La premisa de la película es que hay otro camino al cielo que la adhesión a las prácticas de la Iglesia Católica Romana. Un devorador de pecados secular puede eliminar toda mancha de pecado, por muy sucia que sea, del alma justo antes de la muerte. El alma purificada puede entonces ascender al cielo. La Iglesia Católica Romana, según la película, considera esto una herejía.

Alex Bernier Heath Ledger, un sacerdote infeliz y desilusionado y miembro de la ficticia orden carolingia, especializada en la lucha contra los demonios y otros engendros del infierno. El padre Dominic, jefe de los carolingios, ha muerto en Roma en circunstancias sospechosas y Alex es enviado por el cardenal Driscoll (Peter Weller), que se postula como el próximo Papa, para investigar. Mara Williams, una artista a la que Alex exorcizó en su día, se acerca a Alex en su iglesia y le dice que tiene el presentimiento de que algo terrible le va a ocurrir. La policía viene a buscarla y le dice a Alex que Mara se ha escapado de un hospital psiquiátrico. Alex miente y niega haberla visto y se revela que Mara estaba en el hospital porque había intentado matar a Alex durante el exorcismo. Mara se va a Roma con Alex después de prometerle que no volverá a intentar matarlo.

En Roma, Alex visita la morgue y ve unas extrañas marcas en el cadáver de Dominic. Se pone en contacto con Thomas Garrett, otro carolingio, que llega a Roma para ayudar a investigar la muerte de Dominic. Alex encuentra un libro que explica que las marcas son el signo del trabajo de un Devorador de Pecados. Se dirige al Vaticano, donde un funcionario le dice que los Comedores de Pecados no existen y que Dominic no puede ser enterrado en suelo sagrado porque ha sido excomulgado. Alex, alejándose cada vez más de su vocación, desafía a sus superiores y lee en secreto un servicio sagrado sobre el cuerpo y entierra a Domingo en el cementerio carolingio.

Driscoll llega a Roma y le da a Alex una daga especial. Según un fragmento de pergamino que Alex y Thomas encuentran entre los libros de Domingo, la daga debe clavarse en el Devorador de Pecados mientras se recita un texto en arameo. Alex y Thomas interpretan estas instrucciones como que la daga y el encantamiento matarán al Devorador de Pecados y comienzan a buscar al Devorador de Pecados y el resto de las instrucciones del pergamino.

Thomas lleva a Alex a un club nocturno donde los llevan a la base de operaciones subterránea de un hombre enmascarado llamado Chirac, el "Papa Negro". El Papa Negro le debe un favor a Thomas y Alex le pregunta dónde encontrar al Devorador de Pecados. El Papa Negro cuelga entonces a tres personas y le dice a Alex que pregunte a los moribundos que pueden ver lo que los vivos no pueden. Uno de los moribundos le dice a Alex un acertijo que lo lleva a un encuentro con el Devorador de Pecados. Al salir del cuartel general del Papa Negro, los demonios atacan y hieren a Thomas, pero Alex lo salva y lo lleva a un hospital.

Alex deja a Thomas en el hospital y se encuentra con el Devorador de Pecados, William Eden, en la Catedral de San Pedro, quien le explica que ha sido un Devorador de Pecados durante siglos, sustituyendo a un anterior Devorador de Pecados (un sacerdote carolingio) que se comió los pecados del hermano de Eden, que murió durante la construcción de la catedral. Eden es muy carismático y habla con Alex sobre los deseos del sacerdote, y Alex admite que desea a Mara. Se acerca a ella y hacen el amor. Después, Alex deja a Mara dormida y se dirige a Edén, quien le dice a Alex que está cansado y listo para morir y le pide a Alex que ocupe su lugar. Alex tiene la daga con él, pero es curioso y no la usa. Ayuda a Edén con un ritual para comer el pecado, pero finalmente rechaza la oferta de Edén porque ha decidido dejar el sacerdocio para estar con Mara.

Eden visita a Mara, se corta las venas para que parezca que se ha suicidado y la deja para que Alex la encuentre. Alex regresa y encuentra a Mara casi muerta y sin posibilidad de recibir ayuda médica. Rápidamente realiza el ritual de comer los pecados para que ella pueda ir al cielo. Después de absorber los pecados de Mara, Alex ve que no hay pecado de suicidio en la conciencia de Mara y se da cuenta del engaño de Eden. Alex va tras Eden para matarlo.

Mientras tanto, el herido Thomas sale del hospital y va a ver al Papa Negro, que se revela como el cardenal Driscoll. Driscoll le muestra a Thomas la segunda mitad del pergamino, que le horroriza. Driscoll impide que Thomas se vaya para avisar a Alex.

Alex no puede encontrar a Eden y regresa con el Papa Negro para saber dónde está Eden. El Papa Negro (con la cara oculta) vuelve a decirle a Alex que pregunte a los moribundos. Alex reconoce que Thomas es el hombre que está siendo ahorcado y lo libera usando una pistola. Sin embargo, la garganta de Thomas está demasiado herida por la soga para decirle a Alex la verdad del pergamino.

Alex encuentra a Eden y lo apuñala con la daga mientras recita el conjuro, y Thomas llega demasiado tarde para detenerlo. Los poderes de Eden son transferidos a Alex, y Eden, feliz de estar libre de su carga de los pecados de otros, muere. Thomas revela que en lugar de ser instrucciones sobre cómo matar a un Devorador de Pecados, el pergamino es en realidad instrucciones sobre cómo convertirse en un Devorador de Pecados. Mientras tanto, la Basílica de San Pedro en Roma se desmorona a su alrededor. Toda la vida de Alex y Mara ha sido un complot entre Dominic, Eden y Driscoll para atrapar a Alex. Eden quiere morir, Driscoll quiere ser Papa y Dominic quería los recursos financieros para perseguir el conocimiento arcano.

Alex informa a la iglesia sobre las actividades de Driscoll y éste queda arruinado. Driscoll decide entonces suicidarse e invoca al Devorador de Pecados, ahora Alex, para que elimine sus pecados. Driscoll se corta las venas y cuando está a punto de morir, Alex le dice que sabe que Eden y Driscoll causaron la muerte de Mara. Alex no se come los pecados de Driscoll sino que los obliga a pasar por la garganta de Driscoll.

El Devorador de Pecados William Eden utilizó su poder para acumular riqueza. El Devorador de Pecados Alex Bernier decide actuar como un poder para el bien, salvando sólo a los que lo merecen y permitiendo que los malvados mueran en el pecado.