Ambientada en 1946, la historia se narra desde el punto de vista de Fiona (Jeni Courtney), una joven que es enviada a vivir con sus abuelos en un pueblo pesquero irlandés, tras la muerte de su madre, la enfermedad de su padre y el deterioro de su propia salud.

Por las noches, su abuelo le cuenta la historia de la familia, incluida la evacuación de su hogar generacional en la pequeña isla de Roan Inish durante la Segunda Guerra Mundial. Conocida en irlandés como Rón Inis, que significa «isla de las focas», Roan Inish es un lugar real cerca de Narin, un pueblo de la costa occidental del condado de Donegal, al oeste del Ulster.

Viven en la Irlanda de los pueblecitos de pescadores, lugares donde todo el mundo se conoce. La gente vive cerca de la naturaleza, y los animales son respetados y conviven con los aldeanos. Las focas son especialmente respetadas por su especial espíritu humano. Se dice que está muy mal hacer daño a una foca.

Mientras conoce a otros aldeanos, Fiona oye hablar a un primo lejano, Tadhg, de un antepasado que se casó con una hermosa selkie (mujer foca). La historia cuenta que, aunque su matrimonio estuvo lleno de felicidad, éxito y muchos hijos, siempre existió el misterioso vínculo de la foca con el océano. Tadhg le cuenta que la sangre de la selkie permanece en su árbol genealógico y que, una vez cada generación, hay un «oscuro» en la familia, como él mismo y Jamie, el hermano pequeño de Fiona.

Fiona escucha detalles sobre cómo el mar pareció robarle a su hermano pequeño, Jamie, durante la salida de Roan Inish, perdiéndose de vista en su barquita de cuna, unos años antes, para no volver a verlo nunca más.

Su primo, Eamon, que también vive cerca de los abuelos por su salud, suele acompañar al abuelo en su curragh -barco de pesca- en los recados diarios a las islas, incluida Roan Inish. Rápidamente, el brillante y mayor Eamon se convierte en socio de los planes de Fiona, a medida que las aventuras del día en el mar y la costa se vuelven más interesantes.

Pronto, en una de las visitas a Roan Inish, Fiona cree haber encontrado a Jamie retozando en la orilla y, de nuevo, en la hierba. Se lo confía a Eamon, que le advierte que por ahora no se lo cuente a los abuelos. Observa que las focas parecen preocuparse por él, le dan de comer y juegan con él.

Se les ocurre que los abuelos deberían volver a Roan Inish y, cuando lo hagan, las focas les devolverán a Jamie. El actual casero de los abuelos va a vender su casa y pronto tendrán que mudarse, pero no lo harán a Roan Inish debido a la tristeza que sienten por haber perdido a Jamie. Sin decírselo, Fiona y Eamon razonan: si tienen que mudarse otra vez, ¿por qué no volver a la casa de campo que más les gustaba?

Sin decir nada a nadie sobre su plan, Fiona y Eamon se ponen manos a la obra para recuperar las cabañas abandonadas de Roan Inish. Limpian y restauran las cabañas, les dan nueva paja, pintura, jardines y mobiliario.

Tras regresar con sus abuelos, se levanta una terrible tormenta y Fiona teme por la seguridad de Jamie en medio de los fuertes vientos. Se pregunta en voz alta: «Espero que se le ocurra entrar en la cabaña». Sus abuelos la oyen y se quedan totalmente incrédulos ante su explicación.

Su abuela, sabia y sin vacilaciones, se levanta y se pone en pie, y su cuerpo y sus acciones dicen: si hay alguna posibilidad de que el niño viva, cuando se le creía muerto estos años, el rescate debe ser inmediato.

Reúne a su marido, Eamon y Fiona, empacan lo que necesitan, suben al curragh y se dirigen a Roan Inish. Al entrar, ven que Jamie no está y que el viento se levanta con fuerza y ha empezado a llover. Sin embargo, los abuelos están asombrados y agradecidos a Fiona y Eamon por haber restaurado en secreto las casitas estas últimas semanas.

La pequeña cuna de Jamie se balancea hacia la orilla y él salta, dirigiéndose a las cabañas para escapar de la tormenta, guiado a salvo amorosamente por las focas, como probablemente habían estado haciendo todo el tiempo. Pero entonces se detiene y vuelve corriendo: ve a sus abuelos y a Eamon y Fiona, su hermana mayor, y no recuerda nada de ellos. Delante del grupo, la abuela le pide que no tenga miedo y que acuda a ellos en busca de amor y seguridad, que acuda por fin a su familia. Jamie permanece inmóvil y asustado, quieto, y luego corre hacia su cuna, pero en ese momento varias de las focas lo arrean hacia su familia y le impiden volver al barco cuna y al mar. A regañadientes, se abre paso hasta los brazos abiertos de su abuela y se dirigen al interior. Al ver que Jamie está a salvo, las focas se marchan.

En el interior, la familia victoriosa está eufórica por el regreso del niño que creían muerto. Envuelven a Jamie en una manta y se sientan frente a un cálido fuego seco. Fiona lo acuna hasta que se duerme.