Pecado Original está ambientada en la Cuba de finales del siglo XIX, durante la dominación española, y pasa de la escena de una mujer que espera su ejecución mientras cuenta su historia a un sacerdote a los acontecimientos reales de esa historia.

Luis Vargas, un cubano, manda llamar a la americana Julia Russell desde Delaware para que sea su novia por correspondencia. Julia baja del barco sin parecerse en nada a sus fotos. Julia explica que quiere algo más que un hombre al que sólo le interesa una cara bonita, así que sustituyó la foto por la de una mujer de aspecto sencillo. Luis también admite el engaño; le ha hecho creer que es un pobre empleado en lugar del rico propietario de una plantación. Julia dice que ambos tienen algo en común: que no son de fiar. Pero se aseguran mutuamente que intentarán entenderse y confiar el uno en el otro en la vida.

Luis y Julia se casan por la iglesia a las pocas horas de que ella ponga un pie en Cuba. Luis se enamora desesperadamente de ella y mantienen relaciones sexuales apasionadas. Mientras tanto, Emily, la hermana de Julia, está preocupada. Envía una emotiva carta preguntando por su bienestar. Luis obliga a Julia a responderle, temiendo que si sigue ignorando las cartas de Emily, ésta supondrá que algo terrible le ha ocurrido a su hermana y podría enviar a las autoridades. Julia aguanta todo lo que puede y finalmente escribe una carta a su hermana.

Luis ingresa a Julia en su cuenta bancaria personal y de negocios, dándole rienda suelta para gastar a su antojo. Un detective, Walter Downs, llega de Wilmington y le dice a Luis que ha sido contratado por Emily para encontrar a su hermana Julia y que le gustaría verla el próximo domingo. Luis le informa a Julia sobre esto y ella se molesta. Emily llega a Cuba para encontrarse con Luis y le muestra la carta que Julia le escribió. Le informa a Luis que cree que Julia es una impostora y que su hermana puede estar muerta. Luis descubre que Julia se ha llevado casi toda su fortuna y se une a Walter para buscarla.

Luis encuentra a Julia y descubre que en realidad está aliada con Walter. Luis cree que ella lo ama y le miente a Walter, pero cuando se enfrentan, estalla una pelea y Luis le dispara a Walter. Julia manda a Luis a comprarles billetes para volver a casa, pero era un truco y Walter no está muerto. Julia parece amar a Luis pero teme a Walter, así que ella y Luis huyen para vivir en secreto, con el supuestamente muerto Walter en su persecución. Walter resulta ser el antiguo amante y socio de Julia (Bonny), Billy. Billy hace un corte en la espalda de Bonny antes de acostarse con ella, como ya hizo en sus anteriores encuentros.

Luis tira por la borda su prometedor futuro para estar con Julia/Bonny. Una noche, Luis sigue a Julia/Bonny y descubre que Walter/Billy está vivo y que ambos siguen trabajando juntos; al parecer, ella va a envenenar a su marido esa misma noche. Vuelve a casa a esperarla y, cuando llega, le revela que conoce el plan, le confiesa su amor una vez más y se traga la bebida envenenada. Julia huye con el moribundo Luis, y Walter la sigue de cerca. Walter está furioso porque Julia le ha traicionado. Mientras Walter le pone un cuchillo en la garganta, Luis le dispara y le hiere, y Julia acaba con él.

De vuelta a la puesta en escena, Julia termina su relato y pide al sacerdote que rece con ella. A la mañana siguiente, los guardias acuden a su celda para llevarla a su ejecución, sólo para encontrar al sacerdote arrodillado entre sus ropas.

En Marruecos, Julia asiste a una partida de cartas. Camina alrededor de la mesa ocupada por los jugadores, entre ellos Luis, y les da las gracias por permitirle mirar. Mientras Julia señala a Luis las cartas de los otros jugadores, éste empieza a contarles la historia de cómo llegaron hasta allí.