Mary Louise Atchison y su novio músico Jimmy organizan una partida de cartas amañada en un bar para estafar a un extraño con su dinero. Mientras Mary se acuesta con Jimmy en la casa de su padre más tarde, el hermano pequeño de Mary, William, se ahoga accidentalmente en la bañera. El padre alcohólico de Mary llega a casa y golpea a su hija por la muerte.

Mary descubre que está embarazada. Después del funeral de William, Mary le dice a su padre abusivo que se va de casa con Jimmy.

El extraño hombre al que estafaron sigue la pista de Mary y Jimmy, golpea a Jimmy y le roba a la pareja su dinero. Cuando Jimmy deja a Mary sola, ella va a un comedor de beneficencia donde conoce a una monja que recluta a Mary para el programa de embarazo de su convento.

Octubre de 1957 - El padre Andrew deja a Mary en el aislado convento de las Hermanas de la Divinidad. Mary conoce a la estricta y disciplinaria Madre Superiora y a la devota asistente de la Madre Superiora, Paula. La Madre Superiora menciona que las otras monjas, la hermana Susan, la hermana Helen y la hermana Olga, han hecho votos de silencio. La Madre Superiora también explica que su casa para mujeres descarriadas funciona con donaciones privadas porque el Vaticano no está de acuerdo con los métodos de la Madre Superiora.

Mary observa que la compañera embarazada Doris está temerosamente subyugada por las demandas de la Madre Superiora. Catalina, que también está embarazada, advierte a María que siga todas las instrucciones, pero que tenga cuidado de que las monjas escuchen a escondidas. Catherine también menciona que alguien llamada Agatha ocupó previamente la cama de Mary. Sara le dice a María que ha vivido en el convento desde que dio a luz a su hijo Daniel, a quien la Madre Superiora le dijo que había muerto.

Mirando a través de la rendija bajo la puerta cerrada del dormitorio de las niñas, María ve a una mujer ensangrentada golpear el suelo con la boca cosida.

María se reúne con la Madre Superiora y el Padre Andrew. María toma pastillas que comprometen su estado mental. Mientras está drogada, la Madre Superiora registra que Mary se culpa por la muerte de su hermano William. La Madre Superiora también arrulla a María para que firme documentos legales, incluyendo un poder notarial.

Catherine vomita en la mesa de la cena. Las otras mujeres observan impotentes como la Madre Superiora obliga a Catherine a comer su vómito.

María ve una cara al otro lado del techo del dormitorio mientras investiga los ruidos de la noche. Cuando la conmoción despierta a las monjas, María le dice a la Madre Superiora que quiere dejar el convento. La Madre Superiora insiste en que María pase la noche y le da a todos pastillas, que María no se traga.

Alguien con una máscara blanca captura a María mientras duerme. El padre Andrew, un médico, y las hermanas encierran a María en un ataúd en el sótano para un renacimiento simbólico. Bajo la dirección de la Madre Superiora, María sufre repetidos tormentos físicos y psicológicos hasta que finalmente acepta 'Agatha' como su nueva identidad.

Las otras chicas aconsejan a Agatha que ceda a las demandas de la Madre Superiora. Agatha experimenta una visión de pesadilla de monjas sin rostro rodeando a la Madre Superiora mientras la chantajea con respecto a William.

La Madre Superiora obliga a las niñas a presentarse en un desayuno para los donantes del convento. Agatha aprovecha la oportunidad para tratar de escapar a los bosques circundantes, pero es recapturada después de caer en una trampa para animales. La Madre Superiora posteriormente tortura a Agatha salándole su profunda herida.

La Madre Superiora tiene una conversación privada con las otras monjas acerca de que el convento se ha quedado sin dinero, no dejando a ninguna de ellas ninguna opción alternativa.

Incapaz de contactar a Mary por teléfono, Jimmy llega al convento. Con la hermana Susan apuntándole secretamente con una escopeta a Jimmy, la Madre Superiora obliga a Agatha a despedir a Jimmy diciendo que el niño no nacido no es suyo en vez de pedirle ayuda.

Paula escucha a escondidas cuando Sarah le dice a Agatha que cree que las hermanas mintieron sobre la muerte de su hijo. La Madre Superiora obliga a Sarah a cortar su propia lengua por hablar, y culpa a Agatha por incitar a las otras chicas a rebelarse.

Doris se pone de parto. Doris posteriormente desaparece.

Agatha y Catherine dejan a Paula inconsciente como parte de un plan para escapar. Sin embargo, ambas mujeres son recapturadas.

Agatha se recupera en una habitación con el cadáver de Jimmy. Agatha se enfrenta a la Madre Superiora, Paula y las monjas por sus malas acciones. La Madre Superiora permite que Agatha llame a la policía.

Cuando llega el diputado Pearl, la Madre Superiora presenta los documentos legales y la cinta de audio incriminatoria como evidencia del inestable estado mental de Agatha. El sheriff llega para revelar que participó en la conspiración al retratar al Padre Andrew. Con Agatha haciendo salvajes afirmaciones sobre monjas sin rostro y asesinatos sin fundamento, la policía la hace pasar por loca y se va.

Agatha es atada a una mesa del sótano y torturada. Mientras tanto, Catherine da a luz. Las monjas asfixian a Catherine y su hijo es entregado a los donantes que recuperaron a Agatha en el bosque.

La Madre Superiora admite a Agatha que el propósito de su convento es vender bebés con fines de lucro. La Madre Superiora le hace a Agatha una oferta para participar en el plan como Paula o arriesgarse a ser asesinada después de dar a luz.

Agatha roba una página del libro de registros de adopción de la Madre Superiora para probar a Sarah que su hijo no murió. Agatha también roba el dinero del convento y lo usa para sobornar a las tres monjas para que la ayuden a deshacerse de la Madre Superiora y escapar.

Las hermanas Susan, Helen y Olga capturan a la Madre Superiora y la encierran en el ataúd. Sarah entonces envenena a las hermanas con agua drogada. Una de las monjas se defiende, pero Sarah la mata.

Paula sigue a Agatha cuando huye al bosque. Agatha tiene que detenerse cuando se pone de parto. Paula da a luz al bebé de Agatha. Mientras Paula está distraída, Agatha la estrangula por detrás.

La cámara muestra a la Madre Superiora dentro del ataúd. Respondiendo a un susurro, la Madre Superiora grita que su nombre es Agatha.

La policía llega al convento con las armas desenfundadas. La cámara se pone negra cuando uno de los diputados abre el ataúd.