En 1979, Michael Corleone se acerca a los 60 años. Atormentado por la culpa de su ascenso al poder sin piedad, especialmente por haber ordenado el asesinato de su hermano Fredo Corleone, dona millones a causas benéficas. Michael y Kay están divorciados; sus hijos, Anthony y Mary, viven con Kay. En una recepción en honor a Michael en la Antigua Catedral de San Patricio, que sigue a una ceremonia de inducción de una orden papal, Anthony le dice a su padre que dejará la facultad de derecho para convertirse en cantante de ópera. Kay apoya su decisión; Michael quiere que Anthony termine primero su carrera de derecho, pero finalmente acepta dejarlo seguir su propio camino. Kay revela a Michael que ella y Anthony conocen la verdad sobre la muerte de Fredo. Vincent Mancini, el hijo ilegítimo del difunto hermano de Michael, Sonny, llega a la recepción. Connie, la hermana de Michael, organiza que Vincent resuelva una disputa con su rival, Joey Zasa, pero Zasa llama a Vincent bastardo, y Vincent le muerde la oreja a Zasa. Michael, preocupado por el temperamento de Vincent pero impresionado por su lealtad, acepta incluir a Vincent en el negocio familiar.

Michael sabe que el jefe del Banco Vaticano, el Arzobispo Gilday, ha acumulado un déficit masivo y ofrece $600 millones a cambio de acciones en Internazionale Immobiliare, una compañía internacional de bienes raíces, lo que lo haría su mayor accionista individual. Hace una oferta pública de compra por el 25% de la participación del Vaticano en la compañía, lo que le daría el control. La junta de Immobiliare aprueba la oferta, pendiente de ratificación por el Papa Pablo VI.

Don Altobello, un jefe de la Mafia de Nueva York y padrino de Connie, le dice a Michael que sus socios en La Comisión quieren participar en el trato de Immobiliare. Pero queriendo finalmente ser legítimo, Michael les paga con la venta de sus propiedades en Las Vegas en su lugar. Zasa no recibe nada y, declarando a Michael su enemigo, se va furioso. Don Altobello, asegurando a Michael que puede resolver el asunto diplomáticamente, se va a hablar con Zasa. Momentos después, un helicóptero se cierne fuera de la sala de conferencias y abre fuego. La mayoría de los jefes son asesinados, pero Michael, Vincent y el guardaespaldas de Michael, Al Neri, escapan. Michael se da cuenta de que Altobello es el traidor y sufre un derrame cerebral diabético. Mientras Michael se recupera, Vincent y Mary comienzan un romance, mientras Neri y Connie dan permiso a Vincent para tomar represalias contra Zasa. Durante un festival callejero, Vincent mata a Zasa. Michael regaña a Vincent por sus acciones e insiste en que Vincent termine su relación con Mary porque es peligrosa y porque son primos hermanos.

La familia va a Sicilia para el debut operístico de Anthony en Palermo en el Teatro Massimo. Michael le dice a Vincent que finja desertar de la familia Corleone para espiar a Altobello. Altobello presenta a Vincent a Licio Lucchesi, el presidente de Immobiliare. Michael visita al Cardenal Lamberto, anticipado para convertirse en el próximo papa, para discutir el trato. Lamberto persuade a Michael para hacer su primera confesión en 30 años, durante la cual Michael confiesa entre lágrimas que ordenó el asesinato de Fredo. Lamberto dice que Michael merece sufrir por sus pecados, pero puede ser redimido. Le da la absolución sacramental, perdonando permanentemente todos sus pecados pasados a los ojos de Dios. Michael descubre que el trato de Immobiliare es una estafa elaborada, organizada por Lucchesi, Gilday y el contador del Vaticano Frederick Keinszig.

Vincent le dice a Michael que Altobello ha contratado a Mosca, un asesino veterano, para asesinar a Michael. Mosca, disfrazado de sacerdote, mata al amigo de la familia Corleone, Don Tommasino, cuando regresa a su villa. Mientras Michael y Kay recorren Sicilia, Michael pide perdón a Kay, y admiten que todavía se aman. En el funeral de Tommasino, Michael jura no pecar más. Tras la muerte del papa, el Cardenal Lamberto es elegido para sucederlo, eligiendo como su nombre el Papa Juan Pablo I. Posteriormente, se ratifica el trato de Immobiliare. Los conspiradores contra la ratificación intentan cubrir sus huellas y Gilday mata al nuevo papa con té envenenado. Michael ve que Vincent es un hombre cambiado y lo nombra el nuevo Don de la familia Corleone, a cambio de terminar su romance con Mary.

La familia ve la actuación de Anthony en Cavalleria rusticana en Palermo mientras Vincent ejecuta su venganza:

• Los hombres de Vincent sofocan a Keinszig y luego lo cuelgan de un puente, haciendo que su muerte parezca un suicidio;


• En la ópera, Connie le da a Altobello un cannolo envenenado y lo ve morir desde su palco de ópera;


• Calò, el ex guardaespaldas de Tommasino, apuñala a Lucchesi en el cuello con sus propias gafas.


• Neri viaja al Vaticano, donde dispara y mata a Gilday.

En la casa de ópera durante la actuación de Anthony, tres hombres de Vincent buscan a Mosca, pero él los supera. Después del espectáculo, en las escaleras de la casa de ópera mientras se van, Mosca dispara a Michael, hiriéndolo; una segunda bala golpea a Mary, matándola. Vincent dispara y mata a Mosca. Michael sostiene el cuerpo de Mary y grita de agonía; la escena se desvanece en un montaje de Michael bailando con Mary; su primera esposa, Apollonia; y finalmente, Kay.

Años más tarde, un anciano Michael, sentado solo en el patio de la villa de Don Tommasino, se desploma, cae al suelo y muere.