Libro I: El 13vo Apóstol

Jerusalén, año 33 d.C. - Un joven llamado Clarence (LaKeith Stanfield) y su mejor amigo Elijah (RJ Cyler) participan en una carrera de carros contra María Magdalena (Teyana Taylor). Terminan pasando por una zona peligrosa de la ciudad donde un grupo de niños gitanos liderados por un chico llamado Cabbage (Chase Dillon) ataca el carro de los chicos, haciendo que se caigan y el carro se estrelle, lo que permite que María gane.

Clarence y Elijah le deben dinero a un gánster conocido como Jedediah El Terrible (Eric Kofi-Abrefa), y la carrera de carros debía ayudarles a ganar suficiente dinero para pagarle, ya que Clarence fue quien tomó el dinero de Jedediah. Jedediah les da menos de ocho horas para conseguir el dinero, o los matará. Clarence regresa a casa, donde cuida de su madre Amina (Marianne Jean-Baptiste).

Mientras están en la ciudad, Clarence y Elijah son testigos de la llegada de Jesús de Nazaret (Nicholas Pinnock) y sus Doce Apóstoles, uno de los cuales resulta ser el hermano gemelo de Clarence, Tomás. Los dos tienen una disputa en curso, ya que Clarence está enojado con Tomás por abandonar a su madre cuando enfermó, y Tomás ve a Clarence como alguien que nunca prosperará en la vida. Clarence tampoco cree en Dios y piensa que todo lo que hace Jesús es el resultado de trucos.

En un último intento por salvarse, Clarence y Elijah intentan ver a Juan el Bautista (David Oyelowo) para que los bautice y posiblemente aleje a Jedediah de sus vidas. Juan se da cuenta de la artimaña de Clarence, pero le dice que dentro de él hay una buena alma a pesar de su falta de fe en su religión. Juan procede a bautizar a Clarence de manera agresiva.

Clarence más tarde visita a Varinia (Anna Diop), la hermana menor de Jedediah de la que está enamorado. Espera que ella pueda persuadir a su hermano para que lo deje en paz. Varinia habla con la madre de Clarence, diciendo que él es más grande de lo que él mismo se ve.

Tratando de demostrar que Jesús no es quien dice ser, Clarence visita a la Madre María (Alfre Woodard) y al Padre José. Ambos se mantienen firmes en lo que han visto de Jesús, y le dicen a Clarence que es tonto por no creer en Él o en la concepción de María de Él.

Clarence intenta una última oportunidad para salvarse al visitar a los Apóstoles y solicitar unirse a ellos como el 13vo Apóstol. Todos se ríen de él, pero Judas Iscariote (Micheal Ward) sugiere que si libera a un grupo de esclavos gladiadores, podría tener una oportunidad. Clarence y Elijah son guiados por un amigo llamado Zeke (Caleb McLaughlin) hacia el lugar donde se encuentran los esclavos gladiadores. Clarence habla con el dueño de los esclavos, Asher (Babs Olusanmokun), y trata de convencerlo de que libere a todos los esclavos, pero Asher se ríe en su cara. Sin embargo, le ofrece a Clarence la oportunidad de pelear contra el gladiador más poderoso, Barrabás El Inmortal (Omar Sy). Si Clarence derrota a Barrabás, entonces puede llevárselo consigo.

Clarence es puesto en la arena para pelear contra Barrabás, quien es considerablemente más grande que él. Clarence logra dar algunos golpes buenos, pero Barrabás casi lo domina. Al final, Clarence logra burlar a Barrabás y derrotarlo al colocar su espada en su cuello, pero no lo mata. Asher luego permite que Barrabás se vaya con Clarence y Elijah, pero cuando regresan a los Apóstoles, a Clarence todavía no se le permite unirse a ellos. Termina en una discusión con Tomás antes de irse con Elijah y Barrabás. Después de ver cómo la gente da dinero a Jesús por realizar milagros, Clarence declara que se convertirá en el nuevo mesías.

Libro II: El Nuevo Mesías

Clarence lleva consigo a Elijah y Barrabás mientras comienza a recorrer otras ciudades para realizar milagros falsos, fingiendo curar la ceguera de Elijah, su incapacidad para caminar o devolverlo de la muerte. Las personas a su alrededor son fácilmente engañadas y comienzan a llenar de dinero a Clarence.

Después de otra acalorada discusión con Tomás, Clarence decide utilizar sus ganancias para liberar al resto de los esclavos gladiadores. Regresa con Asher con su dinero y los declara libres, lo que lleva a que los esclavos vitoreen y se alegren junto con Barrabás.

En las calles, la gente comienza a apedrear a María Magdalena después de ser acusada de tener relaciones sexuales con soldados romanos. Elijah ve esto y se acerca para protegerla con su propio cuerpo. Jesús llega a la escena y usa su poder para detener las piedras en el aire y proteger a María y a Elijah, luego va a sanar las heridas de María. Esto hace que Elijah se convierta en creyente.

Jesús continúa caminando por la calle y se encuentra con un mendigo sin hogar llamado Benjamín (Benedict Cumberbatch). Él le pide ayuda, y Jesús le otorga la capacidad de producir monedas en la palma de su mano. Benjamín va a algún lugar para bañarse y arreglarse, su piel pasa de estar completamente negra debido a la suciedad a estar limpia y lucir fresco (y parecerse a una versión occidentalizada tradicional de Jesús). Su habilidad para producir monedas hace que la gente vea a Benjamín como un mesías.

Clarence y sus amigos asisten a una fiesta con Varinia. Beben y bailan, y Clarence y Varinia comparten su primer beso. Sin embargo, Varinia traiciona a Clarence y lo entrega a Jedediah. Él espera afuera por su dinero, mientras los soldados romanos Decimus (Tom Glynn-Carney) y Antoninus (Tom Vaughn-Lawlor) llegan para llevar al presunto mesías. Jedediah luego dirige su ira hacia los romanos, acusándolos de racismo, antes de dirigir su atención hacia Barrabás. Él huye, pero Decimus ordena a uno de los otros soldados que lo atraviese con una lanza. Barrabás recibe tres lanzazos en su cuerpo, aparentemente matándolo. El soldado va a confirmar que está muerto hasta que Barrabás se levanta y agarra al soldado, declarando: "¡Te equivocaste, maldito!" antes de atravesarlo con la lanza. Barrabás huye. Jedediah hace las paces con Clarence, pero es llevado por los romanos, junto con Benjamín.

En Roma, Clarence conoce a Poncio Pilato (James McAvoy), quien intenta ofrecerle una manera de salvarse entregando a Jesús. Clarence intenta traicionar a Judas, pero este ya está trabajando con los romanos. Pilato le da a Clarence otra oportunidad de escapar al demostrar que es un mesías caminando sobre el agua sobre una piscina poco profunda. Para sorpresa de todos, incluyendo la de Clarence mismo, efectivamente camina sobre la superficie del agua, mientras que los otros soldados se hunden en el agua. Desafortunadamente, esto sigue siendo motivo suficiente para que Clarence sea ejecutado.

Libro III: La Crucifixión

Clarence es encarcelado y torturado antes de su crucifixión. Es visitado en prisión por Varinia, quien lo besa nuevamente, y luego por Tomás, reconciliándose con su hermano.

Una multitud se reúne mientras Clarence y Benjamín, junto con otros hombres, son obligados a llevar sus cruces hasta una colina para sus crucifixiones. Todos los cercanos a Clarence, incluyendo a Tomás, Amina, Varinia, Elijah, Zeke, Barrabás y Cabbage, observan cómo es clavado en la cruz. Benjamín es colocado junto a Clarence, maldiciendo a los romanos con sus últimos alientos, y alguien lo dibuja en la imagen comúnmente utilizada de Jesús. Todos miran y lloran mientras Clarence fallece. Mientras tanto, Jesús habla con sus discípulos, ya que sabe que uno de ellos (Judas) pronto lo traicionará.

Tres días después, Jesús va a la cueva donde Clarence fue colocado a descansar, destrozando la roca que bloqueaba la entrada. Jesús utiliza sus habilidades para devolverle la vida a Clarence y sanar sus heridas, ahora que ha visto la verdad y se ha convertido en creyente. Clarence se levanta y sonríe a los espectadores.