Siglos después de la muerte de César, los simios han evolucionado completamente y se han dividido en clanes. Una joven simia, Noa, forma parte del Clan del Águila, que entrena a las águilas estableciendo vínculos con ellas. El clan es atacado por simios al servicio de Próximo César, un simio tirano que tergiversó las enseñanzas de César en su beneficio. Koro, el padre de Noa, es asesinado por Sylva, el general de Proximus, y el resto de su clan es llevado al asentamiento de Proximus.

Noa forma equipo con un orangután llamado Raka, que respeta las costumbres actuales de César (en concreto, la relación de igualdad entre humanos y simios), así como con una joven humana llamada Mae, que busca a otros humanos. Sylva y sus simios los acorralan, y Raka muere ahogado en el río tras salvar a Mae.

Noa y Mae son llevadas al campamento de Proximus, donde éste intenta abrir las puertas de una cámara acorazada que contiene tecnología humana que planea explotar en sus intentos de conquista total sobre los simios. Tras darse cuenta de que los métodos de Próximus son erróneos, se entera de que Mae espera encontrar un "libro" dentro de la cámara que pueda ayudar a los humanos a comunicarse de nuevo. Se unen a Soona y Anaya, amigas de Noa, para colocar explosivos en la presa cercana y entrar en el búnker. Los simios se enteran de que sus antepasados estuvieron enjaulados mientras los humanos dominaban, y el "libro" de Mae es una clave para descifrarlo.

Proximus y sus simios acorralan a los héroes, pero Mae vuela la presa para inundar el búnker y que Proximus no pueda hacerse con la tecnología o las armas que hay dentro. Sus simios mueren mientras Noa y sus amigos guían a su clan para ponerse a salvo. Proximus ataca a Noa, pero él y los simios utilizan las canciones de sus clanes para guiar a sus águilas a atacar a Proximus y hacerle caer hacia su muerte.

Noa lleva a los simios a reconstruirse, mientras Mae va a buscar un asentamiento humano y les lleva la llave para que puedan contactar con otros supervivientes humanos.