En 2013, han pasado tres años desde el final de Distrito 13. El gobierno ha cambiado, el resto no. El muro sigue ahí a pesar de las promesas. Las bandas y el tráfico han crecido y se dividen entre asiáticos, cabezas rapadas, musulmanes salafistas, africanos y gitanos. Damien se disfraza de bailarín erótico para detener al Sr. Wu, el dueño de un bar de moda, y a otros líderes de la banda. Lo consigue y logra salir conservando un auténtico Van Gogh. Esa misma noche, un industrial y un miembro del servicio secreto conspiran para cambiar los suburbios.

Esa misma noche, una furgoneta negra con una placa marcada como DISS atraviesa el suburbio 13, dos hombres se bajan, disparan a los policías, los dejan en el coche y disparan a un grupo armado. Creyendo que la policía estaba atacando, el grupo ametralló el coche, filmado por los hombres de la furgoneta negra. Por la mañana, Damien es detenido en su casa por un grupo de élite tras ser acusado de tráfico de drogas. El vídeo del tiroteo se muestra al Presidente de la República, que ordena al jefe de la DISS, Walter Gassman, que investigue.

Gassman difundió el vídeo a la prensa y se produjeron escenas de revuelta en lugares públicos, mientras que las escenas de júbilo tuvieron lugar en los suburbios. Un joven policía sublevado dispara a un habitante del suburbio 13, lo que desencadena el deseo de venganza de la banda de Molko, que dispara un bazooka contra la comisaría. Gassman propone al Presidente evacuar el barrio 13 en doce horas y destruir las torres para aniquilar el tráfico y construir un nuevo barrio. El Presidente, poco convencido pero sin otra solución, ordena la evacuación.

Damián consigue contactar con Leito y pedirle ayuda; éste, mientras tanto, ha recibido una tarjeta SD que contiene un vídeo de la ejecución de los policías. Leito consigue escapar de los hombres del DISS y se dirige al 36 del Quai des Orfèvres. Consigue encontrar a Damien en una celda y le explica la situación. Consiguen reconstruir los hechos, pero Damien quiere pruebas que impliquen a Gassman en el asesinato de los policías. Mientras Damián lucha solo contra sus compañeros de la policía, Leito coge un disco duro que contiene los archivos secretos de Gassman y los dos escapan.

Regresan al Suburbio 13 y solicitan la ayuda de Tao, el líder de la banda asiática, para averiguar qué hay en el disco duro. Después de descifrarlo, comprenden las intenciones de Gassman, destruir las cinco torres principales del Suburbio 13 para librar a la ciudad de la gente que desprecia, y luego reconstruir nuevos edificios para un segmento diferente de la población. Mientras tanto, la evacuación continúa pero los líderes de la banda se niegan a evacuar y se resisten. Damien le pide a Tao que reúna a los líderes de la banda para que tengan suficientes hombres para llegar al centro de control del ejército y llegar al Presidente. Sintiéndose acorralado, Gassman amenaza al presidente con su pistola para que se produzca la destrucción de las torres. Damien consigue neutralizar a Gassman. Damián y Leito, tras consultar con los líderes de la banda, proponen al presidente construir un nuevo barrio más acogedor y con más futuro, y el presidente ordena entonces a los pilotos de los aviones que destruyan las torres previamente vaciadas de sus habitantes.