Un grupo de cachorros es robado de una tienda de mascotas por dos ladrones. Un cachorro de San Bernardo escapa y se cuela en la casa de la familia Newton. El padre adicto al trabajo, George, no quiere la responsabilidad de tener un perro, pero su esposa, Alice, y sus hijos, Ryce, Ted y Emily, lo convencen. Le ponen el nombre de "Beethoven" cuando Emily toca una parte de la Quinta Sinfonía de Ludwig van Beethoven en el piano y él ladra al ritmo.

Beethoven y la familia Newton

Beethoven crece y se convierte en un perro adulto, ayudando a Ryce, Ted y Emily a superar sus problemas: ayuda a Ryce a hablar con un chico que le gusta, ahuyenta a los matones de Ted y salva la vida de Emily cuando cae en la piscina de una niñera irresponsable. George, celoso del afecto que recibe Beethoven, se siente desplazado mientras su familia lo mima. Sus travesuras arruinan una barbacoa que está organizando para Brad y Brie Wilson, desagradables capitalistas de riesgo que buscan invertir y estafarlo en su empresa de ambientadores para coches.

El siniestro Dr. Varnick

Los Newton llevan a Beethoven al veterinario, el Dr. Herman Varnick, para un examen médico rutinario y vacunas, pero desconocen que él está involucrado en experimentos con animales poco éticos y mortales. Dr. Varnick le dice a George sobre una supuesta inestabilidad mental en los San Bernardo, haciéndolos potencialmente peligrosos para los humanos, y le aconseja que vigile a Beethoven en busca de signos de agresividad. Sin embargo, el Dr. Varnick en realidad necesita perros con cráneos grandes, como los San Bernardo, para una prueba de munición.

La confrontación y rescate

El Dr. Varnick visita más tarde la casa de los Newton con el pretexto de hacer un examen de seguimiento a Beethoven. Pone sangre falsa en su brazo, corta y rasga la manga de su camisa, y golpea a Beethoven hasta que este salta sobre él. El Dr. Varnick finge estar agonizando, advirtiendo a George que Beethoven podría volverse agresivo y debe ser sacrificado o no tendrá más opción que presentar cargos. Emily, que vio al Dr. Varnick golpearlo, protesta diciendo que el ataque fue falso, pero George, temiendo por la seguridad de su familia, lleva a Beethoven al consultorio del Dr. Varnick. En el camino, George descubre su propio cariño por él: recuerda que su padre tuvo que llevar a su perro al veterinario para sacrificarlo y nunca se lo perdonó. George teme que su familia ahora lo odie por llevar a Beethoven a ser sacrificado. Cuando George regresa a casa con la correa y el collar vacíos, su familia se levanta de la mesa de la cena en lugar de quedarse con él, confirmando sus temores.

Después de estar molesto, los Newton van al consultorio del Dr. Varnick, pero él les dice que Beethoven ya ha sido sacrificado. Sin embargo, George recuerda que la recepcionista le dijo que Beethoven no sería sacrificado hasta el día siguiente. George luego nota que el Dr. Varnick no tiene marcas de mordeduras en su brazo y lo ataca. Los Newton lo siguen a su almacén. Beethoven se libera pero es recapturado por los dos asociados del Dr. Varnick, Harvey y Vernon, los ladrones que robaron la tienda de mascotas al principio, mientras Alice llama a la policía. George se estrella a través de la claraboya justo cuando el Dr. Varnick se prepara para disparar a Beethoven. Antes de que pueda hacerlo, un Jack Russell Terrier cautivo muerde al Dr. Varnick en la entrepierna, haciendo que dispare al aire. Al escucharlo, Ted conduce el coche a través de la puerta y lo choca contra un carrito, lanzando numerosas jeringas al Dr. Varnick y sedándolo. Mientras los Newton se reúnen con Beethoven y liberan a todos los perros cautivos, notan que Harvey y Vernon intentan escapar, pero Ted envía a los perros tras ellos. Escapan a un depósito de chatarra, solo para ser atacados por una manada de Doberman que lo guardan.

El Dr. Varnick, Harvey y Vernon son arrestados por crueldad hacia los animales. Los Newton son elogiados como héroes por las noticias y George comienza a apreciar a Beethoven. Ryce también recibe una llamada del chico que le gusta. Los Newton se van a dormir, diciendo buenas noches a Beethoven y a todos los perros que rescataron, quienes duermen en la habitación principal.