Mary Lennox es una niña huérfana que es enviada a vivir con su tío Archibald Craven en su finca en Inglaterra, Misselthwaite. Es un hombre frío y estricto, que se quedó desesperado por la muerte de su esposa Grace, que era la hermana de la madre de Mary.

Mary descubre un jardín fuera de la finca que parece tener poderes curativos. Encuentra un perro que tiene la pata atascada en una trampa para osos, y un chico llamado Dickon, que es el hermano de la criada de la finca, Martha, ayuda a Mary a curar la pata del perro, y lo llaman Héctor.

Mary también conoce a Colin, el hijo de Craven, que está enfermo y confinado a su habitación. Mary y Dickon llevan a Colin al jardín para curarlo.

Cuando Craven ve que Mary ha tomado un collar de perlas que pertenecía a Grace, planea enviarla a un internado. Termina provocando un incendio que asola toda la casa, pero Mary le ayuda y le muestra que Colin ha sido curado.

Mary se queda y sigue pasando tiempo con Colin y Dickon.