Una semana después de los eventos de la primera película, el arqueólogo Carl Bugenhagen descubre que Damien Thorn sigue vivo. Bugenhagen le pide a su amigo Michael Morgan que entregue una caja al nuevo tutor de Damien, explicando que Damien es el Anticristo y que la caja contiene las Siete Dagas de Megido necesarias para matarlo. Cuando Morgan expresa escepticismo, Bugenhagen lo lleva a unas ruinas locales para ver el mural del Muro de Yigael, que se dice fue dibujado por un monje que tuvo visiones del Anticristo desde su nacimiento hasta la edad adulta. Morgan le cree al ver la cara de Damien pintada en el mural, pero ambos quedan sepultados vivos después de que las ruinas colapsen abruptamente.

Años después

Siete años después, Damien, de 12 años, vive en Chicago con su tío industrialista Richard Thorn y la esposa de Richard, Ann. Damien se lleva bien con su primo Mark, con quien está inscrito en una academia militar, pero es despreciado por la tía de Richard, Marion, quien lo ve como una mala influencia para Mark y amenaza con desheredar a Richard si no separa a los dos chicos. Una noche, Marion sufre un infarto fatal después de ser asustada por un cuervo que aparece en su habitación.

Incidentes misteriosos

En los días siguientes, ocurren una serie de incidentes extraños alrededor de la familia Thorn; un fotoperiodista que intentó entrevistar a Richard es atropellado por un camión después de ser cegado por un ataque de cuervo, un alto gerente de Thorn Industries (una corporación propiedad de la familia) se ahoga en un lago congelado, y otros dos empleados mueren asfixiados por gases tóxicos tras una inesperada fuga de gas en una planta. Este último incidente también enferma a la clase de Damien, que estaba visitando la planta en ese momento. En el hospital, Damien es el único estudiante que se encuentra no afectado por los gases, pero un médico sugiere mantenerlo en el hospital como precaución. El médico descubre más tarde que las células de la médula de Damien se asemejan a las de un chacal, pero muere por un cable de ascensor que cae antes de poder informar de sus hallazgos.

La verdad sobre el Anticristo

Mientras tanto, la caja de Bugenhagen ha sido encontrada durante una excavación de las ruinas y entregada al Museo Thorn. El Dr. Warren, el curador del museo y amigo de Richard, la abre y encuentra las dagas sagradas, junto con una carta de Bugenhagen explicando que Damien es el Anticristo. Warren corre a informar a Richard. Mark escucha su conversación y enfrenta a Damien, quien admite ser el hijo del Diablo. Damien ruega a Mark que se una a él en su ascenso al poder, pero la firme negativa de Mark "obliga" a Damien a matar a Mark causando un aneurisma en el cerebro de su primo.

Conmocionado por la muerte de su hijo, Richard va a Nueva York para ver a un Warren medio enloquecido antes de ser llevado a la estación de tren, donde el Muro de Yigael está siendo almacenado en un vagón de carga. Al ver la imagen de Damien, Warren muere en un extraño accidente de locomotora, convenciendo a Richard más allá de toda duda de que Damien es el Anticristo. A su regreso, Richard hace que recojan a Damien de su graduación en la academia mientras lleva a Ann al museo para que puedan recuperar las dagas. Sin embargo, después de encontrarlas, Ann las usa para matar a Richard, revelándose como una satanista y proclamando que "siempre le ha pertenecido". Mientras grita el nombre de Damien, Damien, que había escuchado la altercación, ordena que una sala de calderas cercana explote, provocando un incendio en el edificio y matando a Ann. Damien sale del museo en llamas y es recogido por el conductor de la familia mientras llega el cuerpo de bomberos.