En mayo de 1998, en una fiesta estelar, el astrónomo aficionado adolescente Leo Beiderman observa un objeto no identificable en el cielo nocturno. Envía una foto al astrónomo Dr. Marcus Wolf, que se da cuenta de que es un cometa en curso de colisión con la Tierra. Wolf muere en un accidente de coche mientras corre a dar la alarma.

Un año después, la periodista Jenny Lerner investiga al Secretario del Tesoro Alan Rittenhouse por su relación con "Ellie", a quien supone una amante. El FBI la detiene y la lleva a conocer al presidente Tom Beck, quien la convence de que no comparta la historia durante 48 horas a cambio de un papel destacado en la conferencia de prensa que él organizará. Posteriormente descubre que "Ellie" es en realidad un acrónimo, ELE, que significa "evento de nivel de extinción". Dos días después, Beck anuncia que el cometa Wolf-Beiderman está en camino de impactar contra la Tierra en aproximadamente un año y podría causar la extinción de la humanidad. Revela que Estados Unidos y Rusia han estado construyendo el Mesías en órbita, una nave espacial para transportar un equipo que altere la trayectoria del cometa con bombas nucleares.

El Mesías despega poco después con una tripulación de cinco astronautas estadounidenses y un cosmonauta ruso. Aterrizan en la superficie del cometa y perforan las bombas nucleares en las profundidades de su superficie, pero el trabajo tarda más de lo previsto y la tripulación aún está en la superficie cuando la rotación del cometa los desplaza hacia la luz del sol. En consecuencia, uno de los astronautas queda ciego y otro es impulsado al espacio por una liberación explosiva de gas. El resto de la tripulación escapa del cometa y detona las bombas.

En lugar de desviar el cometa, las bombas lo parten en dos. Beck anuncia el fracaso de la misión en un discurso televisivo, y que ambas piezas -la más grande, ahora llamada Wolf, y la más pequeña, llamada Beiderman- siguen dirigiéndose a la Tierra. Se impone la ley marcial y una lotería selecciona a 800.000 estadounidenses para unirse a 200.000 personas preseleccionadas en refugios subterráneos. Lerner es preseleccionado como periodista nacional de confianza, al igual que la familia Beiderman como agradecimiento por descubrir el cometa, aunque la novia de Leo, Sarah, y su familia no son seleccionados. Leo se casa con Sarah en un vano intento de salvar a su familia, pero Sarah se niega a ir al refugio sin ellos.

Un último esfuerzo por desviar los cometas con misiles balísticos intercontinentales fracasa. Al llegar al refugio, Leo renuncia a su seguridad y sale en busca de Sarah. La alcanza en la autopista y la lleva a ella y a su hermanito a un terreno elevado. Lerner cede su asiento en el helicóptero de evacuación a su amiga Beth y a su pequeña hija, y en su lugar viaja a la playa donde se reconcilia con su distanciado padre.

El cometa más pequeño, Beiderman, golpea el océano Atlántico, creando un megatsunami que destruye gran parte de la costa este de los Estados Unidos y también golpea Europa y África, provocando millones de víctimas. Leo, Sarah y su hermanito sobreviven en los Montes Apalaches. La tripulación del Messiah decide sacrificarse para destruir el cometa más grande volando en su interior y detonando las bombas nucleares que les quedan. Se despiden de sus seres queridos y ejecutan su plan. Wolf es volado en pedazos más pequeños que se queman inofensivamente en la atmósfera de la Tierra.

Después de que las aguas del megatsunami se retiren, el presidente Beck se dirige a una gran multitud en el dañado Capitolio de los Estados Unidos, animándoles a recordar a los perdidos mientras comienzan a reconstruir.