SG-1 y Jack O'Neill asisten a una ceremonia de extracción Tok'ra para Ba'al, el último de los Señores del Sistema Goa'uld. Sin embargo, Ba'al afirma que él es simplemente el último clon y que el verdadero Ba'al tiene un plan de respaldo. El verdadero Ba'al viaja en el tiempo hasta la Tierra de 1939 y masacra a la tripulación del Achilles, el barco que lleva el Stargate a los Estados Unidos. El capitán del Achilles vive lo suficiente para arrojar por la borda la bomba que Ba'al dejó, evitando que el barco sea destruido. En el presente, personas y objetos comienzan a desaparecer, incluyendo a Vala Mal Doran y Teal'c. Jack es asesinado por el clon, pero Samantha Carter, Daniel Jackson y Cameron Mitchell llegan al Stargate. Se sorprenden al aparecer dentro del abandonado Achilles, que ha derivado al Ártico: las acciones de Ba'al han creado una línea de tiempo en la que el Programa Stargate nunca sucedió. Después de escapar del hundiéndose Achilles, son rescatados por un equipo liderado por el Coronel Jack O'Neill. Aunque el General Landry cree su historia (después de un intenso interrogatorio), se les niega el permiso para cambiar la línea de tiempo.

Un año después

Un año pasa, y SG-1 es llamado de nuevo a la acción cuando aparecen las naves exploradoras Goa'uld. Ba'al ha traído a los otros Señores del Sistema bajo su control y ahora está listo para conquistar la Tierra, con Qetesh, aún residiendo en el cuerpo de Vala, como su reina y Teal'c como su Primer Ministro. SG-1 es llevado ante el Presidente Henry Hayes y el General George Hammond, quienes les informan que, basándose en los relatos de SG-1, han recuperado el Stargate antártico y están excavando el puesto avanzado Antiguo antártico para llegar al arma que salvó la Tierra en la línea de tiempo original. SG-1 es enviado en F-15s a la Estación McMurdo para llegar a Proclarush Taonas, otro puesto avanzado Antiguo, para recuperar un Módulo de Punto Cero para alimentar el puesto avanzado antártico.

Confrontación en el espacio

Sobre la Tierra, llega la armada de Ba'al. Para el disgusto de sus subordinados, los otros Señores del Sistema, Ba'al anuncia que tratará a los Tau'ri de manera relativamente indulgente. Sospechando del profundo conocimiento de Ba'al sobre la Tierra, Qetesh lo traiciona y lo obliga a contarle todo. Ordena la destrucción de McMurdo y del puesto avanzado Antiguo en nombre de Ba'al, pero lo mata cuando Teal'c descubre lo que está haciendo. Mientras Teal'c escapa a un Al'kesh, Qetesh ordena a la flota bombardear la Tierra, mientras ella va a asegurar la máquina del tiempo de Ba'al.

La última batalla

Cuando los Goa'uld destruyen el Stargate antártico, SG-1 es desviado a Rusia, ya que los rusos habían recuperado el Stargate del Achilles del fondo del océano. Teal'c llega a la instalación también, buscando usar el Stargate para llegar a la máquina del tiempo antes que Qetesh. Las dos partes acuerdan una tregua y llegan a la máquina del tiempo de Ba'al: una supercomputadora subterránea conectada a cientos de satélites que monitorean llamaradas solares de varias estrellas que podrían intersectar un agujero de gusano creado por el Stargate; las llamaradas son necesarias para viajar en el tiempo. SG-1 debe esperar la llamarada adecuada para viajar al momento correcto, pero cuando las tropas de Qetesh atacan, se ven obligados a marcar el Stargate al año 1929, diez años antes de su fecha objetivo deseada. Sam y Daniel mueren en el tiroteo, y solo Mitchell pasa por el Stargate. Teal'c, mortalmente herido, se autodestruye junto con Qetesh. Después de una década de espera, Mitchell se esconde en el Achilles y mata a Ba'al y sus tropas cuando abordan a través del Stargate.

El tiempo restaurado

En la línea de tiempo ahora restaurada, SG-1, completamente inconsciente de los eventos anteriores, observa cómo la extracción procede sin incidentes. En la Tierra, Daniel se pregunta qué quiso decir Ba'al con su plan de respaldo.