Juan, el último seguidor sobreviviente de Jesucristo, vive en el exilio como ermitaño cerca de la orilla del mar, donde cuenta su historia de su tiempo con Jesús. En Belén, Jesús nace de una virgen llamada María y su esposo José. Tres sabios visitan a Jesús y lo declaran el futuro Rey.

Treinta años después, un Jesucristo adulto viaja a Galilea y comienza a reclutar seguidores, Santiago, su hermano Juan, Pedro, un pescador, Mateo, un recaudador de impuestos y María Magdalena. Pronto estos hombres y mujeres se convierten en sus discípulos.

A través de sus enseñanzas y numerosos milagros, Jesús acumula una gran cantidad de seguidores, quienes comienzan a llamarlo el Mesías. También atrae la atención de los fariseos, líderes religiosos judíos. Los fariseos afirman que Jesús blasfema a Dios al perdonar los pecados, algo que solo Dios puede hacer. Jesús responde diciendo que él es el hijo de Dios.

La entrada a Jerusalén

Jesús les dice a los discípulos que deben viajar a Jerusalén para la próxima festividad de la Pascua. Entra en la ciudad a lomo de un burro y es recibido por una gran multitud de seguidores, quienes colocan hojas de palma en su camino. Caifás, el jefe de los fariseos, teme que la presencia de Jesús en la ciudad agite aún más a su pueblo, que ya está casi en estado de revuelta contra los opresivos romanos, liderados por Poncio Pilato. Se revela que, anteriormente, Pilato había advertido a Caifás que si había problemas con los judíos, cerraría el templo, cancelando así la Pascua.

Al entrar en el templo, Jesús ve a un grupo de cambistas y procede a volcar sus mesas. Este acto provoca el aplauso del pueblo y el desprecio de los fariseos. Más tarde, Jesús le dice a una niña que cada piedra del templo pronto caerá. Los fariseos toman esto como un plan para destruir el templo y deciden que Jesús debe ser detenido. Judas, uno de los discípulos de Jesús, se acerca a los fariseos. Cree que Jesús está yendo demasiado lejos y quiere ayudar. Los fariseos le dan 30 piezas de plata por su ayuda.

La traición de Judas y el juicio de Jesús

La noche antes de la Pascua, Jesús les dice a los discípulos que esta será su Última Cena juntos y dice que uno de ellos lo traicionará. Más tarde, en el Jardín de Getsemaní, Judas besa la mejilla de Jesús, identificando así a Jesús ante los fariseos y revelando la traición de Judas. Jesús es arrestado mientras los discípulos huyen del jardín para salvarse.

Por temor al cierre del templo debido a un juicio abierto durante la Pascua, Caifás ordena un juicio inmediato durante las últimas horas de la noche en privado, lo cual son violaciones de la ley judía, en contra de la orden de otros sacerdotes. Caifás pregunta a Jesús si él es el hijo de Dios, y él responde "Yo soy". Esto es todo lo que los fariseos necesitan escuchar, y de inmediato encuentran a Jesús culpable de blasfemia.

Esa mañana, ante una multitud creciente, Caifás anuncia la culpabilidad de Jesús y revela que la pena por blasfemia es la muerte. Judas, horrorizado por lo que ha hecho, arroja la plata a los fariseos y huye; luego se ahorca. Caifás cree que si los fariseos mataran a Jesús en la Pascua, comenzaría una revuelta, así que lo entrega a los romanos para el castigo.

La crucifixión y resurrección de Jesús

Pilato le dice a Caifás que Jesús no rompió ninguna ley romana, pero ordena que lo azoten 40 veces. Como es la Pascua, Pilato dice que seguirá la tradición y liberará a un prisionero a elección del pueblo, y si eligen a Jesús, será liberado. Para entonces, María ha llegado a Jerusalén para ver qué le está sucediendo a su hijo.

Pilato ordena a la multitud entrar en su patio para elegir si liberar a Jesús o a Barrabás, un asesino condenado. Como ninguno de los seguidores de Jesús puede entrar en el patio, Caifás fácilmente inclina la votación para que Barrabás sea liberado. Pilato luego pregunta qué debe hacer con Jesús, y nuevamente Caifás inclina a la multitud para que lo ejecuten por crucifixión.

Temiendo una revuelta entre la gente hostil, Pilato ordena la crucifixión, luego literalmente se lava las manos de la situación. Un Jesús maltratado y ensangrentado lleva una cruz al Gólgota y es clavado en ella por los burlones guardias romanos, quienes antes le habían colocado una corona de espinas en la cabeza. Antes de que la cruz sea colocada, Pilato ordena que se le coloque un letrero que dice: "El Rey de los Judíos", para consternación de Caifás.

Con Juan, María y Magdalena observando con horror, Jesús cuelga de la cruz durante varias horas agonizantes. Después de perdonar a los romanos y a los fariseos que lo condenaron a muerte, pregunta por qué Dios lo ha abandonado y declara "Todo está consumado". Cumplido, Jesús muere mientras el templo y la tierra son sacudidos por un terremoto. Mientras las lámparas caen, las cortinas del templo donde se suponía que estaba presente el espíritu de Dios, se rasgan. Luego es bajado de la cruz y colocado en una tumba, que se sella con una gran roca.

La resurrección y la ascensión

Tres días después, Magdalena va a visitar la tumba pero se sorprende al ver la roca rota en pedazos y la tumba vacía. Magdalena pronto ve a un hombre en la entrada de la tumba y se da cuenta de que es Jesús, quien ha resucitado. Magdalena va al escondite de los discípulos y les cuenta la buena noticia, pero no le creen al principio. Jesús luego se les aparece, y todos ahora creen, excepto "Tomás el incrédulo". Una vez que Tomás toca a Jesús, entonces cree.

Cuarenta días después, Jesús está hablando con sus discípulos donde les dice que viajen por el mundo y difundan su mensaje. Luego asciende al cielo, y los discípulos se separan.

El final de la historia

Después de terminar su historia, un anciano Juan dice que todos los discípulos fueron finalmente asesinados por sus creencias, excepto él. Ha sido exiliado para vivir solo en una isla desierta hasta que muera. Jesús luego le paga una visita y le dice que no morirá, sino que tendrá vida eterna, y que volverá un día.