La Dra. Sharon Golban encuentra un antiguo esqueleto en Jerusalén en la tumba de un hombre rico. La coloración de los huesos de las muñecas y los tobillos indica que la causa de la muerte fue la crucifixión. Varios artefactos, entre ellos una moneda de oro con las marcas de Poncio Pilato y una jarra que data del año 32 d.C., datan la tumba del año en que murió Cristo. Unas débiles marcas en el cráneo, consistentes en espinas, la ausencia de huesos rotos en las piernas, unas marcas ocupacionales que sugieren que el fallecido era carpintero y una muesca en las costillas producida por un objeto puntiagudo hacen sospechar a las autoridades que podrían ser los huesos de Cristo. Las diferentes reacciones de políticos, clérigos y extremistas religiosos -algunos dispuestos a utilizar el terror para conseguir sus fines- ante las implicaciones religiosas, culturales y políticas del hallazgo, hacen que la vida sea difícil y peligrosa para los investigadores mientras tratan de desenterrar la verdad.

El Vaticano encarga al padre Matt Gutiérrez que investigue el caso y proteja la fe cristiana. Se propone demostrar que los huesos no son los de Jesús, pero a medida que aparecen más y más pruebas que apoyan la afirmación, su fe empieza a tambalearse. Preocupado por el caso, recurre al padre Lavelle, que se suicida porque no puede conciliar las pruebas científicas con su fe. Este acontecimiento hace que el padre Gutiérrez se aleje de su fe, pero al final vuelve a ella. También llega a comprender que lo que protege es el poder de la Iglesia Católica y no la fe, y decide renunciar a su sacerdocio.

Al final se revela que el cuerpo no es en realidad el de Cristo, sino el de uno de sus seguidores que murió de forma similar durante la primera guerra judeo-romana.