En una noche de tormenta, nació el hijo del dios Zeus y la humana Alcmena (Karolina Szymczak). Su madre le puso el nombre de Hércules, que significa "gloria de Hera", para aplacar a la propia diosa. Hera vio el nacimiento del niño como un insulto y planeó matarlo. Dos serpientes salen de los ojos de una estatua de Hera y se deslizan hacia el niño, pero el joven Hércules les rompe el cuello con su fuerza de dios.

De adulto, Hércules (Dwayne Johnson) realiza sus famosos Doce Trabajos. Atraviesa un pantano para enfrentarse a la Hidra de Lerna, rebanando sus cabezas una a una. Se enfrentó al Jabalí de Erymanthia, derribándolo con su garrote. Su labor más conocida fue la de matar al León de Nemea, una bestia cuya piel era tan poderosa que ningún arma podía penetrarla.

El protagonista de esta historia, Iolaus (Reece Ritchie), que también es sobrino de Hércules, está atado y colgado de una pica de madera justo debajo de la ingle. Está prisionero de unos piratas que han invadido Macedonia. El líder de los piratas comienza a quemar la cuerda que sujeta a Iolaus, sin creer una palabra de su historia. El líder no ve a Hércules de pie detrás de él, llevando la piel del León de Nemea en la cabeza y presumiendo de haber matado a la bestia con sus propias manos... o eso dicen. Hércules carga hacia delante con sus compañeros -el vidente Anfiaro (Ian McShane), Autólico (Rufus Sewell), Atalanta (Ingrid Bolso Berdal) y Tideo (Aksel Hennie)- y acaba con todos los piratas y empuja a Iolaus a un lugar seguro antes de que caiga sobre la pica. Hércules acaba con el líder con un poderoso golpe de su garrote.

Hércules y sus aliados van a una taberna a comer y beber. Se les acerca una mujer llamada Ergenia (Rebecca Ferguson) y le pide a Hércules que ayude a su padre a proteger el reino de Tracia de un señor de la guerra. Si tiene éxito, él y sus amigos serán recompensados con su peso en oro. Autolycus empuja un plato de comida a Hércules y le dice que coma.

La tripulación viaja a Tracia. El hijo de Ergenia, Arius (Isaac Andrews), corre hacia Hércules, ansioso por conocer a este legendario guerrero tras oír hablar de sus Doce Trabajos. El general Sitacles (Peter Mullan) acompaña a Hércules y a su tripulación a conocer al padre de Ergenia. Le preguntan a Hércules si alguna vez ha estado tan cerca de la realeza. Recuerda que tres años antes viajó al reino del rey Euristeo (Joseph Fiennes), llevándole las cabezas de la Hidra. También se reúne con su esposa Megara (Irina Shayk) y sus tres hijos. Hércules experimenta entonces una visión de su familia gritando, y las paredes cubiertas de sangre.

Hércules es llevado ante Lord Cotys (John Hurt), el padre de Ergenia. Éste le pide ayuda para luchar contra un ejército dirigido por el temido caudillo Rhesus. Él echa un vistazo a Atalanta y dice que esta misión no tiene cabida para una mujer, aunque ella le demuestra que se equivoca inmediatamente al disparar dos flechas a los cascos de dos soldados, arrojándolos de sus manos. Se dice que sus soldados son centauros que asolaron las fuerzas de Cotys. Hércules acepta entrenar a los soldados de Cotys en el combate. Comienza con los hombres levantando sus escudos para protegerse, pero son derribados fácilmente cuando Tideos carga contra ellos.

Por la noche, Arius se pasea por los alrededores cuando oye un ruido de gruñidos. Mira en la oscuridad y ve a Tideo, que se lanza contra él, pero el muchacho huye. Lo encuentra Hércules, que le cuenta a Arius que él y sus amigos encontraron a Tideo cuando era un niño en Tebas, después de que una guerra arrasara su casa, y hasta el día de hoy, Tideo no habla una palabra. Hércules lleva a Arius de vuelta a su madre, que está en el hospicio atendiendo a los heridos y enfermos. Como regalo, Hércules le da a Arrio el diente del León de Nemea, que entusiasma al muchacho.

Hércules conduce a los soldados al corazón de Bessi. Iolaus intenta unirse a los soldados, pero Hércules se niega a dejarle luchar. La zona ya ha sido devastada, con innumerables cuerpos esparcidos por todas partes, incluyendo niños pequeños, y las cabezas de los hombres montadas en picos para su exhibición. Los soldados se encuentran con varios cadáveres "frescos", que resultan ser salvajes que les han tendido una trampa. Los soldados se alinean con los escudos en alto y Hércules rompe la cabeza de una de las flechas de Atalanta. Uno de los salvajes carga contra Hércules, y éste le da un puñetazo tan fuerte que sale volando hacia atrás, con la punta de la flecha clavada en el cráneo. Los tracios se enfrentan a los salvajes, mientras Hércules y su tripulación se defienden, dejando a Iolaus y a Cotys en guardia. Atalanta empuña su arco de hoja mientras dispara flechas sin siquiera tener que mirar detrás de ella. Tideo carga como un loco contra los salvajes mientras Autólico utiliza también sus armas contra ellos. Cuando parece que los salvajes les están dominando, Hércules y Anfiaro montan en un carro tirado por caballos con cuchillas, matando hasta el último salvaje a la vista. Los soldados lloran a sus caídos y Iolaus cubre las heridas de Hércules para que los demás no lo vean sangrar como un mortal. Cotys llama a Rhesus, sabiendo que está detrás de esto, sin saber que el señor de la guerra está observando desde lejos.

Ergenia atiende las heridas de Hércules en Tracia. Cuando le pregunta si ha tenido familia antes, él esquiva el tema y la despide. Esa noche, oye gritos. Sale y ve cadáveres por todas partes, incluidos los de su mujer y sus hijos. Hércules se enfrenta entonces al perro de tres cabezas de Hades, Cerbero. Sin embargo, es sólo una visión, ya que Tideo se acerca para sacar a Hércules de ella. Esto, como afirma Anfiaro, ya ha ocurrido antes.

A la mañana siguiente, Ergenia encuentra a los amigos de Hércules y le pide a Iolaus que le cuente la verdad sobre lo ocurrido a la familia de Hércules. Iolaus comienza a decir que sucedió con Hera volviéndolo loco, pero Ergenia lo descarta como un mito. Sin embargo, Autólicus le dice a Ergenia que todos tienen razones para confiar en Hércules.

Hércules lleva a los soldados al monte Asticus, donde ven lo que parecen ser centauros en la distancia. Corren hacia los tracios, pero resultan ser simplemente hombres montados a caballo. Rhesus (Tobias Santelmann) se hace presente ante los soldados, aunque Hércules no se siente intimidado por él. Los tracios se enfrentan a los hombres de Rhesus, demostrando ser más poderosos que antes. El ejército contrario lanza flechas incendiarias contra los tracios. Amphiaraus, creyendo que le llega la hora, se queda ahí, dando la bienvenida a la muerte, pero no le alcanza ni una sola flecha. Rhesus carga hacia Hércules en su caballo, pero Hércules agarra el caballo y les da la vuelta a él y a Rhesus antes de decir con desprecio: "Malditos centauros".

Rhesus y sus hombres son llevados de vuelta a Tracia, donde se burlan de ellos y les arrojan basura. Se celebra un banquete, con Rhesus encadenado como prisionero. Ergenia se compadece de él e intenta llevarle agua, pero Cotys no se lo permite. Hércules se queda a solas con Ergenia después de verla mirar a Rhesus, y se sabe que fue Cotys quien orquestó toda la guerra para obtener el poder y el control del reino, y que Rhesus sólo se involucró. Ergenia sólo quiere que Arius esté a salvo, ya que ascenderá al trono tras la muerte de Cotys. Le pide a Hércules que se lleve al niño, pero él dice que no. Va a enfrentarse a Cotys, que no muestra ningún remordimiento por sus acciones y ofrece a Hércules un puesto en su ejército. Hércules, por supuesto, se niega.

La tripulación recibe su oro, pero Hércules quiere quedarse para ayudar a Tracia. Autólico opta por marcharse, llevándose su parte del oro, a pesar de que los demás le suplican que se quede. Atalanta, Anfiaro y Tideo aceptan ayudar a Hércules a luchar contra Cotys. Sin embargo, cuando todos van a enfrentarse a él, son capturados, junto con Ergenia y Arrio.

Hércules es encadenado en el calabozo mientras sus amigos son encerrados en celdas. Ve lo que parece ser Cerbero, pero no son más que tres lobos feroces. Entra el rey Euristeo, que resulta estar aliado con Cotys. También se revela que drogó a Hércules la noche en que su familia fue asesinada, enviando a los lobos para que los atacaran y mataran, porque Euristeo vio a Hércules como una amenaza para su reino cuando su pueblo aclamó su nombre más fuerte que Euristeo. Para empeorar las cosas, Cotys ordena ejecutar a Ergenia allí mismo, en el calabozo. Amphiaraus le dice a Hércules que recuerde todo lo que ha logrado y que recuerde quién es. Le grita: "¿Quién eres tú?". Y el hombre brama: "¡Yo SOY HERCULEEEES!". Rompe las cadenas y golpea al verdugo, impidiendo que le quite la cabeza a Ergenia. Corre a liberar a los demás mientras los lobos atacan a Hércules. Hércules golpea a uno contra la pared, luego le rompe la mandíbula a otro y finalmente mata al último con el diente del León de Nemea (Arius se lo pasó mientras era capturado).

Con todos, incluido Rhesus, liberados, los soldados tracios intentan atacar. Uno de ellos lanza una lanza que atraviesa el fuego contra Anfiaro, que preveía su muerte. Éste se queda parado, dispuesto a aceptar su destino, cuando Hércules agarra la lanza y se la devuelve al soldado. Hércules va entonces a por Euristeo, que intenta escabullirse diciendo que Cotys le ha corrompido. Le pide perdón, pero Hércules agarra la daga de Euristeo y lo empala con ella. Entonces aparece Sitacles y agarra a Hércules con su látigo, pero Iolaus lo empala por la espalda, ahora dispuesto a unirse a la lucha.

La batalla final llega fuera del palacio, donde Cotys se encuentra ante sus soldados. Sacan a Arius, amenazando con matarlo si Hércules no se rinde. Un soldado sostiene un cuchillo en el cuello del muchacho, pero el hombre es asesinado por un cuchillo, lanzado por Autolycus, que ha decidido volver por sus amigos. Los tracios luchan contra Hércules y su tripulación, mientras Arrio corre de vuelta con su madre. Tideo es alcanzado por una flecha, pero no deja que eso le detenga, ya que mata a todos los soldados que encuentra en su camino. Hércules lo recupera y Tideo se limita a pronunciar el nombre de Hércules antes de morir. La tripulación derrama aceite y fuego para bloquear a los tracios, y Hércules comienza a empujar la estatua de Hera desde su base. Cotys comienza a gritar a Hércules, llamándolo cobarde y diciendo que su familia merecía morir. Finalmente, Hércules consigue romper la estatua de su base, haciendo que se derrumbe, aplastando a algunos soldados, mientras que la cabeza rueda y se estrella contra Cotys, lanzándolo por el borde de un acantilado.

Los soldados supervivientes dejan las armas y se inclinan ante Hércules, cantando su nombre. El resto de su tripulación se sitúa detrás de él. Amphiaraus pronuncia las líneas finales diciendo que prefiere esta historia de Hércules al mito. Dice que no hace falta ser un semidiós para ser un héroe, sino que basta con creer que se puede ser un héroe. Y añade: "Pero, ¿qué sé yo? Se supone que estoy muerto".