Tarascon, Francia, 1956: Un joven llamado Jacques (Maxime Elias-Menet) llega a una iglesia para encontrarse con el Padre Noiret (Pascal Aubert) para sus tareas diarias. Mientras Jacques baja al nivel inferior de la iglesia, escucha un ruido antes de que un vidrio se rompa violentamente. Va a buscar a Noiret y se dirigen hacia el altar, donde Noiret es lanzado al aire y prendido fuego. Jacques huye de la escena antes de que el espíritu de Valak (Bonnie Aarons) descienda.

El pasado de Irene

En Italia, la Hermana Irene (Taissa Farmiga) ahora forma parte de un nuevo convento después de su última experiencia con Valak. Ha hecho amistad con una monja más joven, la Hermana Debra (Storm Reid), que tiene la costumbre de ir en contra de las reglas de las mayores. Irene escucha a una de las otras monjas contar a las hermanas más jóvenes sobre su experiencia con Valak, aunque la monja mayor nunca menciona a Irene por su nombre.

Misterios en Francia

En otro lugar de Francia, Maurice/"Frenchie" (Jonas Bloquet) trabaja en un internado. Tiene una amistad con la maestra, Kate (Anna Popplewell), así como una buena relación con la hija de Kate, Sophie (Katelyn Rose Downey). Sophie es acosada por otras chicas en la escuela, y Maurice frecuentemente interviene para defenderla. La escuela está dirigida por la estricta Madame Laurent (Suzanne Bertish), descrita como una mujer dura que también llora la muerte de su hijo Cedric.

En un pueblo cercano, un niño que hace entregas termina solo y es acosado por una presencia demoníaca. Valak aparece y sostiene al niño por el cuello antes de rompérselo. Irene tiene un sueño en el que sigue a Maurice por un callejón, donde aparece demoníaco y poseído, pidiéndole ayuda. Después, Irene es convocada para reunirse con el Cardenal Conroy (David Horovitch) y otros ancianos de la iglesia. Se le informa sobre la muerte del Padre Noiret, junto con varios otros funcionarios de la iglesia que han sido encontrados muertos bajo circunstancias misteriosas y horribles.

El regreso de Valak

Irene y Debra llegan a Tarascon. Irene encuentra a Jacques y trata de preguntarle sobre lo que vio cuando Noiret fue asesinado, ya que simplemente tomó un rosario de él porque tenía miedo. Jacques luego desaparece en una multitud con otros niños jugando en las calles. Las monjas luego van a la iglesia y hablan con un miembro que sugiere que Valak ha regresado después de marcar a Maurice durante su intento de rescatar a Irene.

Las monjas continúan su investigación viajando a Aviñón y visitando el Palais des Papes, donde hablan con un bibliotecario sobre Valak. Irene y Debra descubren que Valak busca un artefacto conocido como "Los Ojos", ya que pertenecían a Santa Lucía, la mártir que no murió después de ser quemada viva. El bibliotecario cree que las víctimas eran descendientes de Lucía, y los Ojos fueron vistos por última vez en un monasterio que ahora es el internado.

Durante una noche en las calles, Irene pasa por un quiosco donde las revistas y periódicos cambian sus páginas por sí mismos para crear una imagen que se asemeja a Valak. Mientras Irene se acerca, las luces parpadean hasta que Valak aparece y la ataca, haciendo que pierda el conocimiento. Debra encuentra a Irene y la lleva a recibir ayuda médica. Después de despertar, Irene habla en privado con Debra sobre su propia madre, compartiendo los pocos recuerdos que tenía con ella antes de que muriera.

De vuelta en la escuela, Sophie comienza a notar cosas extrañas que suceden con Maurice, y él también siente la presencia demoníaca que lo rodea. Mientras tanto, Madame Laurent está sola en la capilla investigando después de saber que Sophie estuvo allí y afirmó haber visto algo. Ve lo que parece ser Cedric corriendo, llamándola. Valak la atrae hacia una trampa y la mata.

Irene y Debra van a la escuela donde localizan los Ojos. Valak comienza a causar estragos con el poseído Frenchie, así como invocando a un demonio cabra para atacar a las chicas. Debra y Kate terminan al cuidado del grupo más grande de chicas mientras Irene protege a Sophie. La cabra persigue a las chicas y toma la forma de una muerta Madame Laurent para aterrorizarlas. Después de intentar sellar a la cabra, empala a una de las chicas malas por el hombro antes de que Debra intente ayudarla. En el caos resultante, el campanario de la escuela se derrumba, pero ninguna de las chicas resulta herida.

Irene se encuentra con Maurice, cuya posesión ha avanzado lo suficiente como para que Valak intente apoderarse de él. Irene intenta usar los Ojos para exorcizar a Maurice, con Debra llegando para ayudar a Irene. Parece que comienza a matar a Maurice, y él deja de moverse. Irene comienza a llorar a su amigo, pero él vuelve a la vida con Valak usándolo para agarrar los Ojos y emerger en su verdadera forma de demonio monja. El demonio comienza a intentar prender fuego a Irene, pero resulta que ella es una descendiente de Santa Lucía y su fuego se apaga. Con la ayuda de Debra, rezan lo suficiente para salvar a Maurice y también hacer que el vino en la habitación se convierta en la sangre de Cristo. Los barriles explotan y empapan a Valak, enviando al demonio de vuelta al infierno.

Maurice se recupera y se reúne con Kate y Sophie. Mientras Irene está feliz de ver a su amigo de nuevo, al igual que Maurice, ella lo mira con preocupación en sus ojos.

Durante los créditos, Ed y Lorraine Warren (Patrick Wilson y Vera Farmiga) reciben una llamada del Padre Gordon sobre una de las apariciones de Valak.