Un biwa marchito narra la historia de cómo, hace 900 años, el clan Genji buscó la Regalia Imperial para unir el trono del emperador. Derrotan al clan rival Heike en la Batalla de Dan-no-ura, en la que el emperador niño muere ahogado mientras portaba la Espada Cortadora de Hierba.

Trescientos años después, agentes de Ashikaga Yoshimitsu contratan al joven Tomona y a su padre para recuperar una caja de un naufragio Heike. Dentro de la caja encuentran una espada. Sin darse cuenta de que se trata de la Espada Cortadora de Hierba, el padre de Tomona desenvaina la espada, soltando una hoja de energía que le corta por la mitad y deja ciego a Tomona. Tomona emprende entonces un largo viaje de años en busca de respuestas a lo sucedido, con el fantasma de su padre acompañándole. Conoce a un miembro de una compañía de intérpretes de biwa ciegos, y decide aprender a tocar el biwa y unirse a la compañía. Tomona cambia su nombre por el de "Tomoichi", pero el cambio de nombre dificulta que el espíritu de su padre pueda encontrarle.

Al mismo tiempo, el líder de un grupo de danza Noh se pone una máscara demoníaca. Tras una serie de asesinatos de intérpretes de biwa, el tercer hijo del líder nace con tres extremidades rechonchas, un brazo derecho muy alargado, la piel cubierta de escamas y un rostro horriblemente deformado. El líder de la compañía siente tal desprecio por su hijo deforme que le obliga a llevar siempre una máscara[4] , y le trata como a un perro. Pero un día, el hijo deforme ve cómo su padre intenta enseñar danza Noh a sus otros hijos. El hijo deforme practica con ellos y su danza le devuelve las piernas por arte de magia.

El hijo deforme pronto conoce a Tomoichi. Como no puede ver su deformidad, establece un vínculo con Tomoichi y le revela que ha elegido el nombre de "Inu-Oh" para él. Tomoichi le cuenta a Inu-Oh cómo puede ver el espíritu de su padre, y entonces se da cuenta de que muchos espíritus de guerreros Heike rodean a Inu-Oh, contándole sus historias. Esta visión inspira a los dos a formar un nuevo grupo de actuación, y Tomoichi pasa a llamarse a sí mismo "Tomoari". Poco después, un Tomoari de pelo largo estrena el nuevo grupo en un puente, interpretando su canción en un estilo que recuerda al hair metal moderno. Bajo el puente, Inu-Oh baila al ritmo de la música, contando una historia sobre cómo los soldados Heike ataron sus brazos a sus barcos, pero luego perdieron todos los brazos cuando sus barcos se hundieron. Al final de la canción, los brazos de Inu-Oh recuperan su longitud normal.

Su actuación es un éxito instantáneo y Tomoari e Inu-Oh se convierten en grandes celebridades. En su siguiente actuación, sobre los guerreros Heike esperando a una "ballena que nunca llegó", las escamas de la piel de Inu-Oh desaparecen. Pero la nueva compañía llama la atención de Ashikaga, que sólo quiere que se cuente la versión de su clan de las historias de los Heike. Envía agentes al envidioso padre de Inu-Oh, ofreciéndole fama si sabotea la actuación de su hijo.

El siguiente acto de la compañía revela la verdad sobre el origen de Inu-Oh: su padre hizo un trato con la máscara demoníaca para conseguir fama. La máscara demoníaca exigía la vida de los jugadores de biwa y la inocencia de su hijo nonato. Así que fue el padre de Inu-Oh quien trajo la maldición que lo deformó, y quien asesinó a los jugadores. Los asesinatos liberaron a los espíritus de los soldados Heike que seguían a los jugadores, pero los espíritus se dirigieron a Inu-Oh en lugar de a su padre, ayudándole a ganar fama y deshacer su maldición. Su padre exige a la máscara que mate a Inu-Oh, a pesar de que él entregó a Inu-Oh a la máscara. Indignada, la máscara mata al padre de Inu-Oh. Al final de la representación, Inu-Oh recupera su rostro.

Sin embargo, Ashikaga toma medidas enérgicas contra la compañía y obliga a Tomoari a dejar de actuar. El propio Ashikaga exige a Inu-Oh que represente únicamente la versión oficial de la historia de Heike o, de lo contrario, decapitará a Tomoari. Inu-Oh cede. Sin embargo, Tomoari sigue actuando y hablando en contra del clan Ashikaga, por lo que los hombres del clan le decapitan. Inu-Oh sigue siendo famoso como bailarín de Noh, pero tras su muerte cae en el olvido.

El narrador resulta ser el espíritu de Tomoari, que ha permanecido en la Tierra hasta los tiempos modernos, y ahora utiliza su nombre original "Tomona". El espíritu de Inu-Oh aparece, explicando que tardó 600 años en encontrar a Tomona desde que cambió su nombre. Inu-Oh devuelve a Tomona su forma juvenil, y vuelve a su versión deformada. Los dos vuelven a actuar.