1300 a.C. - Los hebreos son esclavos de Egipto desde hace más de 400 años. Han formado y construido la ciudad bajo el dominio del faraón. No han olvidado su patria ni a su Dios, y Él no se ha olvidado de ellos.

El inicio de la opresión

En el templo del faraón en Menfis, Moisés (Christian Bale) y su hermano adoptivo Ramsés (Joel Edgerton) se enteran de que el ejército hitita está cerca de la ciudad. El faraón Seti (John Turturro) se entera por la Suma Sacerdotisa (Indira Varma) de una profecía que afirma que uno de ellos se convertirá en líder. Juntos, los dos hermanos se lanzan a la batalla en sus carros. Con su propio ejército, se enfrentan a los hititas y los derrotan. Ramsés está a punto de morir cuando su carro se rompe y casi es pisoteado, pero Moisés lanza una lanza que rompe el carro hitita. Más tarde, Seti agradece a Moisés haber salvado a Ramsés.

Revelaciones y conflictos

Moisés es enviado a reunirse con el virrey Hegep (Ben Mendelsohn), que supervisa a los esclavos de la ciudad. Mientras caminan, Moisés ve cómo azotan a un esclavo, Joshua (Aaron Paul). Esta imagen le horroriza.

Moisés también se encuentra con una tribu de hebreos liderada por el padre de Josué, Nun (Ben Kingsley). Aquí, Moisés se entera de que él también es hebreo y que fue enviado a Egipto cuando era un bebé. Moisés se siente molesto por esta revelación. Dos hebreos escuchan la historia y se la comunican a Hegep.

Seti muere y Ramsés es nombrado nuevo faraón. Éste se entera del linaje de Moisés por Hegep. Una sirvienta llamada Miriam (Tara Fitzgerald) es llevada ante él para ser interrogada a instancias de la reina Tuya (Sigourney Weaver). Ramsés le pregunta si es la hermana de Moisés. Casi le corta el brazo hasta que Moisés interviene y dice que es su hermana. Tuya quiere que Moisés sea ejecutado, pero Ramsés lo envía al exilio. Antes de partir, Moisés se encuentra con Miriam y su madre biológica, que le dicen que su nombre de nacimiento es Moishe.

El camino hacia la libertad

Moisés viaja por el desierto y se encuentra con Madián y se instala allí. Conoce a Jethro (Kevork Malikyan) y a su hija Zipporah (María Valverde). Con el tiempo, Moisés se convierte en pastor y llega a conocer a Séfora y finalmente se enamoran y se casan.

Nueve años después, Ramsés sigue gobernando Egipto con poder. Se ha casado con Nefertari (Golshifeth Farahani) y tiene un hijo pequeño. Moisés también se ha quedado en Madián y ha tenido un hijo con Séfora llamado Gershom (Hal Hewetson). Moisés no tiene la misma fe en Dios que su mujer y su hijo, lo que molesta a Séfora.

Moisés hace un viaje a la montaña durante una tormenta. Se produce un desprendimiento de rocas en el que queda inconsciente y se rompe una pierna. Se despierta casi completamente sumergido en el barro. Escucha una voz y ve una zarza ardiente. Un niño llamado Malak (Isaac Andrews) se presenta ante él. Es una representación de Dios enviada a hablar con Moisés. El niño coge unas piedras y las apila formando una pirámide para recordar a Moisés lo que debe hacer y quién es su pueblo.

Moisés regresa a la aldea y se cura la pierna. Le cuenta a Séfora lo que ha visto y lo que ha oído. Ella no cree que Dios haya acudido a él siendo un niño. Moisés sabe que tiene una tarea que cumplir, pero Séfora no quiere que deje a su familia.

Moisés regresa a Egipto y se reúne con Nun y Josué. También conoce a su hermano Aarón (Andrew Tarbet) por primera vez, junto con el propio hijo de Aarón. Moisés vuelve al templo y se enfrenta a Ramsés con una espada en el cuello. Ramsés se sorprende al ver que Moisés sigue vivo. Moisés le cuenta a Ramsés su misión de Dios. Después, Ramsés decide que quiere a Moisés muerto, por lo que persigue a los hebreos de la ciudad y comienza a ejecutarlos públicamente hasta que Moisés se entrega.

Moisés reúne a los hebreos y los entrena en el combate contra las fuerzas de Ramsés. Junto con los miembros de la tribu, aprenden a utilizar arcos y flechas, así como defensas contra los egipcios. Mientras tanto, Moisés sigue comunicándose con Malak, que le advierte de algo que está por venir.

El caos comienza cuando un grupo de cocodrilos ataca un barco de pescadores. Las bestias los despedazan (así como a los demás), dejando el mar rojo de sangre. A continuación, las Diez Plagas se abaten sobre Egipto, comenzando por el hecho de que toda el agua de la ciudad se convierte en sangre, con criaturas marinas muertas que salen a la superficie. Del agua salen cientos y cientos de ranas por toda la ciudad. A esto le sigue un enjambre masivo de piojos que recorre toda la tierra. Los egipcios, incluidos Ramsés y su familia, sufren erupciones y forúnculos en la piel. Ramsés consulta a su gran visir y a la Suma Sacerdotisa en busca de ayuda, pero al no obtener resultados, los manda ejecutar.

Moisés vuelve a enfrentarse a Ramsés para que libere a los hebreos. Ramsés argumenta que no hay razón para cambiar esto después de 400 años, ya que también sería malo para Egipto económicamente. Por lo tanto, las plagas continúan con la pestilencia que se apodera del ganado. Tosen sangre antes de morir por todas partes. A continuación, una enorme plaga de langostas se apodera de la ciudad, destruyendo gran parte de las cosechas. Una poderosa tormenta de granizo sigue, causando también mucha destrucción en la ciudad.

Josué se encuentra con Moisés hablando con Malak, aunque Josué no puede ver al muchacho. Moisés se horroriza al saber cuál será la última plaga. Les dice a los hebreos que maten un cordero y cubran sus puertas con sangre. Esa noche, una oscuridad barre la ciudad. El primer hijo nacido en cada hogar egipcio que no está marcado con sangre muere, incluido el hijo de Ramsés. Este encuentra a su hijo muerto y se lamenta. Después de esto, Ramsés le dice a Moisés que parta con los hebreos hacia Canaán.

El éxodo de los hebreos

Moisés conduce a los hebreos en su éxodo de la ciudad. Caminan durante días hasta cruzar el Mar Rojo. Temiendo que no puedan seguir adelante, un frustrado Moisés lanza su espada al océano. Más tarde, las aguas comienzan a retroceder, permitiendo que el pueblo pase. Un hebreo se opone al liderazgo de Moisés, pero éste convence a todos de que continúen siguiéndole, ya que promete llevarlos a casa. Comienzan a atravesar el mar.

De vuelta a Egipto, Ramsés sigue llorando la pérdida de su hijo. Decide ir tras los hebreos. Sus hombres cabalgan a través de las montañas sin detenerse a descansar los hombres o los caballos. En su viaje, una gran parte de los soldados de Ramsés mueren cuando las montañas se derrumban y se llevan a los soldados con ellas. Los egipcios supervivientes alcanzan a los hebreos, que casi atraviesan el Mar Rojo. Las aguas comienzan entonces a reformarse, obligando a todos a correr hacia él. Moisés cabalga hacia Ramsés, mientras Josué, Aarón y los demás le siguen. A medida que las aguas suben y se acercan, Moisés ordena a los hebreos que corran hacia tierra, mientras la mayoría de los soldados de Ramsés se retiran, aunque Ramsés sigue cabalgando hacia Moisés. Las olas caen, matando a los hombres de Ramsés antes de golpear a Moisés y a Ramsés. Moisés sobrevive y se reúne con los hebreos, mientras que Ramsés también sobrevive pero se queda solo entre sus soldados muertos, todos los cuales se dan un festín con las aves.

Moisés conduce a los hebreos a través de Madián para poder reunirse con Séfora y Gersón. Moisés le dice que su fe debe ser ahora más fuerte que nunca. Se abrazan y se besan.

Más tarde, Moisés está tallando los Diez Mandamientos en una losa. Vuelve a hablar con Malak, que le dice que si realmente cree en lo que está escribiendo, debe continuar.

Los hebreos atraviesan el Monte Sinaí. Un Moisés significativamente mayor cabalga con los Diez Mandamientos cerca de él. Se asoma y ve a Malak entre la multitud antes de que parezca desaparecer. Los hebreos continúan su camino hacia la tierra prometida.