Esta película es un relato fantástico de la creación del manuscrito de la vida real llamado El libro de Kell.

Brendan (al que pone voz Evan McGuire) es un niño que vive en una abadía llamada Kells. La abadía está dirigida por su tío, el abad Cellach (al que pone voz Brendan Gleeson). El abad está obsesionado con construir un muro impenetrable alrededor de Kells para mantener alejados a los invasores vikingos que asolan Irlanda. Todos los residentes tienen prohibido aventurarse fuera de los muros de la abadía.

Un día llega un monje llamado Aidan (al que pone voz Mick Lally), que ha huido de una ciudad destruida por los vikingos. Es un iluminador, un monje que ilustra textos religiosos. Aidan lleva consigo un libro religioso ilustrado encuadernado en oro en el que han trabajado varios monjes, incluido él mismo. Cree que terminar el libro es mucho más importante que construir los muros de Kell. Aidan entabla amistad con Brendan y comienza a formarlo como iluminador (ilustrador del libro). Cellach (un antiguo ilustrador) lo desaprueba, pues cree que esas fantasías harán que los vikingos masacren a los habitantes de Kell.

Aidan convence a Brendan (acompañado por el gato de Aidan) para aventurarse fuera de la abadía y adentrarse en el bosque en busca de los materiales necesarios para fabricar más tinta. Los dos son atacados por un grupo de lobos, pero los salva un hada llamada Aisling (con voz de Christen Mooney). Es la reina del bosque y tiene una fuerza física sobrehumana y poderes mágicos a pesar de parecer una niña. Brendan y ella entablan amistad y ella le ayuda a reunir materiales para fabricar tinta. También se topan con la guarida de un ente maligno llamado Crom Cruach, que destruyó a toda la familia de Aisling antes de quedar atrapado en su guarida.

Enfadado por la continua desobediencia de Brendan, el abad Cellach encierra a su sobrino en una mazmorra hasta que accede a abandonar su entrenamiento de iluminación con Aidan. Sin embargo, Aisling se cuela y saca a Brendan de allí en secreto. Aidan le cuenta a Brendan que antes poseía uno de los ojos de Crom Cruach, que le permitía ver el mundo espiritual e incorporarlo al libro. Pero el ojo fue destruido por los vikingos. Brendan se enfrenta a sus miedos y se adentra en la guarida de Crom Cruach. Derrota a la entidad en combate y se hace con su otro ojo. Ahora en posesión del ojo, las proezas de iluminación de Brendan superan incluso a las de Aidan. Brendan empieza a terminar el libro y los residentes pasan el tiempo admirando su trabajo en secreto. Cellach descubre finalmente que Brendan ha escapado, arranca una página del libro tras desecharlo como basura y encierra a Brendan y Aidan en el scriptorium donde han estado trabajando en el libro.

Ese mismo día, los vikingos llegan y asaltan Kells. Consiguen quemar la puerta e invaden la abadía. Al darse cuenta de que su muro era inútil y de que toda su planificación había sido en vano, el abad Cellach intenta llegar al scriptorium para liberar a Brendan y Aidan, pero es apuñalado y herido con una flecha antes de poder llegar. Ve cómo los vikingos queman el scriptorium y masacran a muchos de los habitantes de Kells. Creyendo que casi todos han muerto tras la partida de los vikingos, Cellach y su criado se retiran a la torre (la única estructura que queda) para vivir el resto de sus días avergonzados.

Brendan, Aidan y el gato de Aidan, sin embargo, consiguen escapar del scriptorium y huyen al bosque. Los vikingos los encuentran y arrancan la cubierta dorada del libro, pero dejan las páginas. Los vikingos están a punto de matar a los cautivos cuando Aisling lidera a los lobos en un exitoso ataque contra los invasores. Brendan recoge las páginas y él y Aidan abandonan la zona. Brendan sigue trabajando en el libro a lo largo de los años y lo termina justo antes de que Aidan fallezca de viejo. Brendan, ya crecido, y el gato de Aidan viajan por todo el país, utilizando el libro para llevar esperanza y alegría a la gente de Irlanda.

Brendan y su gato regresan al bosque de su juventud, donde vuelven a ver a Aisling (que no ha envejecido nada). Ella les conduce a las ruinas de Kells. Brendan entra en la torre y descubre que su tío sigue vivo. Callach se disculpa entre lágrimas ante Brendan y reconoce que el libro era mucho más importante que los muros que construyó. Callach también le muestra a Brendan que guardó la página que había arrancado del libro y que era lo único que le había reconfortado a lo largo de los años. Brendan perdona a Callach y le enseña el libro. Callach llora ante la belleza del tomo mientras Brendan le cuenta que la obra se conoce como El Libro de Kells.