En una mañana de otoño, un Joe Wenteworth adulto visita la tumba de su amigo de la infancia Simon Birch y narra la historia de Simon mientras la película pasa a la década de 1960.

En 1952, Simon es el recién nacido más pequeño de la historia de Gravestown. De niño, le encanta el béisbol, aunque casi nunca llega a jugar en las Ligas Menores, y cuando lo hace, es sólo para conseguir un paseo por su pequeña zona de strike. La madre de Joe, Rebecca Wenteworth, se quedó embarazada cuando estaba en el instituto. El único dato que se conoce sobre la paternidad de Joe es que Rebecca conoció a su padre en un tren. Su negativa a revelar la identidad del padre ha convertido a Joe en objeto de rumores y cotilleos. Simon está obsesionado con el tiempo que puede aguantar la respiración bajo el agua, tratando siempre de mejorar esta habilidad.

Un día Rebecca invita a cenar al profesor de teatro Ben Goodrich. Conoce a Joe y a Simon y trae un armadillo de peluche para Joe. Simon expresa su creencia de que las sutilezas de la iglesia no son necesarias. Frente a la congregación, dice que si Dios ha hecho de las sutilezas una prioridad, están en problemas. El profesor de la escuela dominical, Leavey, menosprecia a Simon, diciéndole que no pertenece a la iglesia y que su creencia de que Dios tiene un plan especial para él es ridícula.

Mientras juega al béisbol, Simon Birch recibe el lanzamiento perfecto y lo golpea. Pronto se convierte en una bola de foul que golpea a Rebecca en la cabeza, matándola inmediatamente. Simon le da a Joe su posesión más preciada, sus tarjetas de béisbol, como disculpa. Simon y Joe tienen una discusión, en la que Simon afirma que todo lo que hace está predestinado. Joe no está de acuerdo y cree que la muerte de su madre fue simplemente un accidente. La abuela de Joe le informa de que debe haber un plan en caso de que ella muera, ya que Rebecca nunca le dijo a nadie quién era el padre de Joe, ni siquiera en confianza. Joe decide que su única esperanza es encontrar a su verdadero padre.

Joe y Simon creen que el padre de Joe puede haber cogido la pelota de béisbol. Irrumpen en el despacho del profesor de gimnasia para averiguar si tiene la pelota de béisbol que mató a Rebecca, ya que eso le implicaría como padre de Joe. No está allí, y Joe destroza la oficina, creyendo que nunca encontrará a su verdadero padre. El jefe de policía accede a dejarlos en libertad si van al retiro de los niños durante sus vacaciones de invierno. Ben los recoge en la comisaría y los lleva a tomar un helado. Simon informa a Ben de su destino de ser un héroe, pero admite que no sabe lo que eso implicará. Sin embargo, teme que pueda ocurrir en cualquier momento, y que él se lo pierda.

La Escuela Dominical organiza una representación navideña con una obra de teatro de la Natividad. Marjorie, la chica más guapa del colegio, es elegida para interpretar a la Virgen María; el acrofóbico Howard es elegido como el ángel; Simón es elegido como el niño Jesús, ya que es el único que cabe en el pesebre. A pesar de sus reticencias, Simón acepta felizmente cuando se da cuenta de que podrá permanecer junto a Marjorie durante toda la obra. Simon ayuda a otro niño a domar su miedo y menciona que los niños le escuchan por su aspecto. Sin embargo, la obra resulta desastrosa, ya que las tórtolas parecen tortugas mutantes aladas, los reyes magos no recuerdan la letra de "Nosotros los Reyes Magos" y la acrofobia de Howard le hace olvidar sus líneas. Pronto se produce el caos cuando Simon, incitado por ver el escote de Marjorie, se le insinúa. Cuando Joe intenta rescatar a Marjorie y detener a Simon, ella le golpea, mientras Howard vomita en el escenario.

Como resultado del caos del concurso, a Simon no se le permite ir al retiro y se le quitan sus tarjetas de béisbol. Sin embargo, irrumpe en el despacho del reverendo para recuperarlos, encontrando sin querer la fatídica pelota de béisbol que implica al hombre como padre de Joe. Simon hace que Ben le lleve al retiro para informar a Joe. En el retiro, el reverendo Russell admite a Joe que es su padre, justo cuando Simon llega con la pelota de béisbol.

Mientras Simon y Joe vuelven a casa en el autobús, éste se estrella en un lago. Cuando el conductor del autobús abandona a los niños y el reverendo queda inconsciente, Simon toma el mando para sacar a todos a salvo. Con la ayuda de Joe, Simon consigue evacuar a casi todos, pero casi se ahoga al salvar al último niño. Joe se despierta en el hospital y visita a Simon, que se está muriendo. Simon menciona que los niños le escucharon por su aspecto, que la ventana por la que escapó era "de su tamaño" y que aguantó la respiración durante "200 Mississippi", para luego morir. Joe comenta que siempre recordará a Simon como el héroe que fue.

La abuela de Joe muere ese verano y él es adoptado por Ben Goodrich justo antes de cumplir 13 años. La película vuelve al presente con Joe adulto en la tumba de Simon Birch. El hijo de Joe, que lleva el nombre de Simon Birch, le recuerda que tiene un partido de fútbol y se marchan.