Cuatro años después del fracaso de Parque Jurásico en la Isla Nublar, John Hammond (Richard Attenborough) revela a Ian Malcolm (Jeff Goldblum) que había otra isla, Isla Sorna ("Sitio B") en la que se criaron dinosaurios antes de ser transportados a la Isla Nublar.

Los dinosaurios han florecido desde la catástrofe y Hammond reúne un equipo para visitar y documentar la zona antes de que sea explotada por otros. C

uando el equipo llega a la isla, pronto descubre la presencia de otro grupo de personas. Sin embargo, no están allí para obtener datos biológicos, sino que tienen algo más siniestro en mente.

Tras una serie de acontecimientos, ambos grupos se quedan varados cuando se pierden todos sus equipos de comunicación. Es entonces cuando el terror comienza de verdad, ya que ambos grupos luchan por sus vidas mientras intentan encontrar una forma de salir de la isla con vida.

Malcolm, Sarah, Kelly y Nick salen de la isla e Ingen captura a la momia T-rex y al niño. Roland declara que ha "pasado suficiente tiempo en compañía de la muerte" y se marcha.

De vuelta a la ciudad, el Rex se suelta para buscar a su bebé. Malcolm y Sarah encuentran al niño y alejan al T-rex de la gente con él. Lo dejan en la bodega del barco y escapan.

El sobrino de Hammond, Peter Ludlow (creo que es su nombre) viene a buscar al niño y lo hace.

El Rex llega y deja que el bebé se encargue de Ludlow. Ya ha crecido.

Cuando las puertas de la bodega se cierran, Sarah dispara al Rex con un dardo para dormir.

La película termina con Malcolm, Sarah y Kelly en el sofá frente a la televisión. La televisión muestra una entrevista con John Hammond.

Hammond termina la película citando las palabras de Malcolm en la primera película, diciendo que "la vida encontrará un camino".