos su voz hablando sobre su vida en los últimos años. Después de vencer a su hermano Orm/Maestro del Océano (Patrick Wilson), Arthur es ahora el rey de Atlantis, un trabajo que encuentra aburrido. También se ha casado con Mera (Amber Heard) y tienen un hijo, Arthur Jr. Los padres de Arthur, Thomas (Temeura Morrison) y Atlanna (Nicole Kidman), también ayudan a criar a Junior mientras Arthur se ocupa de sus deberes como rey y como Aquaman. Junior también muestra haber heredado la habilidad de Arthur para comunicarse con criaturas submarinas.

En algún lugar del Ártico, David Kane/Black Manta (Yahya Abdul-Mateen II) lidera una expedición en su búsqueda de venganza contra Aquaman. Se ha asociado con el biólogo marino Dr. Stephen Shin (Randall Park) y otros para localizar Atlantis. Shin y otro miembro de la tripulación terminan cayendo en una grieta helada. Una criatura que ha estado dormida en el hielo durante mucho tiempo rompe su tentáculo y arrastra al miembro de la tripulación hacia su muerte. David y sus hombres más tarde recuperan a Shin y se encuentran con otras criaturas que permanecen congeladas en el hielo. David se sumerge bajo el agua y se encuentra con el Tridente Negro. Une ambas mitades y ve una visión de un rey monstruoso, Kordax (Pilou Absaek), llamándolo a David y ofreciéndole ayuda para matar a su enemigo si David lo libera.

Cinco meses después, las temperaturas alrededor del mundo comienzan a subir a un ritmo alarmante. Mera lleva a Arthur ante el Consejo de Atlantis, liderado por Karshon (Indya Moore), para discutir el asunto. Arthur cree que es hora de que Atlantis se revele al mundo de la superficie, algo con lo que todos rápidamente están en desacuerdo. Arthur va a compartir una cerveza con su padre y discute lo difícil que son sus deberes como rey cuando los demás no están de acuerdo con él.

En el Atlántico, David intenta localizar una fuente de combustible llamada Oricalco, que se encuentra en Atlantis y puede alimentar máquinas hechas por Shin. Después de encontrar las reservas atlantes de Oricalco, David inicia un ataque contra Atlantis. Atlanna y Mera entran a defender el reino y luchan contra Black Manta, pero él usa su casco láser para incapacitar a Mera. Antes de que pueda matarla, llega Aquaman para una pelea. Manta empuña el Tridente Negro, dándole mayor fuerza y poder sin su traje. Arthur persigue a David, pero él usa un dispositivo en su barco para emitir un pulso sónico que deja a Arthur inconsciente.

Después del ataque, Karshon intenta culpar a Arthur por el ataque a Atlantis, y Mera es hospitalizada. Arthur discute con Atlanna y el Rey Nereus (Dolph Lundgren) cómo enfrentar la amenaza de Black Manta. Determinan que David está usando el Oricalco para causar el aumento de las temperaturas en todo el mundo. Para encontrar a Manta, Arthur sugiere que necesita la ayuda de Orm, a pesar de que Atlanna y Nereus piensan que es una mala idea intentar sacarlo de la prisión. Arthur cree que puede confiar en su hermano esta vez.

Arthur usa un traje sigiloso para entrar en la prisión en el Reino de los Pescadores, junto con un cefalópodo llamado Topo que es bueno en el camuflaje. A Orm le han privado de la mayor parte de su agua, dejándolo demacrado y debilitado. Arthur llega a su hermano y lucha contra los crueles guardias antes de liberar a Orm, quien no está demasiado contento de ver a Arthur. Los dos toman control de dos grandes bestias que los llevan de vuelta a la superficie. Más guardias persiguen a los hermanos, pero Orm logra llegar a la playa y recuperar su fuerza, permitiéndole derribar a los guardias. Arthur y Orm luego se retiran al océano antes de que lleguen los refuerzos.

Los hermanos viajan a un santuario pirata submarino llamado la Ciudadela Hundida. Se acercan a un jefe criminal llamado Kingfish (Martin Short) para obtener información sobre cómo encontrar a David. Cuando Kingfish se niega a ayudar, Arthur y Orm luchan contra sus secuaces antes de que Arthur coloque un casco en la cabeza de Kingfish para drenar el agua de él hasta que admita que ha oído hablar de que Manta se esconde en un volcán inactivo llamado Profundidad del Diablo. Después de obtener suficiente información, Arthur rompe el casco y huye con Orm.

Shin se encuentra con David hablando en el espejo con Kordax, aunque la imagen del rey malvado desaparece antes de que Shin pueda verlo. Después de que David sale de la habitación, Shin toca el Tridente Negro y ve las visiones de Kordax. David amenaza a Shin si continúa entrometiéndose en sus asuntos.

Arthur y Orm (y Topo) llegan a una isla donde se encuentra la Profundidad del Diablo, rodeada por una vasta jungla. Ven que gran parte de la vida vegetal y animal ha mutado, por lo que huyen de un grupo de insectos gigantes. Arthur derriba una estatua para crear un puente para él y Orm, y empujan la estatua por el acantilado para enviar a los insectos a su muerte. Arthur y Orm continúan discutiendo en el camino a su destino pero finalmente encuentran la base de Manta antes de noquear a algunos de sus hombres. Shin los encuentra y les pide unirse a ellos ya que no se dio cuenta de lo loco y peligroso que es realmente David. Antes de que Shin pueda explicar lo que está sucediendo, la mano derecha de David, Stingray (Jani Zhao), irrumpe por la puerta, dejando a Shin inconsciente. Los villanos persiguen a los hermanos, con Stingray controlando un gran robot con tentáculos para ir tras ellos. Arthur y Orm trabajan juntos para derribar al mecha antes de que Manta aparezca para enfrentarlos. Luchan contra él, pero antes de que pueda matar a Orm, las fuerzas atlantes lideradas por Nereus atacan y destruyen la base. Manta y sus secuaces escapan después de usar el pulso sónico en Arthur nuevamente, pero él es salvado por Mera.

Todos se recuperan en la superficie, donde Orm comienza a contarle a Arthur lo que sabe del Tridente Negro ya que brevemente lo tuvo en sus manos mientras luchaba contra Manta. Kordax era el hermano del Rey Atlan (Vincent Regan), quien comenzó su propio reino, Necrus (el Reino Perdido titular) forjó el Tridente Negro en un intento de tomar el control de Atlantis. Terminó corrompiéndolo y convirtiendo a Kordax y sus súbditos en monstruos. Para liberar a Kordax, se debe usar sangre de un descendiente directo de Atlan, lo que significa que Manta puede ir por Arthur, Orm, Atlanna... o Arthur Jr.

Efectivamente, Manta llega a Amnesty Bay y ataca a Thomas en su propia casa antes de secuestrar a Junior y prender fuego a la casa. Arthur rescata a su padre y lo deja con Atlanna para que lo cuide. Después de que Shin ve que David secuestró a Junior, envía una señal a los atlantes para que vengan a encontrarlos. Arthur se une a Mera, Orm, Nereus y el Rey de los Brine (John Rhys-Davies) para ir a buscar a Manta.

David y Stingray localizan Necrus, y él se prepara para llevar a Junior al trono de Kordax. Arthur convoca a las criaturas del abismo para que lo ayuden. Las criaturas marinas sobrecargan las frecuencias en la base de los villanos, causando una explosión y matando a Stingray y a otros secuaces. Justo antes de que Manta se prepare para usar la sangre de Junior, Shin en cambio le da una bolsa con una bomba dentro mientras lleva a Junior a un lugar seguro. Después de enfrentarse a otros secuaces, Arthur y Orm confrontan a Manta, pero Manta logra golpear a Arthur lo suficientemente fuerte como para sacarle sangre y despertar a Kordax. Orm toma el Tridente Negro y comienza a ser poseído por la influencia de Kordax. El rey malvado intenta enfrentar a los dos hermanos entre sí, pero Arthur apela a la mejor naturaleza de Orm, y los dos superan la posesión. Arthur lanza el Tridente Negro hacia Kordax, pero él lo atrapa. Shin luego lanza a Arthur su propio tridente, que él arroja directamente a través del Tridente Negro, causando que se rompa y destruya a Kordax. Con su muerte, Necrus comienza a desmoronarse. David comienza a caer a través de un abismo, y Arthur le ofrece la oportunidad de salvarlo, pero él simplemente se burla diciendo "¡Nunca!" a Arthur y se deja caer a su muerte. Todos los demás logran salir.

Tras su escape, Arthur y Mera agradecen a Shin por salvar a Junior, mientras todos deciden permitir que Orm quede libre fingiendo que murió en el colapso. Orm se despide de su hermano y de su madre antes de nadar lejos.

Arthur regresa a Atlantis y cumple con su decisión de revelar el reino al mundo de la superficie. Atlantis emerge del océano ante todo el mundo, y Arthur habla ante las Naciones Unidas en un intento de unir la tierra y el mar. Luego termina su discurso presumiendo de que él es el rey de Atlantis, y, por supuesto… ¡AQUAMAN!

Durante los créditos, se ve a Orm comiendo una hamburguesa por primera vez desde que Arthur se lo sugirió. Luego ve una cucaracha arrastrándose cerca (Arthur había convencido antes a Orm de que la gente come cucarachas) y luego la añade a su hamburguesa.