Una mujer deja caer a un bebé por una cascada antes de caminar hacia una iglesia para confesar su crimen. La película corta a la noche, moviéndose lentamente hacia arriba sobre el cuerpo de la mujer ahora decapitada sentada en una silla, con su cabeza en una jaula detrás de ella. Al cuerpo le faltan algunos dedos de los pies y las manos y, mientras observamos, una persona invisible toma un cuchillo y corta uno de los dedos restantes de la mujer muerta, envolviéndolo en un paño.

Al día siguiente, Agnes y Wolf se casan y se mudan a una casa que Wolf ha comprado para ellos. Esa noche, Agnes ve a un Wolf ebrio decirle a su mejor amigo Lenz que es atractivo, con Lenz respondiendo que también le gusta. El hermano de Agnes le da un regalo: el dedo amputado de la mujer muerta al inicio de la película. De regreso en su casa, Agnes besa el dedo y lo coloca bajo su colchón esperando que le ayude a concebir un hijo. Sin embargo, cuando Wolf ebrio regresa más tarde, no puede tener una erección y se va a dormir.

Agnes se despierta sola en la cama. Después de buscar por la casa y los establos, se viste rápidamente y sale en busca de Wolf. Encuentra a una mujer y dos niños y les pide que la lleven al estanque donde Wolf trabaja como pescador. Aceptan y comienzan a guiarla por el bosque, pero se alejan y se esconden, dejándola perdida. Tropezando, encuentra un dibujo pegado en un árbol que detalla a la mujer lanzando a su hijo por la cascada y su posterior ejecución. A pocos metros, descubre el cadáver de la mujer, sentada erguida en una silla sobre un pequeño altar.

La noche siguiente, Agnes intenta nuevamente iniciar el sexo con un Wolf ahora sobrio, pero es rechazada nuevamente y Wolf se va a dormir. Al día siguiente, en la iglesia, una Agnes algo decaída reza ante unas muñecas de cera del niño Jesús por un hijo. Agnes se despierta temprano y llega al estanque donde Wolf trabaja como pescador antes que los demás con la esperanza de pescar algunos peces, pero queda atrapada en el barro. Cuando Wolf y los otros trabajadores llegan, la reprende por ser tan imprudente y le dice que podría haberse ahogado. Esa noche, alguien golpea su puerta y le dice a Wolf que Lenz se ha ahorcado. Después de apresurarse al lugar, él y sus amigos se llevan el cuerpo de Lenz mientras su madre les suplica que le permitan enterrarlo.

Al día siguiente, el sacerdote da un sermón al pueblo y explica que Lenz no puede ser enterrado porque el suicidio es un pecado y lo que hizo es peor que el asesinato. Continúa diciendo que la mujer que lanzó a su bebé por la cascada al menos fue salvada porque recibió confesión antes de su ejecución, por lo que fue perdonada. Mientras camina a casa, Agnes se lastima cortándose la lengua, luego se recuesta cerca del cadáver sin cabeza de la mujer de la cascada. Regresa a casa tarde nuevamente y escucha a la madre de Wolf quejarse de ella con él, llamando a Agnes una carga por no quedar embarazada. Agnes se vuelve más deprimida y, en lugar de entrar, regresa al altar y canta para la cabeza de la mujer muerta toda la noche.

A la mañana siguiente, el hermano de Agnes la encuentra dormida en su granero. Wolf intenta hacer que regrese a casa, pero ella se niega, por lo que él la lleva de regreso. Una Agnes desanimada se niega a levantarse o hacer sus tareas. La comida se pudre y las cabras se enferman e infectan, teniendo que ser sacrificadas. Agnes es llevada a un barbero, donde él cose un trozo de pelo de caballo a través de la parte posterior de su cuello y le dice que necesita moverlo repetidamente de lado a lado para que la herida purule y el "veneno" en su cabeza se elimine. De camino a casa, encuentra un bebé desatendido en el bosque y lo lleva a su hogar. Le dice a Wolf y a su madre que es un milagro, pero ellos están horrorizados y le dicen que lo devuelva.

A medida que su depresión empeora, Agnes decide suicidarse comiendo veneno de rata. Afligida por el dolor y vomitando, suplica a Wolf que consiga un sacerdote. Él se va, pero regresa solo, diciéndole que el sacerdote no estaba en casa, pero que pueden ir juntos y verlo al día siguiente. Angustiada por la posibilidad de morir sin confesar, admite que ha comido veneno de rata y él la obliga a vomitarlo. A la mañana siguiente, él y su madre visten a Agnes y Wolf la llevan de regreso a la granja de su madre y hermano, diciéndoles que está en el Baño del Diablo y que intentó suicidarse.

A la mañana siguiente, Agnes despierta temprano, se viste y camina de regreso hacia el pueblo. En el camino, encuentra a un grupo de niños recogiendo leña junto a un estanque y le pide a un niño pequeño que la lleve a un pequeño santuario en el bosque. Le promete una recompensa si él dice una pequeña oración con ella, pero cuando él termina, ella lo apuñala en el cuello. Él sobrevive al corte inicial y comienza a gritar por ayuda. Ella le dice que ahora nunca pecará y será un ángel ante Dios mientras le corta la garganta y muere en sus brazos. Luego va a la iglesia y les dice que ha cometido un crimen.

Agnes es encerrada en una celda y le confiesa al sacerdote que ya no desea vivir en este mundo, pero quería la absolución antes de morir. Ella asesinó al niño sabiendo que podría dar su confesión final antes de ser ejecutada porque no veía otra salida. El sacerdote la absolve de sus pecados y ella comienza a reír y llorar incontrolablemente.

Una Agnes ahora catatónica es envuelta y cosida en piel de animal y arrastrada por el pueblo hasta el altar donde será ejecutada. El verdugo le coloca una capucha sobre la cabeza y ella comienza a cantar suavemente. Una niña en la multitud reconoce la canción y canta junto con ella hasta que termina abruptamente cuando el verdugo decapita a Agnes con una espada. Mientras su esposo llora, la multitud avanza y los músicos comienzan a tocar una melodía alegre. La sangre que brota del cuello de Agnes se recoge en cubos y los habitantes del pueblo pagan para sumergir sus copas y cuencos en ella, ya que se creía que beber la sangre de prisioneros ejecutados alejaba la melancolía.