1851.Edgardo Mortara es el sexto hijo de una familia judía de la ciudad de Bolonia, parte de los Estados Pontificios. Al creerlo enfermo y moribundo, la criada cristiana Anna Morisi le administra el bautismo en secreto, por temor a que, al morir, termine en el limbo. El niño sobrevive, pero siete años después, Anna le cuenta a Pier Feletti, jefe de la oficina boloñesa de la Santa Inquisición, sobre el bautismo: el sacramento habría hecho al niño irrevocablemente católico, y como las leyes de los Estados Pontificios prohíben que un cristiano sea criado por no cristianos, Feletti decide separar al niño de su familia. El 24 de junio, Edgardo es llevado a la fuerza y llevado a Roma, donde permanecería en la Casa dei Catecumeni, el internado para los hijos de judíos convertidos.

Los padres de Edgardo, Momolo y Marianna, hacen todo lo posible para llamar la atención pública sobre el caso, despertando la indignación de intelectuales europeos y no europeos. Sin embargo, esto hace que el papa Pío IX tome cartas en el asunto: la papado está de hecho en un momento de aguda crisis política, habiendo perdido prestigio y autoridad, y siendo visto como un obstáculo reaccionario para la Unificación de Italia. Pío IX decide enfrentar todas las acusaciones, encargándose personalmente de la educación de Edgardo y haciéndole administrar públicamente un segundo bautismo o recepción (canónicamente innecesario) para disipar cualquier duda sobre su pertenencia a la Iglesia Católica. Edgardo es criado y educado en un entorno completamente católico.

Meses después de la llegada de Edgardo a Roma, Momolo y Marianna obtienen permiso para visitarlo. Los miembros de la comunidad judía romana los reciben fríamente, ya que temen perder los privilegios concedidos por el papa debido al clamor mediático generado por el caso. Momolo decide tratar a Edgardo con indiferencia, diciéndole solo que está contento de encontrarlo en buena salud; sin embargo, frente a Marianna, el niño rompe a llorar y le revela a su madre que todavía recita en secreto el Shemá Israel todas las noches. Los encargados de la educación de Edgardo prohíben futuras visitas, a menos que toda la familia se convierta al catolicismo. Los Mortara se niegan y organizan un intento de secuestro del niño, que sin embargo falla y provoca la pérdida total del apoyo de los judíos de Roma.

En 1860, Bolonia fue tomada por los amotinados al papa. Las autoridades judiciales del Reino de Cerdeña, que entonces ejercían jurisdicción en la ciudad, arrestan a Pier Feletti y lo llevan a juicio en el caso Mortara. Durante las audiencias, se reconstruye toda la historia y se descubre que el bautismo administrado por Anna Morisi es válido para todos los efectos. La segunda ceremonia de bautismo no es relevante. Feletti es absuelto de los cargos, ya que actuó en pleno cumplimiento de las leyes vigentes en el momento de los eventos. Edgardo permanece en Roma. El Papa sigue siendo soberano allí gracias a la asistencia militar de Francia bajo Napoleón III. En 1870, cuando Prusia ataca a Francia y las tropas francesas se retiran, el Reino de Italia ocupa Roma y la historia milenaria de los Estados Pontificios llega a su fin con la pérdida del poder temporal del Papa Pío IX.

Mientras tanto, Edgardo crece al cuidado del Papa. Estudia para el sacerdocio y asume el nombre eclesiástico de Pio Maria. En 1870, con la brecha de Porta Pia, Roma se incorpora al Reino de Italia. Uno de los hermanos mayores de Edgardo, Riccardo, que es soldado en el ejército de ocupación, corre a buscarlo y le dice que finalmente puede regresar a casa. Sin embargo, Edgardo se niega, afirmando que su verdadera familia es ahora la Iglesia católica. Cuando Pío IX muere en 1878, Edgardo, en un acto impulsivo, se une a los amotinados que desean arrojar su ataúd al Tíber. Se arrepiente de su acción y huye.

Años después, Marianna, la madre de Edgardo, está muriendo y Edgardo, que años antes se negó a ir al funeral de su padre, finalmente regresa a casa. Aprovechando un momento en que está a solas con su madre, el joven intenta bautizarla, pero ella se niega, declarando que vive como judía y quiere morir como judía.

Después de este intento de conversión, Edgardo es expulsado por sus hermanos. Esto parece ser la ruptura final de su familia con Edgardo. En los créditos finales de la película se afirma que Edgardo fue ordenado sacerdote en los Canónigos Regulares, trabajó en toda Europa como misionero y predicador y que murió en un monasterio en Bélgica en 1940 a la edad de 88 años.