Amanda Waller recluta a dos equipos distintos de la Task Force X para que se infiltren en la isla de Corto Maltés y destruyan un laboratorio llamado Jotunheim, donde el actual régimen corrupto liderado por el presidente Silvio Luna y el general Mateo Suárez está llevando a cabo experimentos para utilizarlos contra los disidentes, cuyo nombre en clave es "Proyecto Estrella de Mar". El primer equipo, liderado por Rick Flag (Blackguard, Mongal, The Detachable Kid, Weasel, Captain Boomerang y Harley Quinn), todos mueren horriblemente, a excepción de Harley, que es capturada mientras Flag es tomada por un contacto de su equipo de disidentes.

El segundo equipo (Bloodsport, Ratcatcher 2, Peacemaker, King Shark y Polka Dot Man) llega a la isla y encuentra a Flag. Van a por Harley, que ha matado a Luna y ha escapado del cautiverio matando a los hombres de Suárez. El equipo rastrea a un científico loco metahumano llamado El Pensador para que los lleve a Jotunheim, donde les revela la base de su experimento, un gigantesco alienígena llamado Starro El Conquistador, que emite estrellas de mar más pequeñas para controlar mentalmente a la gente y desgastar sus cuerpos.

En el final de la película, el gobierno norteamericano estaba metido en esto, ya que financió en secreto los experimentos en Corto Maltés. Starro se libera y mata a Thinker mientras Flag intenta asegurar las pruebas, pero Peacemaker lo mata por orden de Waller para mantener oculta la participación de Estados Unidos en esto. Bloodsport dispara a Peacemaker cuando intenta matar a Ratcatcher, y Starro utiliza la estrella de mar para matar a Suárez y a sus hombres antes de lanzarse a arrasar la ciudad. Los miembros restantes del Escuadrón deciden salvar la ciudad, y cuando Waller amenaza con matarlos por salirse de la misión, sus subordinados la hacen caer para ayudar al Escuadrón. Utilizan sus habilidades especiales para luchar contra Starro y matarlo antes de que se les permita volver a casa y quedar libres ahora que tienen ventaja contra Waller.

Los créditos revelan que no sólo Weasel ha sobrevivido en la playa, sino que Peacemaker también sigue vivo y es retenido por Waller para futuras misiones.