El general Aquila se da cuenta de que cuando los 13 monstruos sean devueltos, Max Winters y los generales se convertirán en mortales y morirán. En el otro lado, Leonardo y Raphael luchan. Cuando Raphael derrota a Leonardo, huye justo cuando Leonardo es alcanzado por un dardo tranquilizante.

Aquila captura a Leonardo ya que sabe que Winters no sabe cómo es el 13º monstruo y puede aprovechar la oportunidad para traicionarlo. Raphael regresa a las alcantarillas y explica toda la odisea a Splinter y al resto. Ellos, April y Casey Jones irrumpen en la finca de Winters cuando las estrellas se alinean y la puerta se abre, devolviendo a 12 de los monstruos al lugar de donde vinieron, revelando la traición de Aquila a Winters. Winters dice que si los 13 no son devueltos, otros 13 emergerán para causar estragos en el mundo durante otros 3.000 años.

El Clan del Pie, ahora liderado por Karai, acepta ayudar a April y Casey a capturar al 13º monstruo, ya que así se mantendrá el orden en el mundo. Al mismo tiempo, las cuatro Tortugas reunidas luchan contra los cuatro Generales de Piedra mientras el 13º monstruo persigue a April y Casey de vuelta al edificio Winters. Las Tortugas, luchando en equipo, derrotan a los cuatro generales justo cuando llega el 13º monstruo. Éste y los cuatro generales son absorbidos de nuevo por el vórtice cuando éste se cierra, sellando los dos mundos y devolviendo la paz a la galaxia. Winters agradece a April y a las Tortugas su ayuda mientras se desvanece en el olvido. Karai deja a las tortugas con la promesa del regreso de una cara conocida (sabes que lo estás pensando).

De vuelta en las alcantarillas, Splinter coloca en la estantería el casco de batalla de Winter, junto a la máscara de Uroku Saki y el Cetro de la tercera parte. Raphael y Michelangelo también ofrecen guardar sus máscaras para siempre. El mundo está salvado.