Tras escapar del ataque a la Casa Atreides, Paul y Lady Jessica se unen a los Fremen en su travesía por Arrakis para que Paul pueda entrenarse en la lucha contra los Harkonnens. Una Jessica embarazada bebe el Agua de la Vida tras convertirse en la nueva Reverenda Madre de los Fremen, una sustancia venenosa extraída de las crías de los gusanos de arena que le permite ver los recuerdos de sus antepasados. Paul se gana rápidamente la confianza y el respeto de los Fremen tras aprender a luchar y montar un gusano de arena, lo que le hace ganarse el nombre de "Muad'Dib Usul" entre los guerreros. Mientras tanto, Jessica se propone difundir la profecía y convencer a los Fremen del sur de Arrakis de que Paul es el Lisan al-Gaib, y Paul inicia un romance con Chani.

Los Harkonnens se enteran de que Paul sigue vivo y se movilizan para acabar con él y con los Fremen. El Barón nombra sucesor a su sobrino más joven, Feyd-Rautha, y degrada a Rabban por no mantener la producción de especias y el control de los Fremen. Paul se reúne más tarde con Gurney Halleck, que les guía a él, a Chani y a Stilgar hasta el alijo de cabezas atómicas de la Casa Atreides. Los Harkonnens atacan, matando a muchos Fremen y obligando a los demás a trasladarse al sur, algo que Paul esperaba evitar porque ha visto visiones de gente muriendo a causa de una guerra santa que comenzará si la gente lucha en su nombre.

Paul bebe el Agua de la Vida y sobrevive (normalmente es mortal para los hombres y está reservada principalmente a las Bene Gesserit), lo que le permite ver visiones de sus antepasados, así como de su hermana nonata Alia. Paul se entera de que él y Jessica son nieto e hija del Barón, lo que los convierte en Harkonnens. Paul acepta ahora su destino como Lisan al-Gaib y convence a los demás Fremen de quién es.

El Emperador y los Harkonnens llegan para un enfrentamiento final. Los Fremen utilizan las cabezas nucleares y los gusanos de arena para diezmar las fuerzas Sardaukar. Paul mata al Barón y Gurney a Rabban. Feyd-Rautha se bate en duelo con Paul y muere antes de que Paul obligue al Emperador a rendirse. Paul toma la mano de la hija del Emperador, la Princesa Irulan, lo que rompe el corazón de Chani.

Muchas de las otras Grandes Casas se niegan a aceptar la ascensión de Pablo, por lo que éste comienza a dirigir a los Fremen hacia su predestinada guerra santa. Chani parte entonces a lomos de un gusano de arena hacia un lugar desconocido.