Un residente local de West Mesa descubre una escena espantosa después de que su perro desentierra huesos humanos en un campo vacío. Tras la investigación, las autoridades encuentran los restos de once mujeres y un niño nonato, todos enterrados bajo el campo, presumiblemente por un asesino en serie. Debido a la gravedad del caso, el alcalde insiste en emplear ayuda federal, lo que lleva al jefe Carter a dar la bienvenida al agente Petrovick a su equipo. Sin embargo, mientras el agente del FBI, experto en la captura de asesinos, da algunas pautas al equipo, incluidos los detectives principales Young y Ortega, este último no está de acuerdo con sus amplias hipótesis. En cambio, mantiene la sospecha sobre un sospechoso que queda fuera del radar de Petrovick: el detective Tate.

Hace unos años, Tate tuvo serios problemas con el departamento de policía después de que se supo que explotaba a trabajadoras sexuales, a quienes a menudo obligaba a tener relaciones sexuales con él a cambio de favores del departamento. Aunque el departamento lo despidió por lo mismo, fue reinstalado y transferido a Narcóticos poco después. Ortega escucha rumores sobre él y comienza a investigar el caso desde el mismo ángulo sin informar a los demás. Resulta que el detective tiene la sospecha de que los restos encontrados en el Boneyard pertenecen a varias mujeres que han desaparecido recientemente. Además, su propia sobrina, Selena, una trabajadora sexual, es una de las personas cuya desaparición está impulsando la urgencia del policía para resolver el caso.

Por esta misma razón, Ortega sigue a Candy, otra trabajadora sexual que trabajaba frecuentemente con Selena antes de que desapareciera. Aunque al principio la mujer es reacia a hablar con el policía, accede a compartir información oficialmente y le dice que vio a Selena subirse al coche de Tate la noche en que desapareció. Una vez que Carter se entera de la sospecha de Ortega sobre Tate, inicia una reunión con Petrovick al respecto. Finalmente, este último revela que el FBI ha estado siguiendo a Tate por un tiempo con la intención de dejar que su reputación los lleve a objetivos más grandes, como traficantes de personas y cárteles de drogas.

Aunque no hay pruebas contra Tate, salvo los rumores en la calle, Ortega decide pasar por alto a Carter y se acerca a Graham, el sargento del otro oficial. Mientras tanto, otro hombre, Caesar Monto, que coincide con la evaluación de Petrovick sobre el asesino, se oculta a simple vista, a menudo acechando a varias mujeres. Frecuenta un mercado en particular, donde se le puede ver mirando a las mujeres jóvenes y actuando de manera extraña alrededor de ellas. A medida que los detalles del Boneyard llegan al público, el dueño del mercado se pone en contacto con Petrovick y le comparte que ha visto a cada una de las víctimas entrar en su mercado y ha notado el comportamiento extraño y espeluznante de Caesar alrededor de ellas. En consecuencia, a medida que el hombre desagradable recorre las calles, a menudo solicitando trabajadoras sexuales, termina en el radar del agente del FBI.

Final de Boneyard: ¿Es el detective Tate el asesino?

A medida que continúa la investigación sobre el asesino del Boneyard, el detective Tate emerge como uno de los principales sospechosos, al menos para Ortega. Este último tiene un interés personal en el caso, ya que sospecha que una de las mujeres encontradas en el campo es su sobrina, Selena. Aunque no habrá confirmación hasta que lleguen los resultados de ADN, la implicación de Ortega en el caso sigue impulsada por la suposición de que está buscando al asesino de su sobrina. Por lo tanto, una vez que Candy confirma que vio a Selena subirse al coche de Tate la última noche que la vio, el detective de la unidad de vice se convence de que el otro policía es su sospechoso.

Por la misma razón, Ortega, operando bajo emociones angustiosas, se acerca a Graham y Tate para informarles sobre su investigación. Sin embargo, esto pone en marcha una cadena de eventos diferente. Según lo sugerido por el FBI, Tate puede ser rastreado hasta los cárteles de drogas. Sin embargo, su conexión se debe a su empleo bajo el sargento Graham, cuyo departamento entero colude con una organización incriminadora. Por lo tanto, una vez que Graham se da cuenta de que Ortega estará husmeando en sus asuntos debido a Tate, se da cuenta de que sus propias operaciones corruptas pueden estar en peligro.

Consecuentemente, Graham planea delatar a Tate coaccionando a un traficante de drogas para que se presente como testigo, vinculando al policía con el Boneyard. No obstante, Ortega ve la mentira por lo que es. Dado que el departamento no tiene ninguna evidencia firme contra Tate y saben que el testigo de Graham fue plantado, el arresto temprano los pone en peligro. Al final, las cosas solo empeoran una vez que Tate llama a su abogado y al representante del sindicato, quienes probablemente destrozarán la investigación. Además, los resultados de ADN llegan del Boneyard poco después, identificando a Selena como una de las víctimas pero desacreditando la corazonada de Ortega en el mismo movimiento. Dado que también encontraron un niño nonato en la escena, las autoridades pueden realizar pruebas de ADN para ver si Tate resulta ser una coincidencia.

Al final, Tate es exonerado como sospechoso ya que los resultados son negativos. Solicitó sexo de Selena la noche de su desaparición a cambio de una promesa vacía de limpiar su historial. Sin embargo, el verdadero asesino llegó a la mujer después de que el policía la dejara en la esquina de la calle. Asimismo, aunque Tate tenía una historia con la mayoría de las víctimas encontradas en el Boneyard, simplemente era el resultado de su reputación como el "policía más sucio" de la ciudad, que buscaba aprovecharse de las trabajadoras sexuales en cada oportunidad. Sin embargo, nunca cometió sus asesinatos. Eventualmente, Ortega logra utilizarlo para llevar a Graham ante la justicia al probar sus conexiones con los cárteles de drogas. Sin embargo, no logra desenmascarar la identidad del asesino.

¿Es Caesar el asesino?

Además de Tate, Caesar sigue siendo el siguiente sospechoso notable en el caso de los asesinatos del Boneyard. Mientras Ortega enfoca sus esfuerzos en hacer un caso contra el primer sospechoso, la historia de Caesar gira más significativamente en torno a Petrovick. El agente del FBI tiene una larga historia persiguiendo asesinos y ha formado una reputación como experto en el área. En 2003, el hombre perdió a su hija, Sam, después de que un sospechoso los atacara al costado de la carretera y matara a la niña a tiros. Por esta razón, Petrovick lleva una conciencia culpable por no haber atrapado al sospechoso antes. Así, se obsesionó cada vez más con encontrar asesinos.

En el caso del Boneyard, Petrovick sostiene que el asesino probablemente es alguien que puede esconderse fácilmente a simple vista y pasar desapercibido. Además, tiene la corazonada de que, a diferencia de otros asesinos en serie que pueden matar por placer o un propósito superior, sus asesinatos están impulsados por una misión. Según su teoría, el asesino busca mujeres que cree pueden "persuadirlo a pecar". Así, una vez que la historia adopta la perspectiva de Caesar Monto, un hombre solitario que ha sido arrestado por solicitar trabajadoras sexuales antes, los paralelismos se trazan por sí solos.

A lo largo de la película, Caesar consistentemente apunta a diferentes mujeres, ya sea acechándolas mientras hierve de rabia apenas contenida o intentando forzarlas a diversas actividades. Al mismo tiempo, la narrativa muestra instancias del asesino en serie continuando con sus asesinatos, a menudo enterrando nuevas víctimas, incluyendo a Candy. Por lo tanto, una vez que Caesar mata a una mujer en pantalla después de recogerla en una esquina, una especie de confirmación parece llegar sobre su conexión con los asesinatos.

Al mismo tiempo, el dueño del mercado también contacta a Petrovick, quien llega a la misma conclusión de que Caesar debe ser el asesino. Una mujer, que sobrevivió a un intento de asesinato por parte del hombre, incluso comparte su relato con los policías, informándoles que Caesar intentó estrangularla hasta la muerte antes de que Tate llegara a su rescate. Así, el relato despeja aún más el nombre de Tate e implica al otro sospechoso de inmediato. Como resultado, el FBI asalta la dirección de Caesar y lo detiene. No obstante, la muestra de ADN del Boneyard también no coincide con él. Por lo tanto, aunque Caesar estuvo involucrado en ataques dirigidos contra algunas mujeres, no fue el asesino en serie responsable de los restos enterrados.

¿Atraparán los policías al asesino?

Una vez que Caesar también es descartado como sospechoso en el caso del Boneyard, la pista comienza a enfriarse sin leads prominentes a seguir. Además, Laura Young, la pareja de Ortega, revela su investigación personal sobre el otro detective, mostrando su conexión con Selena, lo que resulta en la destitución del primero del caso. Esto resulta ser lo mejor para el hombre, ya que resuelve el caso de la corrupción de Graham, una gran victoria para el departamento, y encuentra la capacidad de distanciarse lo suficiente de la investigación del asesinato de Selena para llorar su muerte. Sin embargo, su salida del caso significa la salida de un detective dedicado.

Sin embargo, un mes después, Ortega se encuentra siendo arrastrado de nuevo al juego. Resulta que las autoridades encontraron otro Boneyard en el otro extremo del campo, donde se descubrieron cuerpos más frescos de mujeres que habían sido asesinadas recientemente. El descubrimiento confirma que el asesino en serie ha regresado o nunca se detuvo en primer lugar. Dado que los espectadores tienen acceso a vislumbres de los continuos crímenes del asesino a través de escenas de un personaje anónimo enterrando mujeres, queda claro que el asesino todavía está activo. Aunque el jefe Carter, el agente Petrovick y los detectives Young y Ortega no logran identificar al asesino al final de la película, el descubrimiento del segundo Boneyard señala su regreso a la investigación. Finalmente, la película termina sin revelar al asesino, mostrando la brutalidad injusta del crimen.