El poco convencional padre Charles "Chuck" O'Malley (Bing Crosby) es asignado a la parroquia de St. Mary, que cuenta con un destartalado edificio escolar en el centro de la ciudad a punto de ser condenado. O'Malley debe recomendar si la escuela debe cerrarse y enviar a los niños a otra con instalaciones modernas; pero las hermanas creen que Dios proveerá para ellas.

Depositan sus esperanzas en Horace P. Bogardus (Henry Travers), un hombre de negocios que ha construido un moderno edificio al lado de la escuela que esperan que les done. El padre O'Malley y la abnegada pero testaruda hermana superiora, Mary Benedict (Ingrid Bergman), desean salvar la escuela, pero sus diferentes puntos de vista y métodos a menudo provocan desacuerdos. Uno de ellos tiene que ver con el alumno Eddie (Dickie Tyler), que está siendo acosado por otro. Otro más serio se refiere a la promoción de una alumna de octavo curso, Patsy (Joan Carroll), de Siracusa, Nueva York, a la que la parroquia ha acogido mientras su madre intenta recuperarse.

La hermana Benedicta contrae la tuberculosis y el médico recomienda al padre O'Malley que la traslade a un clima seco con tareas no parroquiales, pero sin decirle el motivo. Ella supone que el traslado se debe a sus desavenencias con O'Malley y se esfuerza por comprender las razones del camino que se le ha marcado. Justo antes de que la hermana Benedicta se marche, el padre O'Malley le revela la verdadera razón de su traslado temporal, y entonces ella se marcha feliz, deseando volver.