Dora La exploradora ahora es una adolescente, y sus padres Cole y Elena la están haciendo vivir en la ciudad con su primo Diego para que pueda tener una vida normal. Aunque está emocionada por una nueva aventura, descubre que la escuela secundaria es difícil y que no todos están dispuestos a ser sus amigos.

En una excursión, Dora y Diego, además de sus compañeros de clase Sammy y Randy, son secuestrados por mercenarios y llevados a la jungla en Perú, donde vivía Dora. Swiper el zorro roba el mapa de Dora que llevará a los mercenarios a la legendaria ciudad inca de Parapata. Los niños son encontrados por un hombre llamado Alejandro, quien dice conocer a los padres de Dora. Mientras buscan a Cole y Elena a través de la jungla, son ayudados por el mejor amigo de Dora, Boots the monkey.

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Después de encontrar a los padres de Dora, se enteran de que Alejandro es el villano y que él ha estado guiando a los mercenarios a buscar Parapata. Boots ayuda a los niños a escapar de los mercenarios, pero Alejandro los sigue, ya que sabe que Dora descubrirá cómo llegar a Parapata.

Finalmente encuentran el lugar y se encuentran con la Princesa Kawillaka y los Guardianes Perdidos, quienes protegen a Parapata.

La avaricia de Alejandro por su tesoro lo lleva a ser tomado como su prisionero, pero Dora convence a Kawillaka de que todo lo que quieren es conocimiento para documentar de Parapata. Antes de que puedan hacerlo, Swiper roba un tótem de mono dorado, haciendo que el lugar se derrumbe. Dora y Boots lo detienen y salvan a Parapata.

Aunque Cole y Elena invitan a Dora a unirse a ellos en otra aventura, Dora ha decidido quedarse con Diego y sus amigos.