Al igual que muchas otras películas de Egoyan, Guest of Honour presenta una estructura narrativa que alterna el pasado y el presente. En el presente, Verónica se reúne con un sacerdote, el padre Greg, en su iglesia para hablar de los preparativos del funeral de su padre, Jim, recientemente fallecido. Su conversación revela detalles de las vidas de Jim y Verónica que se muestran a través de una serie de flashbacks. El padre Greg expresa cierta confusión sobre por qué Jim deseaba celebrar su funeral en esta iglesia en particular, dado que Jim no era miembro de la congregación. Accede a permitir que el funeral se celebre en su iglesia, pero primero le pide a Verónica que comparta más información sobre la vida de Jim para que esté preparado para hacer un panegírico en el funeral. Verónica destaca el compromiso de Jim con su trabajo como inspector de alimentos y su capacidad para cuidar del conejo mascota de la familia, Benjamin, que murió a la improbable edad de 16 años.

Antes de su muerte, Jim era inspector de seguridad alimentaria y trabajaba para la ciudad de Hamilton. Se tomaba su trabajo muy en serio, y su estricto cumplimiento del código de salud y seguridad a menudo provocaba enfrentamientos con los propietarios de restaurantes, muchos de los cuales son inmigrantes que pueden no estar familiarizados con las normas canadienses de seguridad alimentaria. Jim también visitaba regularmente a Veronica en la cárcel, donde cumplía condena por haber mantenido relaciones sexuales con un adolescente menor de edad llamado Clive cuando era profesora de música en un instituto. Sin embargo, Verónica no había cometido ese delito. Para asombro de Jim, Verónica se resiste inexplicablemente a cualquier intento de conseguir su salida de la cárcel y no tiene ningún interés en hablar con su abogado. Afirma que merece estar en prisión por lo que hizo, insinuando que es culpable de algo más en su pasado.

Un flashback revela los detalles de una excursión nocturna de la banda escolar que conduce al encarcelamiento de Verónica. Mike, conductor del autobús y chaperón, se vuelve rencoroso por el interés romántico de Clive en Verónica y el rechazo de ella a sus propios avances. Durante una de las actuaciones de la banda, Mike utiliza el teléfono móvil de Veronica para enviar un mensaje de texto sexualmente sugerente a Clive. Más tarde, Clive se acerca a Veronica para informarle del mensaje. Él reconoce que el mensaje no pudo haberlo enviado ella porque estaban actuando en el momento en que se envió el mensaje, y sus teléfonos se dejaron en el autobús escolar, una norma impuesta por la propia Veronica. Ambos concluyen el hecho obvio de que Mike fue quien envió el mensaje de texto utilizando el teléfono de Verónica, pero deciden gastarle una broma a Mike en lugar de denunciar el incidente. Más tarde, esa misma noche, en un motel, Verónica, Clive y otro estudiante pasan un rato a solas en una habitación y hacen mucho ruido a propósito para engañar a Mike y hacerle creer que están de fiesta y practicando sexo. Clive hace señas al otro estudiante para que se vaya a la habitación contigua y le deje a solas con Verónica. Verónica empieza a tener recuerdos del suicidio de su novio adolescente, Walter, lo que hace que entre en pánico y salga corriendo de la habitación a la vista de Mike, que se enfrenta a ella.

Verónica le explica al padre Greg que llegó a un acuerdo y pidió la sentencia más larga posible en lugar de permitir que su caso siguiera adelante en los tribunales, lo que habría permitido a Clive y a los otros estudiantes declarar como testigos y reivindicarla. El padre Greg se queda perplejo y le pregunta a Verónica por qué estaba dispuesta a ir a la cárcel por algo que no había hecho. Verónica explica que quería ir a la cárcel por algo que hizo en el pasado.

Una serie de flashbacks revelan que Verónica empezó a tomar clases de música regularmente en la residencia privada de una mujer llamada Alicia cuando tenía ocho años. Alicia es una madre soltera que también enseña música a su hijo Walter, de edad similar a la de Verónica, y los dos niños actuarán juntos en recitales. Por aquel entonces, la madre de Verónica, Roseangela, enfermó gravemente y falleció poco después. Hacia el final de la vida de Roseangela, Jim y Alicia empezaron a desarrollar una relación romántica facilitada en gran parte por las clases de música de Veronica. Verónica resentía esta relación y la posibilidad de que Alicia se convirtiera en su nueva madre. La percepción que tiene Verónica de la relación entre Jim y Alicia sigue provocando tensiones y desacuerdos entre ella y su padre durante sus encuentros en prisión. Verónica afirma que recuerda haber visto a su padre cogido de la mano de Alicia mientras ésta actuaba en un recital musical a pesar de que su madre seguía viva y estaba presente, acusación que Jim niega e intenta desmentir al tiempo que subraya que nunca podría querer a nadie tanto como a Roseangela. Verónica también afirma recordar haber visto a Alicia seguir a su padre escaleras arriba para presumiblemente mantener relaciones sexuales durante sus clases de música, que se habían convertido simplemente en un pretexto para su floreciente relación. Mientras Jim y Alicia estaban arriba haciendo algo, Verónica se quedaba sola en la sala del piano para escribir música.

Durante una clase de música con Verónica, Alicia sufre una migraña y se retira al piso de arriba para tumbarse y fumar un cigarrillo. Verónica se queda abajo en la sala del piano para escribir una pieza musical y luego sube. Cuando Verónica se acerca a una puerta, ve a Alicia dormida en un sofá con un cigarrillo encendido en la mano. La mano de Alicia resbala del sofá y cae sobre una pila de papeles que se incendian. Verónica deja que Alicia muera quemada para evitar la posibilidad de que Alicia se case con Jim. Más tarde, Verónica y Walter se involucran sentimentalmente cuando son adolescentes. En algún momento de su relación, Walter se entera de las circunstancias de la muerte de su madre. Cuando Verónica rompe con Walter, éste queda traumatizado y graba un vídeo con el móvil de Verónica culpándola de la muerte de su madre y explicando su intención de suicidarse y unirse a su madre en el inframundo al que Verónica la envió, todo ello mientras Verónica duerme. Verónica se despierta a la mañana siguiente y encuentra su móvil en la mesilla de noche con una nota adhesiva que dice "vigila más tarde". Luego encuentra a Walter muerto en una bañera ensangrentada. Las muertes de Alicia y Walter son el origen de la culpa de Verónica y de su deseo de ir a la cárcel, detalles que admite al padre Greg. Su conversación con el padre Greg le permite comprender la verdadera naturaleza de la relación de su padre con Alicia y los incidentes traumáticos que han ocurrido a lo largo de su vida, y empieza a replantearse su percepción de los mismos. Dos flashbacks revelan que los recuerdos de Verónica sobre lo que ocurría entre Alicia y su padre eran correctos en su mayor parte, pero estaban gravemente distorsionados.

Jim inspecciona un restaurante armenio llamado Wild Orchid y descubre dos infracciones importantes relacionadas con el procesamiento de carne de conejo en la cocina. Los dueños del restaurante convencen a Jim de que la carne de conejo es para un evento privado y no está a la venta durante un servicio regular de cena, pero él se muestra escéptico y piensa volver para verificar su afirmación. Esa misma semana, Jim visita un popular restaurante alemán propiedad de la familia de Clive. Esparce por el suelo del cuarto de baño algunas heces de Benjamin, que ha alterado para que parezcan excrementos de rata. Amenaza al abuelo de Clive con cerrar el restaurante a menos que le dé la oportunidad de hablar en privado con Clive, que había estado evitando intencionadamente el contacto con Jim. Durante una tensa conversación, Clive explica con sinceridad lo que sucedió durante la excursión escolar que llevó al encarcelamiento de Verónica, y le dice a Jim que el conductor del autobús fue quien envió el texto inapropiado. También le dice a Jim que sabe que Verónica se sentía responsable del suicidio de Walter. Más tarde esa noche, Jim regresa a Wild Orchid y descubre que en realidad se está celebrando un evento especial en el restaurante, y que inesperadamente él es el invitado de honor de la familia esa noche. Tras beber demasiado vino, le invitan a pronunciar un discurso en el que expresa su angustia por el encarcelamiento de Veronica a pesar de que procedía de un hogar cariñoso con padres que la apoyaron e hicieron sacrificios por ella, ante el desconcierto de los demás invitados que desconocen el crimen de Veronica. Expresa su deseo de matar al conductor del autobús responsable, lo que provoca que los dueños del restaurante le denuncien a la policía después de que le envíen a casa en taxi. Mientras es interrogado por la policía al día siguiente, Jim se da cuenta de que Benjamin, que fue regalado a Veronica cuando tenía nueve años, ha muerto repentinamente en su jaula. Jim regresa a Wild Orchid con el cadáver de Benjamin y exige a los dueños del restaurante que le corten los pies para poder conservarlos como amuletos de buena suerte. Los mortificados dueños del restaurante acceden a la petición para que Jim se marche.

Durante su última visita a la cárcel, Jim le cuenta a Verónica lo sucedido en el restaurante y la visita de la policía. Le explica que la policía sospecha de sus visitas regulares a la prisión porque él y Verónica podrían estar conspirando para asesinar a Mike. Explica que se dejó llevar durante su discurso y que la policía sólo está haciendo su trabajo investigando la amenaza. Verónica pregunta emocionada si eso significa que su condena se alargará aún más, lo que provoca que un desconcertado Jim le pregunte qué le pasa. Verónica le explica que Jim, todo lo que él ha hecho, y todo lo que ella vio y sufrió de niña, es lo que le pasa, pero también lo que le pasa.

En el funeral de Jim, el padre Greg cuenta que conoció brevemente a Jim en el funeral de otra feligresa, Alicia, y que Jim le había hablado de la importancia de Alicia en la educación musical de Verónica. El padre Greg pide a los feligreses presentes que lloren la muerte de Jim y Alicia. Verónica, ahora en posesión de los amuletos de la buena suerte hechos con los pies de Benjamín, le pide al padre Greg que coloque los amuletos en el ataúd con el cuerpo de Jim, después de quedarse con uno para ella y regalarle otro al padre Greg. El padre Greg coloca los amuletos restantes en las manos de Jim y cierra el ataúd.

La escena final es un flashback de cuando Veronica era profesora de música. Durante un recital, presenta la última pieza musical del programa explicando que es una melodía que escribió durante una época difícil de su vida, cuando era niña. Es una de las canciones que escribió cuando se quedó sola en la sala de piano de la casa de Alicia.